Comparaison de la concordance moléculaire-génétique de la tumeur primitive et des métastases cérébrales des cancers gastro-œsophagiens (GENCONCOR-2)

Les tumeurs malignes de l'œsophage, de la jonction gastro-œsophagienne et de l'estomac, collectivement appelées cancers gastro-œsophagiens, représentent une proportion substantielle de l'incidence et de la mortalité par cancer à l'échelle mondiale. Le développement de métastases cérébrales (MC) chez ces patients, autrefois considéré comme un événement extrêmement rare avec des incidences estimées à moins de 1-2 % dans les premières séries de cas, est désormais reconnu avec une fréquence croissante. Cette fréquence croissante est largement attribuée aux progrès de la thérapie systémique, qui ont conduit à un meilleur contrôle de la maladie extracrânienne et à une survie prolongée des patients, ainsi qu'à l'amélioration de la neuro-imagerie, qui a augmenté la détection de lésions auparavant asymptomatiques, révélant ainsi le cerveau comme un site refuge commun pour la dissémination métastatique.

Malgré cette reconnaissance croissante, le paysage moléculaire-génétique des MC des cancers gastro-œsophagiens reste extrêmement sous-étudié, avec des données limitées sur les biomarqueurs prédictifs clés tels que HER2, MSI, PD-L1 et CLDN18.2 dans des échantillons primaires et métastatiques appariés. Néanmoins, le pronostic des patients atteints de métastases cérébrales de cancer gastro-œsophagien ne s'est pas amélioré au cours des dernières décennies, la survie médiane étant toujours mesurée en mois.

Pour combler cette lacune critique de connaissances, nous avons précédemment initié l'étude internationale GASTROBRAIN (ClinicalTrials.gov ID : NCT07448493), qui a établi une large cohorte rétrospective multi-institutionnelle de plus de 230 patients atteints de métastases cérébrales de cancer gastrique et œsophagien, avec des données clinicopathologiques et thérapeutiques complètes. Dans l'étape suivante, nous avons systématiquement identifié, collecté et centralisé du matériel histologique d'archives provenant de patients avec des échantillons de tissus appariés fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) de la tumeur primaire et de la MC correspondante pour l'étude translationnelle GENCONCOR-2. Ce design niché permettra une investigation robuste de la concordance du statut de HER2, MSI, PD-L1 (CPS) et CLDN18.2 dans des paires tumorales appariées - une analyse qui, à notre connaissance, n'a pas été rapportée auparavant.

Évaluation des biomarqueurs

1. Le statut HER2 sera évalué par immunohistochimie (IHC) en utilisant le clone d'anticorps SP3 (DAKO) sur la plateforme Ventana GX avec le système de détection Ventana OptiView. Les résultats seront évalués selon les recommandations ASCO-CAP. Pour les échantillons d'adénocarcinome gastrique, gastro-œsophagien et œsophagien, le score IHC HER2 suivra les critères modifiés établis pour les cancers des voies digestives supérieures. Pour les spécimens chirurgicaux, une positivité 3+ est définie comme une coloration membranaire complète, basolatérale ou latérale forte dans ≥ 10 % des cellules tumorales ; pour les spécimens de biopsie, une coloration membranaire forte dans un agrégat d'au moins 5 cellules tumorales est considérée comme positive indépendamment du pourcentage de cellules tumorales colorées. Les cas avec IHC 2+ (coloration membranaire complète, basolatérale ou latérale faible à modérée dans ≥ 10 % des cellules tumorales pour les spécimens chirurgicaux, ou dans un agrégat de cellules tumorales pour les biopsies) seront considérés comme équivoques et subiront une évaluation du nombre de copies du gène HER2 par hybridation in situ (ISH), incluant FISH, CISH ou SISH. La positivité HER2 par ISH sera définie comme un rapport HER2/CEP17 ≥ 2,0 ; ou, si le rapport est < 2,0, un nombre moyen de copies du gène HER2 ≥ 6,0 signaux par cellule. Les cas avec IHC 2+ et un rapport HER2/CEP17 < 2,0 avec un nombre moyen de copies du gène HER2 entre ≥ 4,0 et < 6,0 signaux par cellule seront considérés comme indéterminés. Dans de tels cas indéterminés, un deuxième évaluateur sera consulté, et un retest sur du matériel tumoral supplémentaire pourra être envisagé.
2. Le statut PD-L1 sera évalué par IHC en utilisant le clone d'anticorps DAKO 22C3 sur la plateforme Dako Link48 avec le système de détection Dako EnVision Flex. Le contrôle positif externe sera du tissu amygdalien. Les résultats seront évalués selon les recommandations du fabricant du système de test. L'expression de PD-L1 sera rapportée sous forme de Score Positif Combiné (CPS), défini comme le nombre de cellules colorées pour PD-L1 (cellules tumorales, lymphocytes, macrophages) divisé par le nombre total de cellules tumorales viables, multiplié par 100.
3. Le statut MSI sera déterminé par IHC ou PCR. Pour l'évaluation par IHC, la perte d'expression des protéines de réparation des mésappariements (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) sera évaluée. Pour l'analyse par PCR, l'instabilité des microsatellites sera évaluée en utilisant cinq marqueurs de répétition mononucléotidique (BAT25, BAT26, NR21, NR24, NR27).
4. L'expression de CLDN18.2 sera évaluée par IHC en utilisant le test VENTANA CLDN18 (43-14A) sur la plateforme Ventana. Une expression positive sera définie comme une coloration membranaire complète, basolatérale ou latérale modérée à forte (2+/3+) dans ≥ 75 % des cellules tumorales viables, conformément aux critères établis des essais cliniques et des recommandations cliniques actuelles. Ce seuil sera appliqué uniformément à tous les échantillons, y compris les tumeurs primaires et les métastases cérébrales, des patients atteints d'adénocarcinomes gastriques, de la jonction gastro-œsophagienne et œsophagiens.
5. Si des financements deviennent disponibles, un séquençage de nouvelle génération (NGS) exploratoire sera réalisé sur des échantillons tumoraux appariés pour identifier des altérations génomiques supplémentaires et étudier leur concordance entre les tumeurs primaires et les métastases cérébrales.

L'objectif principal de cette étude est d'évaluer, dans une large cohorte du monde réel, le taux global de discordance moléculaire (%) entre les cancers gastro-œsophagiens primaires et leurs métastases cérébrales appariées - défini comme la proportion de cas avec un statut de biomarqueur discordant par rapport au nombre total d'échantillons appariés analysés. En plus du taux global de discordance, le taux de discordance (%) sera analysé séparément pour chaque biomarqueur (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) et CLDN18.2). Les critères secondaires incluent :

1. Survie Globale (OS) : Définie comme le temps entre la date du diagnostic de métastase cérébrale (MC) et la date de décès, quelle qu'en soit la cause, ou la dernière date de suivi (censurée).

2. Temps jusqu'à la Progression Intracrânienne (TTIP) : Défini comme le temps entre la date du diagnostic initial de cancer gastrique et œsophagien et la date de la première détection de MC. Sur la base de cet intervalle, les patients seront catégorisés en deux groupes :

   • MC synchrones : MC diagnostiquées soit avant, soit dans les 2 mois (≤ 60 jours) suivant le diagnostic de la tumeur primaire.
   • MC métachrones : MC diagnostiquées plus de 2 mois (> 60 jours) après le diagnostic de la tumeur primaire.

3. Survie sans Progression du Système Nerveux Central (CNS-PFS) : Définie comme le temps entre la date du premier traitement local pour MC et la date d'une progression intracrânienne ultérieure ou de la dernière évaluation instrumentale de suivi (censurée). La progression intracrânienne ultérieure inclut :

   • La croissance continue de la lésion traitée (≤ 6 mois après) ;
   • La récidive locale de la lésion traitée (> 6 mois après) ;
   • Le développement de nouvelles lésions intracrâniennes distantes. Objectif exploratoire : Sous réserve de disponibilité des financements, un séquençage de nouvelle génération (NGS) sera réalisé sur des échantillons appariés pour explorer la concordance d'un panel élargi d'altérations génomiques entre les tumeurs primaires et leurs métastases cérébrales appariées.

Analyse statistique. Toutes les analyses statistiques seront réalisées en utilisant IBM SPSS Statistics (version 29.0) et STATA (version 17.0, StataCorp LLC). Une valeur p bilatérale < 0,05 sera considérée comme statistiquement significative.

• Statistiques descriptives. Les variables catégorielles seront présentées sous forme de fréquences absolues (n) et de fréquences relatives (%). Les variables continues seront évaluées pour la normalité. Les variables normalement distribuées seront présentées sous forme de moyenne avec écart-type (ET) ; les variables non normalement distribuées seront présentées sous forme de médiane avec intervalle interquartile (IQR). La fréquence des données manquantes sera rapportée pour toutes les variables.
• Analyse de la discordance et de la concordance. Le critère principal est le taux global de discordance moléculaire (%) - défini comme la proportion de cas avec un statut de biomarqueur discordant entre la tumeur primaire et sa métastase cérébrale appariée par rapport au nombre total d'échantillons appariés analysés. En plus du taux global de discordance, le taux de discordance (%) sera analysé séparément pour chaque biomarqueur (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) et CLDN18.2). De plus, la concordance sera évaluée en utilisant le pourcentage global d'accord et le coefficient kappa de Cohen (κ) avec des intervalles de confiance à 95 %. Les valeurs kappa seront interprétées comme suit : ≤ 0 = accord pauvre, 0,01-0,20 = accord léger, 0,21-0,40 = accord modéré, 0,41-0,60 = accord moyen, 0,61-0,80 = accord substantiel, et 0,81-1,00 = accord presque parfait.
• Analyse de survie. Les courbes de survie seront estimées en utilisant la méthode de Kaplan-Meier. Les temps de survie médians avec intervalles de confiance à 95 % (IC) seront rapportés. La comparaison des courbes de survie entre les groupes (par exemple, cas concordants vs discordants, biomarqueur-positif vs biomarqueur-négatif) sera réalisée en utilisant le test du log-rank.
• Analyse univariée et multivariée. Une régression de Cox univariée sera réalisée pour identifier les facteurs pronostiques potentiels associés aux résultats de survie (OS, CNS-PFS). Les variables avec p < 0,10 en analyse univariée, ainsi que les facteurs cliniquement pertinents indépendamment de leur significativité, seront inclus dans des modèles de régression de Cox multivariée pour identifier les facteurs pronostiques indépendants. L'hypothèse des risques proportionnels sera testée. Les résultats seront présentés sous forme de rapports de risque (HR) avec IC à 95 %.
• Association avec les données clinicopathologiques. Le statut des biomarqueurs et les schémas de discordance seront corrélés avec les variables clinicopathologiques et les modalités de traitement en utilisant le test du chi carré ou le test exact de Fisher pour les variables catégorielles, et le test t ou le test U de Mann-Whitney pour les variables continues, selon le cas. Ces analyses s'appuieront sur l'ensemble de données clinicopathologiques complet établi dans la cohorte mère GASTROBRAIN.
• Gestion des données manquantes. La proportion de données manquantes sera rapportée pour toutes les variables. Les schémas de manquants seront explorés. Étant donné la nature ancillaire de cette étude translationnelle, seuls les cas avec des données de biomarqueurs appariées complètes seront inclus dans cette analyse.