胃食管癌原发肿瘤与脑转移瘤的分子遗传学一致性比较 (GENCONCOR-2)

食管、胃食管结合部和胃的恶性肿瘤，统称为胃食管癌，在全球癌症发病率和死亡率中占相当大比例。 这些患者发生脑转移（BM）的情况，在早期病例系列中曾被估计发生率低于1-2%，被认为极其罕见，但如今其发生频率正日益被认识。 这种频率的增加主要归因于全身治疗的进步，这改善了颅外疾病的控制并延长了患者生存期，以及神经影像学的改进，增加了对先前无症状病灶的检测，从而揭示了大脑作为转移扩散的常见庇护部位。

尽管认知度不断提高，但胃食管癌脑转移的分子遗传学特征仍严重缺乏研究，关于关键预测生物标志物（如HER2、MSI、PD-L1和CLDN18.2）在配对原发和转移样本中的数据有限。 然而，近几十年来，胃食管癌脑转移患者的预后并未改善，中位生存期仍以月计。

为填补这一关键知识空白，我们此前启动了国际GASTROBRAIN研究（ClinicalTrials.gov ID: NCT07448493），该研究建立了一个大型多机构回顾性队列，包含超过230例胃和食管癌脑转移患者，并拥有全面的临床病理学及治疗数据。 作为下一步，我们系统性地识别、收集并集中了来自患者的存档组织学材料，这些患者拥有可用于转化研究GENCONCOR-2的原发肿瘤及对应脑转移的配对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本。 这种嵌套设计将能够对匹配肿瘤对中HER2、MSI、PD-L1（CPS）和CLDN18.2状态的一致性进行稳健研究——据我们所知，此类分析此前尚未报道过。

生物标志物评估

1. HER2状态将通过免疫组织化学（IHC）在Ventana GX平台上使用SP3抗体克隆（DAKO）及Ventana OptiView检测系统进行评估。 结果将根据ASCO-CAP指南进行评估。 对于胃、胃食管和食管腺癌样本，HER2 IHC评分将遵循为上消化道癌症建立的修改标准。 对于手术标本，3+阳性定义为≥10%肿瘤细胞中出现强、完整、基底侧或侧膜染色；对于活检标本，至少5个肿瘤细胞簇中出现强膜染色即视为阳性，无论染色肿瘤细胞百分比如何。 IHC 2+的病例（手术标本中≥10%肿瘤细胞出现弱至中度、完整、基底侧或侧膜染色，或活检中肿瘤细胞簇出现类似染色）将被视为不确定，并将通过原位杂交（ISH）（包括FISH、CISH或SISH）进行HER2基因拷贝数评估。 ISH的HER2阳性定义为HER2/CEP17比值≥2.0；或者，如果比值<2.0，则平均HER2基因拷贝数≥6.0信号/细胞。 IHC 2+且HER2/CEP17比值<2.0、平均HER2基因拷贝数在≥4.0至<6.0信号/细胞之间的病例将被视为不确定。 在此类不确定病例中，将咨询第二位评审员，并可能考虑在额外肿瘤材料上进行复测。
2. PD-L1状态将通过IHC在Dako Link48平台上使用DAKO 22C3抗体克隆及Dako EnVision Flex检测系统进行评估。 外部阳性对照为扁桃体组织。 结果将根据检测系统制造商的建议进行评估。 PD-L1表达将以综合阳性评分（CPS）报告，定义为PD-L1染色细胞（肿瘤细胞、淋巴细胞、巨噬细胞）数除以活肿瘤细胞总数，再乘以100。
3. MSI状态将通过IHC或PCR确定。 对于IHC评估，将评估错配修复蛋白（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2）的表达缺失。 对于基于PCR的分析，将使用五个单核苷酸重复标记（BAT25、BAT26、NR21、NR24、NR27）评估微卫星不稳定性。
4. CLDN18.2表达将通过IHC在Ventana平台上使用VENTANA CLDN18 (43-14A)检测进行评估。 根据临床试验和当前临床指南的既定标准，阳性表达定义为≥75%的活肿瘤细胞中出现中度至强（2+/3+）、完整、基底侧或侧膜染色。 此阈值将统一应用于所有样本，包括来自胃、胃食管结合部和食管腺癌患者的原发肿瘤和脑转移。
5. 如果资金到位，将在配对肿瘤样本上进行探索性二代测序（NGS），以识别额外的基因组改变并研究其在原发肿瘤和脑转移之间的一致性。

本研究的主要目标是在一个大型真实世界队列中评估原发胃食管癌与其匹配脑转移之间的总体分子不一致率（%）——定义为生物标志物状态不一致的病例数相对于分析的配对样本总数的比例。 除了总体不一致率外，还将分别分析每个生物标志物（HER2、MSI、PD-L1（CPS）和CLDN18.2）的不一致率（%）。 次要终点包括：

1. 总生存期（OS）：定义为从脑转移（BM）诊断日期到任何原因死亡日期或末次随访日期（删失）的时间。

2. 颅内进展时间（TTIP）：定义为从初始胃和食管癌诊断日期到首次检测到BM的日期。 基于此间隔，患者将被分为两组：

   • 同步BM：在原发肿瘤诊断之前或2个月内（≤60天）诊断的BM。
   • 异时BM：在原发肿瘤诊断后超过2个月（>60天）诊断的BM。

3. 中枢神经系统无进展生存期（CNS-PFS）：定义为从BM首次局部治疗日期到后续颅内进展日期或末次器械随访日期（删失）的时间。 后续颅内进展包括：

   • 治疗病灶的持续生长（≤6个月内）；
   • 治疗病灶的局部复发（>6个月后）；
   • 新发远处颅内病灶的出现。 探索性目标：在资金允许的情况下，将在配对样本上进行二代测序（NGS），以探索更广泛基因组改变在原发肿瘤与其匹配脑转移之间的一致性。

统计分析。 所有统计分析将使用IBM SPSS Statistics（版本29.0）和STATA（版本17.0，StataCorp LLC）进行。 双侧p值<0.05将被认为具有统计学意义。

• 描述性统计。 分类变量将以绝对频率（n）和相对频率（%）表示。 连续变量将评估正态性。 正态分布变量将以均值±标准差（SD）表示；非正态分布变量将以中位数（四分位距，IQR）表示。 所有变量的缺失数据频率将被报告。
• 不一致性和一致性分析。 主要终点是总体分子不一致率（%）——定义为原发肿瘤与其匹配脑转移之间生物标志物状态不一致的病例数相对于分析的配对样本总数的比例。 除了总体不一致率外，还将分别分析每个生物标志物（HER2、MSI、PD-L1（CPS）和CLDN18.2）的不一致率（%）。 此外，将使用总体百分比一致性和Cohen's kappa系数（κ）及95%置信区间评估一致性。 Kappa值将按如下解释：≤0=极差一致性，0.01-0.20=轻微一致性，0.21-0.40=一般一致性，0.41-0.60=中等一致性，0.61-0.80=高度一致性，0.81-1.00=几乎完全一致。
• 生存分析。 生存曲线将使用Kaplan-Meier法估计。 将报告中位生存时间及95%置信区间（CI）。 组间生存曲线（例如，一致病例vs.不一致病例，生物标志物阳性vs.生物标志物阴性）的比较将使用对数秩检验进行。
• 单变量和多变量分析。 将进行单变量Cox比例风险回归以识别与生存结果（OS、CNS-PFS）相关的潜在预后因素。 单变量分析中p<0.10的变量，以及无论显著性如何但临床相关的因素，将进入多变量Cox比例风险回归模型以识别独立预后因素。 将检验比例风险假设。 结果将以风险比（HR）及95% CI呈现。
• 与临床病理学数据的关联。 生物标志物状态和不一致模式将与临床病理学变量和治疗方式相关联，使用卡方检验或Fisher精确检验处理分类变量，t检验或Mann-Whitney U检验处理连续变量（视情况而定）。 这些分析将利用母GASTROBRAIN队列中建立的全面临床病理学数据集。
• 缺失数据处理。 所有变量的缺失数据比例将被报告。 将探索缺失模式。 鉴于本转化研究的辅助性质，仅包含完整配对生物标志物数据的病例将被纳入此分析。