Effektiviteten til et Multiplex BangasureTM RT-PCR-sett for påvisning av COVID-19 (COVID-19)

Introduksjon:

Corona-viruset COVID-19-pandemien er den definerende globale helsekrisen i vår tid og den største utfordringen som har møtt siden andre verdenskrig. Pandemien er mye mer enn en helsekrise; det er også en enestående sosioøkonomisk krise. Siden det ble identifisert i Wuhan-regionen, Kina, har ikke bare viruset spredt seg over 213 land/territorier med 209 millioner tilfeller og 4,39 millioner globalt, men det kan også sette 400 millioner mennesker ut av jobben, slik Den internasjonale arbeidsorganisasjonen anslår.

For å begrense spredningen av sykdom har det blitt lansert tverrfaglige strategier i forskjellige regioner i verden, inkludert implementering av sosial distansering, opprettholdelse av personlig hygiene, kontaktsporing og implementering av karantene, reisebegrensninger og nedstengninger. En allment akseptert metode er testing for SARS-CoV-2, vanligvis ved bruk av nasofaryngeale vattpinneprøver. Pasienter testet positive krever passende klinisk behandling ved enten effektiv isolasjon eller karantene hjemme for milde symptomer eller i helseinstitusjoner for moderate til alvorlige symptomer. I tillegg gir bredskala testing mer informative epidemiologiske data for å utarbeide retningslinjer for sykdomsovervåking og kontroll. Mange tilnærminger har blitt foreslått for å oppdage SARS-CoV-2-virus i nasofaryngeale væsker som multiplex RT-PCR, CRISPR/Cas12 og CRISPR-Cas3, lateral flow immunoassay, papirbaserte bimolekylære sensorer, SHERLOCK-testing i én pott, DNA aptamer , loop-mediert isotermisk amplifikasjon (LAMP), etc. Blant disse metodene er nukleinsyreamplifikasjonsbaserte tester de vanligste for diagnosen SARS-CoV-2.

I tillegg foreslår US CDC en protokoll for påvisning av SARS-CoV-2, basert på amplifisering av to regioner av nukleokapsid-genet, nemlig N1 og N2, og et humant internkontrollgen RNase P (RP). I tillegg til disse strategiene pågår arbeidet med å utvikle SARS-CoV-2-deteksjonsmetoder med høy effektivitet og nøyaktighet, med mindre reaksjonstid og innsats.

Til tross for å være ansett som gullstandarden for SARS CoV-2-deteksjon, har testing halt etter i mange land på grunn av ulike faktorer, hvorav det viktigste er forsyningskjedeproblemer med mangel på reagenser og tilstrekkelige testsett. Derfor forblir mange pasienter (både symptomatiske og asymptomatiske) uprøvde og kan derfor potensielt bidra til spredning av viruset i samfunnet.

Hvis Bangladesh kan produsere sine egne RT-PCR-sett som ikke er dårligere i kvalitet når det gjelder sensitivitet, spesifisitet osv., vil det dempe mangelen på RT-PCR-sett, da etterforskerne er helt avhengige av importerte testsett og sparer også utenlandsk valuta. Dessuten er RT-PCR-testsett veldig temperaturfølsomme og trenger å opprettholde kjølekjeden for dens kvalitet, noe som kan reduseres ved å utvikle lokale RT PCR-sett. I tillegg har mange varianter av SARS-CoV-2 blitt utviklet på grunn av mutasjon, som har vist mer virulens og høy overføringshastighet. Så utvikling av nytt RT PCR-sett som kan oppdage nyere stamme kan være svært nyttig.

Så her er etterforskerens mål å utvikle det tre-genpåvisbare robuste RT-PCR-settet som vil være landet først og gi pålitelige resultater av forskjellige typer varianter av SARS-CoV-2-virus for å redusere dets overførbarhet og ta forebyggende styringsplan 2. Mål for studien:

1. Generelle mål: Primære mål er rettet mot å utvikle multipleks sanntids revers transkripsjonspolymerasekjedereaksjon (rRT-PCR) for å oppdage SARS-CoV-2.

2. Sekundære mål: For best RT-PCR-ytelse bør kombinasjonen av E- og N-genmål optimaliseres.

   3. Metodikk: 3.1. Studietype og formål: Dette er en casekontroll og observasjonsstudie der to eksisterende grupper frosne og ferske prøver identifiseres og sammenlignes.

   3.2. Studiested:

   • Institute Epidemiology Disease Control and Research (IEDCR)
   • M/S. Clinical Research Organisation Ltd 3.3. Eksempelinnsamlingssted(er):
   • Institutt for epidemiologi sykdomskontroll og forskning (IEDCR) eller
   • National Institute of Laboratory Medicine & Referral Center (NILMRC), Dhaka, Bangladesh.

   3.4. Studiens varighet: • 3 måneder (november 2021 til januar 2022) etter å ha fått etisk godkjenning fra Bangladesh Medical Research Council.

   3.5. Studiepopulasjon/utvalg 3.5.1 CRO vil motta testprøver fra IEDCR. IEDCR og BCTL/CROL som CRO har memorandum of understanding (MoU) for ulike forskningssamarbeid. Så, NILMRC/BCTL/CROL vil motta totalt 120 prøver fra IEDCR for evaluering av RT-PCR-settets effektivitet. Av de 120 prøvene vil 60 lagres prøver (30 COVID-19 kjente positive og 30 COVID-19 negative prøver) som har blitt oppbevart ved -80°C laboratoriefrysere ved IEDCR-anlegg og ytterligere 60 ferske prøver (30 COVID-19 positive) og 30 COVID-19 negative prøver) som testes ved IEDCR. Prøver med uoverensstemmende resultater vil bli avvist før testing med BRiCM RT PCR-sett. Det vil si at mer enn 120 identifiserte prøver fra IEDCR kan være nødvendig for å analysere med importerte RT-PCR-sett og ekstraksjonssett ved BCTL/CROL. Dette er hvordan 120 prøver vil bli valgt ut for ytelsesevaluering av BRiCM RT-PCR-settet.

   3.5.2 For å unngå partiskhet og interessekonflikter, vil sponsor og PI/medetterforskere bli blindet for prøve-ID og positiv/negativ status til prøvene og kliniske journaler til pasientene. Den positive/negative statusen til både lagrede og ferske prøver vil bli identifisert ved IEDCR før sending til BCTL/CROL. Det vil si at BCTL/CROL-personell også vil bli blindet til prøveidentitetsdokument (ID) og positiv negativ/negativ status før analyse. Til slutt vil CRO-sjefen sende ytelsesevalueringssertifikatet til PI eller sponsor.

   3.5.3. Statistisk grunnlag for prøvestørrelse:

   Formler:

   Studien er utført på 120 deltakere (60 lagrede kjente positive og negative og 60 ferske kjente positive og negative). For å oppnå ønsket absolutt nøyaktighet (n) ved å estimere effektiviteten til RT-PCR, er den minste prøvestørrelsen estimert etter den diskrete Bernoulli-sannsynlighetsfunksjonen som følger:

   Alfa= 5 % D= absolutt nøyaktighet (%) med 95 % konfidens. Ønsket absolutt nøyaktighet n D Alfa=5 % Z=1,96 10 30,99 % n D= (1,96)/(2* kvadratrot (SQRT) (n)) 20 21,91 % 100 9,80 % 30 17,89 % 120 1009 120 1009 1009 120 8 % 6,93 % 300 5,66 % 400 4,90 % 1000 3,10 % 10 000 0,98 % 20000 0,69 % 30 000 0,57 % 100 000 0,3 % 3,6 Prøvevalgskriterier 1 – P3-resultater for C. 3.6 Positive utvelgelseskriterier 3.6 Resultatene for C. 3.6 3.6 3.6. gener ved IEDCR vil bli valgt som COVID-19 positive. Prøver med negative RT-PCR-resultater uten amplifikasjon for COVID-19-genene ved IEDCR vil bli valgt som COVID-19.

   • Kjønn: Alle
   • Alder: 5 til 70 år (barn, voksen, eldre voksen) 7.8.2. Eksklusjonskriterier
   • Prøver med tvetydige/tvetydige RT-PCR-resultater når det gjelder sigmoidal kurve og Ct-verdi vil bli ekskludert.

   Det kreves ikke samtykke fra pasientene fordi CRO vil motta prøvene fra IEDCR i henhold til MOU med IEDCR. Så det er ingen krav om pasientregistrering og samtykker og CRF fra CRO-siden.

   3.7 Datainnsamlingsprosedyre: COVID-19 positive prøver vil bli bekreftet av laboratoriefunn av positive RT-PCR-resultater for virus-RNA.

   3.8 Dataanalyse: Sensitiviteten, spesifisiteten, den positive prediktive verdien og den negative prediktive verdien til BRiCM COVID-19 sanntids RT-PCR-sett vil bli bestemt. Kjikvadrattesten (tosidig) vil bli utført for å sammenligne kategoriske variabler. En p-verdi på ≤0,05 vil bli vurdert som nivået av signifikant assosiasjon. Ved siden av sensitivitet, spesifisitet, positiv prediktiv verdi og negativ prediktiv verdi, vil også Kappa-koeffisient, positivt sannsynlighetsforhold og negativt sannsynlighetsforhold beregnes.

   3.9 Databasen er sikret mot uautorisert tilgang av etablerte sikkerhetsprosedyrer; passende sikkerhetskopier av databasen og relaterte programvarefiler skal vedlikeholdes. Databaser sikkerhetskopieres av databaseadministratoren i forbindelse med eventuelle oppdateringer eller endringer i databasen.

   3.10 Etterforskeren må gjøre studiedata tilgjengelig for monitoren og autoriserte representanter. Utforskeren må gi foreløpig studierapport med data hver tredje måned til hovedutrederen. I henhold til krav kan studierapport og data leveres til Bangladesh Medical Research Council (BMRC) og Generaldirektoratet for Drug Administration (DGDA). Etterforskeren må sikre påliteligheten og tilgjengeligheten til kildedokumenter.

   3.11 Overvåkingsbesøk vil bli gjennomført av hovedetterforsker, medutforsker samt representantene i henhold til retningslinjer for god klinisk praksis (GCP).

   3.12 For å opprettholde emnets konfidensialitet vil bare et stedsnummer, emnenummer og emneinitialer identifisere alle studieemner på Case Records Forms (CRF) og annen dokumentasjon som sendes til etterforskeren. Ytterligere emnekonfidensialitetsspørsmål (hvis aktuelt) er dekket i den kliniske studieavtalen.

   3.13 Alle poster vil bli holdt hemmelige for PI, medetterforskere, sponsor, bortsett fra IEDCR-ansvarlige personer som har ansvaret. Prøver vil bli identifisert som kode/ID-nummer og dato hos IEDCR før de sendes til BCTL/Contact Research Organization Limited (CROL) 4. For denne studien har det nevnte instituttet IEDCR/Bangladesh Clinical Trail Limited (BTCL)/CRO Ltd. gjennomføre den kliniske utprøvingen for å finne ut effekten av settet gjennom deres eksisterende ressurs. I tillegg kan CRO administrere kjemikaliet, reagenset og teknologien hvis det er nødvendig for studien i henhold til MoU mellom finansieringsbyråer.

   5. Interessekonflikt BRiCM er finansieringsbyrået for foreslåtte COVID-19 RT-PCR-sett, er et lovpålagt organ som fungerer under administrativ kontroll av departementet for vitenskap og teknologi. Det er en forskningsorganisasjon og et referanseinstitutt innen kjemiske målinger. Det er verken et kommersielt foretak eller en profittgivende organisasjon. I henhold til konstitusjonelle sanksjoner er hovedansvaret til BRiCM å drive forskning som fører til slik innovasjon som vil gi verdi til regjeringens innsats for å sikre folkets velferd.