Сравнение молекулярно-генетической конкордантности первичной опухоли и метастазов в головном мозге при гастроэзофагеальных раках (GENCONCOR-2)

Злокачественные новообразования пищевода, гастроэзофагеального перехода и желудка, в совокупности называемые гастроэзофагеальными раками, составляют значительную долю заболеваемости и смертности от рака во всем мире. Развитие метастазов в головной мозг (МГМ) у этих пациентов, ранее считавшееся крайне редким событием с частотой, по оценкам, менее 1-2% в ранних сериях случаев, в настоящее время распознается все чаще. Это учащение в значительной степени связано с достижениями в системной терапии, которые привели к улучшению контроля внечерепного заболевания и увеличению выживаемости пациентов, а также с совершенствованием нейровизуализации, что повысило выявление ранее бессимптомных поражений, тем самым обнажив мозг как распространенное убежище для метастатического распространения.

Несмотря на это растущее признание, молекулярно-генетический ландшафт МГМ от гастроэзофагеальных раков остается критически недостаточно изученным, с ограниченными данными о ключевых прогностических биомаркерах, таких как HER2, MSI, PD-L1 и CLDN18.2, в парных первичных и метастатических образцах. Тем не менее, прогноз для пациентов с метастазами в головной мозг от гастроэзофагеального рака не улучшился за последние десятилетия, медиана выживаемости все еще измеряется месяцами.

Чтобы восполнить этот критический пробел в знаниях, мы ранее инициировали международное исследование GASTROBRAIN (ClinicalTrials.gov ID: NCT07448493), в котором была создана большая многоинституциональная ретроспективная когорта из более чем 230 пациентов с метастазами в головной мозг от рака желудка и пищевода, с комплексными клинико-патологическими данными и данными о лечении. В качестве следующего шага мы систематически идентифицировали, собрали и централизовали архивный гистологический материал от пациентов с доступными парными образцами ткани первичной опухоли и соответствующих МГМ, зафиксированными в формалине и залитыми в парафин (ФФПЭ), для трансляционного исследования GENCONCOR-2. Такая вложенная конструкция позволит провести надежное исследование согласованности статуса HER2, MSI, PD-L1 (CPS) и CLDN18.2 в парных образцах опухолей — анализ, который, насколько нам известно, ранее не сообщался.

Оценка биомаркеров

1. Статус HER2 будет оцениваться с помощью иммуногистохимии (ИГХ) с использованием клона антитела SP3 (DAKO) на платформе Ventana GX с системой детекции Ventana OptiView. Результаты будут оцениваться в соответствии с рекомендациями ASCO-CAP. Для образцов аденокарциномы желудка, гастроэзофагеального перехода и пищевода оценка ИГХ HER2 будет следовать модифицированным критериям, установленным для раков верхних отделов желудочно-кишечного тракта. Для хирургических образцов 3+ позитивность определяется как сильное полное, базолатеральное или латеральное мембранное окрашивание в ≥ 10% опухолевых клеток; для биопсийных образцов сильное мембранное окрашивание в кластере не менее 5 опухолевых клеток считается положительным независимо от процента окрашенных опухолевых клеток. Случаи с ИГХ 2+ (слабое-умеренное полное, базолатеральное или латеральное мембранное окрашивание в ≥ 10% опухолевых клеток для хирургических образцов или в кластере опухолевых клеток для биопсий) будут считаться сомнительными и будут подвергнуты оценке числа копий гена HER2 с помощью гибридизации in situ (ГИС), включая FISH, CISH или SISH. Позитивность HER2 по ГИС будет определяться как отношение HER2/CEP17 ≥ 2,0; или, если отношение < 2,0, среднее число копий гена HER2 ≥ 6,0 сигналов на клетку. Случаи с ИГХ 2+ и отношением HER2/CEP17 < 2,0 со средним числом копий гена HER2 между ≥ 4,0 и < 6,0 сигналов на клетку будут считаться неопределенными. В таких неопределенных случаях будет привлечен второй рецензент, и может быть рассмотрено повторное тестирование на дополнительном опухолевом материале.
2. Статус PD-L1 будет оцениваться с помощью ИГХ с использованием клона антитела DAKO 22C3 на платформе Dako Link48 с системой детекции Dako EnVision Flex. Внешним положительным контролем будет ткань миндалины. Результаты будут оцениваться в соответствии с рекомендациями производителя тест-системы. Экспрессия PD-L1 будет сообщаться как Комбинированный балл позитивности (CPS), определяемый как количество PD-L1-окрашенных клеток (опухолевых клеток, лимфоцитов, макрофагов), деленное на общее количество жизнеспособных опухолевых клеток, умноженное на 100.
3. Статус MSI будет определяться с помощью ИГХ или ПЦР. Для оценки ИГХ будет оцениваться потеря экспрессии белков системы репарации ошибочно спаренных оснований (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). Для анализа на основе ПЦР микросателлитная нестабильность будет оцениваться с использованием пяти моноповторных маркеров (BAT25, BAT26, NR21, NR24, NR27).
4. Экспрессия CLDN18.2 будет оцениваться с помощью ИГХ с использованием анализа VENTANA CLDN18 (43-14A) на платформе Ventana. Положительная экспрессия будет определяться как умеренно-сильное (2+/3+) полное, базолатеральное или латеральное мембранное окрашивание в ≥ 75% жизнеспособных опухолевых клеток, в соответствии с установленными критериями клинических испытаний и текущими клиническими рекомендациями. Этот порог будет применяться единообразно ко всем образцам, включая как первичные опухоли, так и метастазы в головной мозг, от пациентов с аденокарциномами желудка, гастроэзофагеального перехода и пищевода.
5. Если появятся финансы, на парных опухолевых образцах будет проведено разведочное секвенирование нового поколения (NGS) для выявления дополнительных геномных изменений и исследования их согласованности между первичными опухолями и метастазами в головной мозг.

Основной целью данного исследования является оценка в большой когорте реальной практики общей частоты молекулярного рассогласования (%) между первичными гастроэзофагеальными раками и их парными метастазами в головной мозг — определяемой как доля случаев с рассогласованным статусом биомаркеров относительно общего количества проанализированных парных образцов. Помимо общей частоты рассогласования, частота рассогласования (%) будет проанализирована отдельно для каждого биомаркера (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) и CLDN18.2). Вторичные конечные точки включают:

1. Общая выживаемость (ОВ): Определяется как время от даты диагностики метастаза в головной мозг (МГМ) до даты смерти от любой причины или последнего наблюдения (цензурировано).

2. Время до внутричерепного прогрессирования (TTIP): Определяется как время от даты первоначальной диагностики рака желудка и пищевода до даты первого выявления МГМ. На основе этого интервала пациенты будут разделены на две группы:

   • Синхронные МГМ: МГМ диагностированы либо до, либо в течение 2 месяцев (≤ 60 дней) с момента диагностики первичной опухоли.
   • Метахронные МГМ: МГМ диагностированы более чем через 2 месяца (> 60 дней) после диагностики первичной опухоли.

3. Выживаемость без прогрессирования в центральной нервной системе (CNS-PFS): Определяется как время от даты первого локального лечения МГМ до даты последующего внутричерепного прогрессирования или последнего инструментального наблюдения (цензурировано). Последующее внутричерепное прогрессирование включает:

   • Продолжающийся рост обработанного поражения (≤ 6 месяцев после лечения);
   • Местный рецидив обработанного поражения (> 6 месяцев после лечения);
   • Развитие новых отдаленных внутричерепных поражений. Разведочная цель: При наличии финансирования на парных образцах будет проведено секвенирование нового поколения (NGS) для изучения согласованности более широкого набора геномных изменений между первичными опухолями и их парными метастазами в головной мозг.

Статистический анализ. Все статистические анализы будут выполнены с использованием IBM SPSS Statistics (версия 29.0) и STATA (версия 17.0, StataCorp LLC). Двустороннее p-значение < 0,05 будет считаться статистически значимым.

• Описательная статистика. Категориальные переменные будут представлены в виде абсолютных частот (n) и относительных частот (%). Непрерывные переменные будут проверены на нормальность. Нормально распределенные переменные будут представлены как среднее значение со стандартным отклонением (SD); ненормально распределенные переменные будут представлены как медиана с межквартильным размахом (IQR). Частота пропущенных данных будет указана для всех переменных.
• Анализ рассогласования и согласованности. Первичная конечная точка — общая частота молекулярного рассогласования (%) — определяется как доля случаев с рассогласованным статусом биомаркеров между первичной опухолью и ее парным метастазом в головной мозг относительно общего количества проанализированных парных образцов. Помимо общей частоты рассогласования, частота рассогласования (%) будет проанализирована отдельно для каждого биомаркера (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) и CLDN18.2). Кроме того, согласованность будет оцениваться с использованием общего процента согласия и коэффициента каппа Коэна (κ) с 95% доверительными интервалами. Значения каппа будут интерпретироваться следующим образом: ≤ 0 = плохое согласие, 0,01–0,20 = незначительное согласие, 0,21–0,40 = слабое согласие, 0,41–0,60 = умеренное согласие, 0,61–0,80 = существенное согласие и 0,81–1,00 = почти идеальное согласие.
• Анализ выживаемости. Кривые выживаемости будут оценены с использованием метода Каплана-Мейера. Будут представлены медианы времени выживания с 95% доверительными интервалами (ДИ). Сравнение кривых выживаемости между группами (например, согласованные vs. рассогласованные случаи, биомаркер-положительные vs. биомаркер-отрицательные) будет выполнено с использованием лог-рангового критерия.
• Однофакторный и многофакторный анализ. Будет выполнен однофакторный регрессионный анализ пропорциональных рисков Кокса для выявления потенциальных прогностических факторов, связанных с исходами выживаемости (ОВ, CNS-PFS). Переменные с p < 0,10 при однофакторном анализе, а также клинически значимые факторы независимо от значимости, будут включены в многофакторные модели регрессии пропорциональных рисков Кокса для выявления независимых прогностических факторов. Будет проверено предположение о пропорциональности рисков. Результаты будут представлены в виде отношений рисков (ОР) с 95% ДИ.
• Связь с клинико-патологическими данными. Статус биомаркеров и паттерны рассогласования будут соотнесены с клинико-патологическими переменными и методами лечения с использованием критерия хи-квадрат или точного критерия Фишера для категориальных переменных, и t-критерия или критерия Манна-Уитни для непрерывных переменных, в зависимости от ситуации. Эти анализы будут использовать комплексный клинико-патологический набор данных, созданный в рамках родительской когорты GASTROBRAIN.
• Обработка пропущенных данных. Доля пропущенных данных будет указана для всех переменных. Будут изучены паттерны пропусков. Учитывая вспомогательный характер данного трансляционного исследования, в этот анализ будут включены только случаи с полными парными данными по биомаркерам.