Porównanie zgodności molekularno-genetycznej guza pierwotnego i przerzutów do mózgu w nowotworach żołądkowo-przełykowych (GENCONCOR-2)

Nowotwory złośliwe przełyku, połączenia przełykowo-żołądkowego i żołądka, określane zbiorczo jako nowotwory przełykowo-żołądkowe, stanowią znaczącą część zachorowań i zgonów z powodu raka na świecie. Rozwój przerzutów do mózgu (BM) u tych pacjentów, niegdyś uważany za niezwykle rzadki (wczesne serie przypadków szacowały częstość na mniej niż 1-2%), jest obecnie rozpoznawany z rosnącą częstotliwością. Ten wzrost częstości w dużej mierze przypisuje się postępom w leczeniu systemowym, które poprawiły kontrolę choroby pozaczaszkowej i wydłużyły przeżycie pacjentów, a także ulepszeniom w neuroobrazowaniu, które zwiększyły wykrywalność wcześniej bezobjawowych zmian, ujawniając mózg jako częste miejsce sanktuarium dla rozprzestrzeniania się przerzutów.

Pomimo tego rosnącego rozpoznania, krajobraz molekularno-genetyczny BM pochodzących z nowotworów przełykowo-żołądkowych pozostaje krytycznie słabo zbadany, z ograniczonymi danymi dotyczącymi kluczowych biomarkerów predykcyjnych, takich jak HER2, MSI, PD-L1 i CLDN18.2, w sparowanych próbkach pierwotnych i przerzutowych. Niemniej jednak, rokowanie dla pacjentów z przerzutami do mózgu z nowotworów przełykowo-żołądkowych nie poprawiło się w ostatnich dekadach, a medianę przeżycia nadal mierzy się w miesiącach.

Aby wypełnić tę krytyczną lukę w wiedzy, wcześniej zainicjowaliśmy międzynarodowe badanie GASTROBRAIN (ClinicalTrials.gov ID: NCT07448493), które utworzyło dużą, wieloośrodkową, retrospektywną kohortę ponad 230 pacjentów z przerzutami do mózgu z raka żołądka i przełyku, z kompleksowymi danymi kliniczno-patologicznymi i dotyczącymi leczenia. Jako kolejny krok, systematycznie zidentyfikowaliśmy, zebraliśmy i scentralizowaliśmy archiwalny materiał histologiczny od pacjentów z dostępnymi sparowanymi tkankami pierwotnego guza i odpowiadającego mu BM utrwalonymi w parafinie (FFPE) dla translacyjnego badania GENCONCOR-2. To zagnieżdżone (nested) podejście umożliwi solidne zbadanie zgodności statusu HER2, MSI, PD-L1 (CPS) i CLDN18.2 w dopasowanych parach guzów – analizę, która, według naszej wiedzy, nie była wcześniej raportowana.

Ocena Biomarkerów

1. Status HER2 będzie oceniany metodą immunohistochemii (IHC) z użyciem przeciwciała klonu SP3 (DAKO) na platformie Ventana GX z systemem detekcji Ventana OptiView. Wyniki będą oceniane zgodnie z wytycznymi ASCO-CAP. Dla próbek gruczolakoraka żołądka, przełykowo-żołądkowego i przełyku, ocena IHC HER2 będzie przebiegać według zmodyfikowanych kryteriów ustalonych dla nowotworów górnego odcinka przewodu pokarmowego. Dla próbek chirurgicznych, pozytywność 3+ jest zdefiniowana jako silne, kompletne, podstawnoboczne lub boczne barwienie błonowe w ≥ 10% komórek nowotworowych; dla próbek biopsyjnych, silne barwienie błonowe w skupisku co najmniej 5 komórek nowotworowych jest uznawane za pozytywne niezależnie od procenta zabarwionych komórek nowotworowych. Przypadki z IHC 2+ (słabe do umiarkowane, kompletne, podstawnoboczne lub boczne barwienie błonowe w ≥ 10% komórek nowotworowych dla próbek chirurgicznych lub w skupisku komórek nowotworowych dla biopsji) będą uznawane za niejednoznaczne i zostaną poddane ocenie liczby kopii genu HER2 metodą hybrydyzacji in situ (ISH), w tym FISH, CISH lub SISH. Pozytywność HER2 w ISH będzie zdefiniowana jako stosunek HER2/CEP17 ≥ 2.0; lub, jeśli stosunek jest < 2.0, średnia liczba kopii genu HER2 ≥ 6.0 sygnałów na komórkę. Przypadki z IHC 2+ i stosunkiem HER2/CEP17 < 2.0 ze średnią liczbą kopii genu HER2 między ≥ 4.0 a < 6.0 sygnałów na komórkę będą uznawane za nieokreślone. W takich nieokreślonych przypadkach zostanie zasięgnięta opinia drugiego oceniającego i może zostać rozważone ponowne badanie na dodatkowym materiale nowotworowym.
2. Status PD-L1 będzie oceniany metodą IHC z użyciem przeciwciała klonu DAKO 22C3 na platformie Dako Link48 z systemem detekcji Dako EnVision Flex. Zewnętrzną kontrolą pozytywną będzie tkanka migdałka. Wyniki będą oceniane zgodnie z zaleceniami producenta systemu testowego. Ekspresja PD-L1 będzie raportowana jako Połączony Wynik Pozytywny (CPS), zdefiniowany jako liczba komórek barwiących się na PD-L1 (komórki nowotworowe, limfocyty, makrofagi) podzielona przez całkowitą liczbę żywych komórek nowotworowych, pomnożona przez 100.
3. Status MSI będzie określany metodą IHC lub PCR. Do oceny IHC będzie badana utrata ekspresji białek naprawy błędnie sparowanych nukleotydów (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2). Do analizy opartej na PCR, niestabilność mikrosatelitarna będzie oceniana przy użyciu pięciu markerów mononukleotydowych powtórzeń (BAT25, BAT26, NR21, NR24, NR27).
4. Ekspresja CLDN18.2 będzie oceniana metodą IHC z użyciem testu VENTANA CLDN18 (43-14A) na platformie Ventana. Pozytywna ekspresja będzie zdefiniowana jako umiarkowane do silne (2+/3+) kompletne, podstawnoboczne lub boczne barwienie błonowe w ≥ 75% żywych komórek nowotworowych, zgodnie z ustalonymi kryteriami z badań klinicznych i obecnymi wytycznymi klinicznymi. Ten próg będzie stosowany jednolicie do wszystkich próbek, w tym zarówno guzów pierwotnych, jak i przerzutów do mózgu, od pacjentów z gruczolakorakami żołądka, połączenia przełykowo-żołądkowego i przełyku.
5. Jeśli pojawią się środki finansowe, eksploracyjne sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) zostanie przeprowadzone na sparowanych próbkach guza w celu identyfikacji dodatkowych zmian genomowych i zbadania ich zgodności między guzami pierwotnymi a przerzutami do mózgu.

Głównym celem tego badania jest ocena, w dużej kohorcie z praktyki klinicznej, ogólnego odsetka (%) rozbieżności molekularnych między pierwotnymi nowotworami przełykowo-żołądkowymi a ich dopasowanymi przerzutami do mózgu – zdefiniowanego jako odsetek przypadków z rozbieżnym statusem biomarkerów w stosunku do całkowitej liczby przeanalizowanych sparowanych próbek. Oprócz ogólnego odsetka rozbieżności, odsetek rozbieżności (%) będzie analizowany oddzielnie dla każdego biomarkera (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) i CLDN18.2). Drugorzędowe punkty końcowe obejmują:

1. Całkowite Przeżycie (OS): Zdefiniowane jako czas od daty rozpoznania przerzutu do mózgu (BM) do daty zgonu z jakiejkolwiek przyczyny lub ostatniej obserwacji (cenzurowane).

2. Czas do Wewnątrzczaszkowej Progresji (TTIP): Zdefiniowany jako czas od daty początkowej diagnozy raka żołądka i przełyku do daty pierwszego wykrycia BM. Na podstawie tego odstępu pacjenci zostaną skategoryzowani na dwie grupy:

   • Synchroniczne BM: BM zdiagnozowane przed lub w ciągu 2 miesięcy (≤ 60 dni) od diagnozy guza pierwotnego.
   • Metachroniczne BM: BM zdiagnozowane więcej niż 2 miesiące (> 60 dni) po diagnozie guza pierwotnego.

3. Wolne od Progresji w Ośrodkowym Układzie Nerwowym (CNS-PFS): Zdefiniowane jako czas od daty pierwszego leczenia miejscowego BM do daty późniejszej progresji wewnątrzczaszkowej lub ostatniej instrumentalnej obserwacji (cenzurowane). Późniejsza progresja wewnątrzczaszkowa obejmuje:

   • Kontynuowany wzrost leczonej zmiany (≤ 6 miesięcy od leczenia);
   • Miejscowy nawrót leczonej zmiany (> 6 miesięcy od leczenia);
   • Rozwój nowych odległych zmian wewnątrzczaszkowych. Cel eksploracyjny: W zależności od dostępności funduszy, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) zostanie przeprowadzone na sparowanych próbkach w celu zbadania zgodności szerszego panelu zmian genomowych między guzami pierwotnymi a ich dopasowanymi przerzutami do mózgu.

Analiza Statystyczna. Wszystkie analizy statystyczne zostaną przeprowadzone z użyciem IBM SPSS Statistics (wersja 29.0) i STATA (wersja 17.0, StataCorp LLC). Dwustronna wartość p < 0,05 będzie uznawana za statystycznie istotną.

• Statystyki Opisowe. Zmienne kategoryczne będą prezentowane jako częstości absolutne (n) i względne (%). Zmienne ciągłe będą badane pod kątem normalności. Zmienne o rozkładzie normalnym będą prezentowane jako średnia z odchyleniem standardowym (SD); zmienne o rozkładzie innym niż normalny będą prezentowane jako mediana z zakresem międzykwartylowym (IQR). Częstość brakujących danych będzie raportowana dla wszystkich zmiennych.
• Analiza Rozbieżności i Zgodności. Głównym punktem końcowym jest ogólny odsetek rozbieżności molekularnych (%) – zdefiniowany jako odsetek przypadków z rozbieżnym statusem biomarkerów między guzem pierwotnym a jego dopasowanym przerzutem do mózgu w stosunku do całkowitej liczby przeanalizowanych sparowanych próbek. Oprócz ogólnego odsetka rozbieżności, odsetek rozbieżności (%) będzie analizowany oddzielnie dla każdego biomarkera (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) i CLDN18.2). Ponadto, zgodność będzie oceniana przy użyciu ogólnego procentu zgodności i współczynnika kappa Cohena (κ) z 95% przedziałami ufności. Wartości kappa będą interpretowane następująco: ≤ 0 = słaba zgodność, 0,01-0,20 = nieznaczna zgodność, 0,21-0,40 = dostateczna zgodność, 0,41-0,60 = umiarkowana zgodność, 0,61-0,80 = istotna zgodność, a 0,81-1,00 = prawie doskonała zgodność.
• Analiza Przeżycia. Krzywe przeżycia będą szacowane metodą Kaplana-Meiera. Zostaną podane mediany czasu przeżycia z 95% przedziałami ufności (CI). Porównanie krzywych przeżycia między grupami (np. przypadki zgodne vs. rozbieżne, biomarker-dodatnie vs. biomarker-ujemne) zostanie przeprowadzone za pomocą testu log-rank.
• Analiza Jednozmiennowa i Wielozmiennowa. Jednozmiennowa regresja proporcjonalnego hazardu Coxa zostanie przeprowadzona w celu zidentyfikowania potencjalnych czynników prognostycznych związanych z wynikami przeżycia (OS, CNS-PFS). Zmienne z p < 0,10 w analizie jednozmiennowej, a także klinicznie istotne czynniki niezależnie od istotności, zostaną wprowadzone do wielozmiennowych modeli regresji proporcjonalnego hazardu Coxa w celu zidentyfikowania niezależnych czynników prognostycznych. Założenie proporcjonalności hazardów zostanie przetestowane. Wyniki będą prezentowane jako współczynniki hazardu (HR) z 95% CI.
• Związek z Danymi Kliniczno-Patologicznymi. Status biomarkerów i wzorce rozbieżności będą korelowane ze zmiennymi kliniczno-patologicznymi i modalnościami leczenia przy użyciu testu chi-kwadrat lub dokładnego testu Fishera dla zmiennych kategorycznych oraz testu t lub testu U Manna-Whitneya dla zmiennych ciągłych, w zależności od przypadku. Analizy te będą wykorzystywały kompleksowy zbiór danych kliniczno-patologicznych ustalony w nadrzędnej kohorcie GASTROBRAIN.
• Postępowanie z Brakującymi Danymi. Odsetek brakujących danych będzie raportowany dla wszystkich zmiennych. Wzorce braków będą badane. Biorąc pod uwagę dodatkowy (ancillary) charakter tego translacyjnego badania, tylko przypadki z kompletnymi sparowanymi danymi biomarkerów zostaną uwzględnione w tej analizie.