用于检测 COVID-19 的多重 BangasureTM RT-PCR 试剂盒的功效 (COVID-19)

介绍：

冠状病毒 COVID-19 大流行是我们这个时代决定性的全球健康危机，也是自第二次世界大战以来面临的最大挑战。 大流行不仅仅是一场健康危机；这也是一场前所未有的社会经济危机。 自从在中国武汉地区被发现以来，该病毒不仅已传播到 213 个国家/地区，有 2.09 亿例病例，全球有 439 万例病例，而且据国际劳工组织估计，还可能导致 4 亿人失业。

为了遏制疾病的传播，世界不同地区已经启动了多学科战略，包括实施社会疏远、保持个人卫生、接触者追踪以及实施检疫、旅行限制和封锁。 一种被广泛接受的方法是检测 SARS-CoV-2，通常使用鼻咽拭子样本。 检测呈阳性的患者需要进行适当的临床管理，对于轻度症状在家中进行有效隔离或检疫，对于中度至重度症状在医疗机构内进行有效隔离。 此外，大规模检测为起草疾病监测和控制政策提供了更多信息丰富的流行病学数据。 已经提出了许多方法来检测鼻咽液中的 SARS-CoV-2 病毒，例如多重 RT-PCR、CRISPR/Cas12 和 CRISPR-Cas3、侧流免疫测定、纸基双分子传感器、SHERLOCK 一锅检测、DNA 适体、环介导等温扩增（LAMP）等 在这些方法中，基于核酸扩增的检测最常用于 SARS-CoV-2 的诊断。

此外，美国疾病预防控制中心提出了一种检测 SARS-CoV-2 的方案，该方案基于核衣壳基因的两个区域（即 N1 和 N2）以及人类内部对照基因 RNase P (RP) 的扩增。 除了这些策略之外，开发高效、准确、反应时间和精力更少的 SARS-CoV-2 检测方法的努力仍在进行中。

然而，尽管被认为是 SARS CoV-2 检测的黄金标准，但由于各种因素，许多国家的检测仍然落后，其中最重要的是供应链问题，缺乏试剂和足够的检测试剂盒。 因此，许多患者（有症状和无症状）仍未接受检测，因此可能会促进病毒的社区传播。

如果孟加拉国能够生产自己的 RT-PCR 试剂盒，其在灵敏度、特异性等方面的质量不亚于这将缓解 RT-PCR 试剂盒短缺的情况，因为调查人员完全依赖进口试剂盒，也可以节省外汇。 此外，RT-PCR 检测试剂盒对温度非常敏感，需要保持冷链以保证其质量，这可以通过开发本地 RT PCR 试剂盒来缓解。 此外，由于突变，SARS-CoV-2 的许多变种已被开发出来，显示出更强的毒力和更高的传播率。 因此，开发可以检测新菌株的新型 RT PCR 试剂盒非常有帮助。

因此，研究人员的目标是开发国内首创的三基因可检测稳健 RT-PCR 试剂盒，并提供 SARS-CoV-2 病毒不同变种的可靠结果，以降低其传播能力并采取预防性管理计划 2. 目标研究：

1. 总体目标：主要目标旨在开发多重实时逆转录聚合酶链反应 (rRT-PCR) 以检测 SARS-CoV-2。

2. 次要目标：为了获得最佳的 RT-PCR 性能，应优化 E 和 N 基因靶标的组合。

   3. 方法论： 3.1。 研究类型和目的：这是一项病例对照和观察性研究，其中鉴定并比较了两个现有的冷冻和新鲜样本组。

   3.2.学习地点：

   • 研究所流行病学疾病控制与研究 (IEDCR)
   • 多发性硬化症。临床研究组织有限公司 3.3。 样品采集点：
   • 流行病学疾病控制与研究研究所 (IEDCR) 或
   • 国家检验医学研究所和转诊中心 (NILMRC)，孟加拉国达卡。

   3.4. 学习持续时间： • 获得孟加拉国医学研究委员会的道德许可后 3 个月（2021 年 11 月至 2022 年 1 月）。

   3.5. 研究人群/样本选择 3.5.1 CRO 将从 IEDCR 接收测试样本。 IEDCR 和作为 CRO 的 BCTL/CROL 有不同合作研究工作的谅解备忘录 (MoU)。 因此，NILMRC/ BCTL/CROL 将从 IEDCR 收到总共 120 个样本，用于评估 RT-PCR 试剂盒的效率。 在这 120 个样本中，有 60 个样本（30 个 COVID-19 已知阳性样本和 30 个 COVID-19 阴性样本）保存在 IEDCR 设施的 -80°C 实验室冰箱中，另外 60 个新鲜样本（30 个 COVID-19 阳性样本）和 30 个 COVID-19 阴性样本）正在 IEDCR 进行测试。 结果不一致的样本将在 BRiCM RT PCR 试剂盒检测前被拒绝。 也就是说，可能需要来自 IEDCR 的 120 多个已识别样本通过 BCTL/CROL 的进口 RT-PCR 试剂盒和提取试剂盒进行分析。 这就是将选择 120 个样本用于 BRiCM RT-PCR 试剂盒性能评估的方式。

   3.5.2 为避免偏见和利益冲突，发起人和 PI/共同研究者将不知道样本 ID 和样本的阳性/阴性状态以及患者的临床记录。 在发送到 BCTL/CROL 之前，将在 IEDCR 识别存储和新鲜样本的阳性/阴性状态。 也就是说，BCTL/CROL 人员在分析前也将不知道样品身份证件 (ID) 和阳性阴性/阴性状态。 最后，CRO负责人将绩效评估证书发送给PI或Sponsor。

   3.5.3. 样本量的统计基础：

   公式：

   该研究对 120 名参与者进行（60 名存储的已知阳性和阴性，60 名新鲜的已知阳性和阴性）。 为了在估计 RT-PCR 的效率时达到期望的绝对准确度 (n)，最小样本量估计遵循离散伯努利概率函数，如下所示：

   Alfa= 5% D= 绝对准确度 (%)，置信度为 95%。 所需绝对精度 n D Alfa=5% Z=1.96 10 30.99% n D= (1.96)/(2* 平方根 (SQRT) (n)) 20 21.91% 100 9.80% 30 17.89% 120 8.94% 100 9.80% 200 6.93% 300 5.66% 400 4.90% 1000 3.10% 10000 0.98% 20000 0.69% 30000 0.57% 100000 0.3% 3.6 样本选择标准 3.6.1 纳入标准：COVID-19 Ct 值≤35 的 RT-PCR 阳性样本IEDCR 的基因将被选为 COVID-19 阳性。 RT-PCR 结果为阴性且在 IEDCR 没有扩增 COVID-19 基因的样本将被选为 COVID-19。

   • 性别：全部
   • 年龄：5 至 70 岁（儿童、成人、老年人） 7.8.2。 排除标准
   • 在 S 形曲线和 Ct 值方面具有模棱两可/模棱两可的 RT-PCR 结果的样本将被排除在外。

   不需要患者的同意，因为 CRO 将根据与 IEDCR 的谅解备忘录从 IEDCR 接收标本。 因此，CRO 方面不需要患者的登记和同意以及 CRF。

   3.7 数据收集程序：COVID-19 阳性样本将通过病毒 RNA 的阳性 RT-PCR 结果的实验​​室发现来确认。

   3.8 数据分析：将确定 BRiCM COVID-19 实时 RT-PCR 试剂盒的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值。 将执行卡方检验（双面）以比较分类变量。 p 值≤0.05 将被视为显着关联水平。 除了敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值外，还将计算 Kappa 系数、阳性似然比和阴性似然比。

   3.9 数据库通过既定的安全程序防止未经授权的访问；应维护数据库和相关软件文件的适当备份副本。 数据库由数据库管理员结合对数据库的任何更新或更改进行备份。

   3.10 研究者必须让监督者和授权代表可以访问研究数据。 研究者必须每三个月向主要研究者提供包含数据的中期研究报告。 根据要求，研究报告和数据可能会提供给孟加拉国医学研究委员会 (BMRC) 和药品管理局 (DGDA)。 调查员必须确保源文件的可靠性和可用性。

   3.11 监测访问将由主要研究者、合作研究者以及代表根据良好临床实践指南 (GCP) 进行。

   3.12 为了维护受试者的机密性，在病例记录表 (CRF) 和提交给研究者的其他文件中，只有站点编号、受试者编号和受试者首字母可以识别所有研究受试者。 其他受试者保密问题（如果适用）包含在临床研究协议中。

   3.13 所有记录将对 PI、共同研究者、申办者保密，IEDCR 负责人除外。 在发送给 BCTL/Contact Research Organization Limited (CROL) 4 之前，样品将在 IEDCR 中被识别为代码/ID 号和日期。对于这项研究，上述研究所 IEDCR/Bangladesh Clinical Trail Limited (BTCL)/CRO Ltd. 有能力通过现有资源进行临床试验以了解试剂盒的功效。 此外，根据资助机构之间的谅解备忘录，如果研究需要，CRO 可以管理化学品、试剂和技术。

   5. 利益冲突 BRiCM 是提议的 COVID-19 RT-PCR 试剂盒的资助机构，是在科技部行政控制下运作的法定机构。 它是化学测量领域的研究机构和参考机构。 它既不是商业企业，也不是营利组织。 根据宪法规定，BRiCM 的主要职责是开展研究，实现创新，为政府确保人民福祉的努力增加价值。