Primääritumoren ja gastroesofageaalisten syöpien aivometastaasien molekyyligeneettisen yhdenmukaisuuden vertailu (GENCONCOR-2)

Ruokatorven, ruokatorven ja mahalaukun liitoksen sekä mahalaukun syöpäkasvaimet, joita yhteisesti kutsutaan ruokatorven ja mahalaukun syöviksi, muodostavat merkittävän osan syöpätaudeista ja niiden aiheuttamasta kuolleisuudesta maailmanlaajuisesti. Aivometastaasien kehittyminen näillä potilailla, jota pidettiin aiemmin erittäin harvinaisena ilmiönä, joiden esiintyvyyden arvioitiin olevan alle 1–2 % varhaisissa tapausarvoissa, tunnistetaan nykyään yhä useammin. Tämä kasvava esiintyvyys johtuu pääasiassa systeemisen hoidon edistymisestä, joka on johtanut ekstrakraniaalisen taudin parempaan hallintaan ja potilaan elinajan pidentymiseen, sekä parantuneesta neurokuvantamisesta, joka on lisännyt aiemmin oireettomien leesioiden havaitsemista, paljastaen siten aivot yleisenä metastasien leviämisen turvasatamana.

Tästä kasvavasta tunnistamisesta huolimatta ruokatorven ja mahalaukun syöpien aivometastaasien molekyyligeneettinen maisema on edelleen kriittisesti alitutkittu, ja keskeisiin ennustaviin biomarkkereihin, kuten HER2:een, MSI:hen, PD-L1:een ja CLDN18.2:een, liittyvät tiedot pareittaisista primaari- ja metastaattisista näytteistä ovat rajalliset. Siitä huolimatta ruokatorven ja mahalaukun syöpien aivometastaasien ennuste potilaille ei ole parantunut viime vuosikymmeninä, ja keskimääräinen elinajanodote mitataan edelleen kuukausissa.

Tämän kriittisen tiedon puutteen korjaamiseksi aloitimme aiemmin kansainvälisen GASTROBRAIN-tutkimuksen (ClinicalTrials.gov ID: NCT07448493), joka perusti suuren monilaitosretrospektiivisen kohortin yli 230 potilaasta, joilla oli aivometastaaseja mahalaukun ja ruokatorven syövästä, kattavin kliinispatoanatomisilla ja hoitotiedoilla. Seuraavana vaiheena tunnistimme, keräsimme ja keskittimme systemaattisesti arkistohistologista materiaalia potilailta, joilla oli saatavilla pareittaiset formaldehydillä kiinnitetyt parafiinivahatut (FFPE) kudosnäytteet primaarikasvaimesta ja vastaavasta aivometastaasista translatiivista GENCONCOR-2-tutkimusta varten. Tämä sisäkkäinen suunnittelu mahdollistaa luotettavan tutkimuksen HER2:n, MSI:n, PD-L1:n (CPS) ja CLDN18.2:n tilan yhteensopivuudesta vastaavissa kasvainpareissa – analyysi, joka tietääksemme ei ole aiemmin raportoitu.

Biomarkkerien arviointi

1. HER2-tila arvioidaan immunohistokemiallisesti (IHC) käyttäen SP3-vasta-ainekloonia (DAKO) Ventana GX-alustalla Ventana OptiView -tunnistusjärjestelmällä. Tulokset arvioidaan ASCO-CAP-ohjeistuksen mukaisesti. Mahalaukun, ruokatorven ja mahalaukun liitoksen sekä ruokatorven adenokarsinoomanäytteille HER2-IHC-pisteytys noudattaa yläruoansulatuskanavan syövälle vahvistettuja muokattuja kriteerejä. Kirurgisille näytteille 3+ positiivisuus määritellään vahvaksi täydelliseksi, basolateraali- tai lateraaliseksi kalvostainaukseksi ≥ 10 % kasvainsoluista; biopsianäytteille vahva kalvostainaus vähintään 5 kasvainsolun ryhmässä katsotaan positiiviseksi riippumatta värjättyjen kasvainsolujen prosenttiosuudesta. Tapaukset IHC 2+:lla (heikko-kohtalainen täydellinen, basolateraali- tai lateraalinen kalvostainaus ≥ 10 % kasvainsoluista kirurgisille näytteille tai kasvainsoluryhmässä biopsioille) katsotaan epäselviksi ja niille suoritetaan HER2-geenikopiolukumäärän arviointi in situ -hybridisaatiolla (ISH), mukaan lukien FISH, CISH tai SISH. HER2-positiivisuus ISH:lla määritellään HER2/CEP17-suhteeksi ≥ 2,0; tai, jos suhde on < 2,0, keskimääräiseksi HER2-geenikopiolukumääräksi ≥ 6,0 signaalia solua kohden. Tapaukset IHC 2+:lla ja HER2/CEP17-suhteella < 2,0 keskimääräisellä HER2-geenikopiolukumäärällä välillä ≥ 4,0 ja < 6,0 signaalia solua kohden katsotaan määrittämättömiksi. Tällaisissa määrittämättömissä tapauksissa konsultoidaan toista arvioijaa, ja uudelleentestaus lisäkasvainmateriaalilla voidaan harkita.
2. PD-L1-tila arvioidaan IHC:lla käyttäen DAKO 22C3-vasta-ainekloonia Dako Link48-alustalla Dako EnVision Flex -tunnistusjärjestelmällä. Ulkoinen positiivinen kontrolli on nielurisakudos. Tulokset arvioidaan testijärjestelmän valmistajan suositusten mukaisesti. PD-L1-ilmentymä raportoidaan yhdistettynä positiivisuuspisteytyksenä (CPS), joka määritellään PD-L1-värjättyjen solujen (kasvainsolut, lymfosyytit, makrofagit) lukumääränä jaettuna elävien kasvainsolujen kokonaismäärällä kerrottuna 100:lla.
3. MSI-tila määritetään IHC:lla tai PCR:llä. IHC-arvioinnissa arvioidaan mismatch repair -proteiinien (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) ilmentymän menetys. PCR-pohjaisessa analyysissä mikrosatelliitti-epävakautta arvioidaan käyttäen viittä mononukleotiditoistomerkkiä (BAT25, BAT26, NR21, NR24, NR27).
4. CLDN18.2-ilmentymä arvioidaan IHC:lla käyttäen VENTANA CLDN18 (43-14A) -testiä Ventana-alustalla. Positiivinen ilmentymä määritellään kohtalaiseksi-vahvaksi (2+/3+) täydelliseksi, basolateraali- tai lateraaliseksi kalvostainaukseksi ≥ 75 % elävistä kasvainsoluista, kliinisten kokeiden ja nykyisten kliinisten ohjeiden mukaisesti. Tätä kynnysarvoa sovelletaan tasapuolisesti kaikkiin näytteisiin, mukaan lukien sekä primaarikasvaimet että aivometastaasit, potilailta, joilla on mahalaukun, ruokatorven ja mahalaukun liitoksen sekä ruokatorven adenokarsinooma.
5. Jos rahoitus tulee saataville, suoritetaan tutkiva seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) pareittaisille kasvainnäytteille tunnistaakseen lisägenomisia muutoksia ja tutkiakseen niiden yhteensopivuutta primaarikasvaimen ja aivometastaasien välillä.

Tämän tutkimuksen ensisijainen tavoite on arvioida suuressa reaalimaailman kohortissa ruokatorven ja mahalaukun syöpien ja niiden vastaavien aivometastaasien välistä kokonaismolekyylierimielisyyttä (%) – määriteltynä tapauksien osuudeksi, joilla on erilainen biomarkkeritila suhteessa analysoitujen pareittain otettujen näytteiden kokonaismäärään. Kokonaismolekyylierimielisyyden lisäksi erimielisyyttä (%) analysoidaan erikseen kullekin biomarkkerille (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) ja CLDN18.2). Toissijaiset päätepisteet sisältävät:

1. Kokonaiseloonjääminen (OS): Määriteltynä ajaksi aivometastaasin (BM) diagnoosin päivämäärästä minkä tahansa syyn aiheuttaman kuoleman päivämäärään tai viimeiseen seurantaan (sensuroitu).

2. Aika aivometastaasin (TTIP): Määriteltynä ajaksi mahalaukun ja ruokatorven syövän alkuperäisen diagnoosin päivämäärästä ensimmäisen aivometastaasin havaitsemisen päivämäärään. Tämän aikavälin perusteella potilaat luokitellaan kahteen ryhmään:

   • Synkroninen BM: BM diagnosoitu joko ennen primaarikasvaimen diagnoosia tai sen 2 kuukauden (≤ 60 päivän) kuluessa.
   • Metakroninen BM: BM diagnosoitu yli 2 kuukauden (> 60 päivän) kuluttua primaarikasvaimen diagnoosista.

3. Keskushermoston etenevyysvapaa eloonjääminen (CNS-PFS): Määriteltynä ajaksi ensimmäisen paikallisen hoidon päivämäärästä BM:lle seuraavan intrakraniaalisen etenemisen päivämäärään tai viimeiseen instrumentaaliseen seurantaan (sensuroitu). Seuraava intrakraniaalinen etenevyys sisältää:

   • Hoidetun leesion jatkuvan kasvun (≤ 6 kuukautta siitä);
   • Hoidetun leesion paikallisen uusiutumisen (> 6 kuukautta siitä);
   • Uusien kaukaisten intrakraniaalisten leesioiden kehittymisen. Tutkiva tavoite: Rahoituksen saatavuudesta riippuen suoritetaan seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS) pareittaisille näytteille tutkiakseen laajemman paneelin genomisten muutosten yhteensopivuutta primaarikasvaimen ja niiden vastaavien aivometastaasien välillä.

Tilastollinen analyysi. Kaikki tilastolliset analyysit suoritetaan käyttäen IBM SPSS Statistics (versio 29.0) ja STATA (versio 17.0, StataCorp LLC). Kaksisuuntainen p-arvo < 0,05 katsotaan tilastollisesti merkitseväksi.

• Kuvailevat tilastot. Kategoriset muuttujat esitetään absoluuttisina frekvensseinä (n) ja suhteellisina frekvensseinä (%). Jatkuvat muuttujat arvioidaan normaalijakauman suhteen. Normaalijakautuneet muuttujat esitetään keskiarvona keskihajontana (SD); ei-normaalijakautuneet muuttujat esitetään mediaanina kvartiilivälillä (IQR). Puuttuvien tietojen frekvenssi raportoidaan kaikille muuttujille.
• Erimielisyys- ja yhteensopivuusanalyysi. Ensisijainen päätepiste on kokonaismolekyylierimielisyys (%) – määriteltynä tapauksien osuudeksi, joilla on erilainen biomarkkeritila primaarikasvaimen ja sen vastaavan aivometastaasin välillä suhteessa analysoitujen pareittain otettujen näytteiden kokonaismäärään. Kokonaismolekyylierimielisyyden lisäksi erimielisyyttä (%) analysoidaan erikseen kullekin biomarkkerille (HER2, MSI, PD-L1 (CPS) ja CLDN18.2). Lisäksi yhteensopivuutta arvioidaan käyttäen kokonaisprosenttista yhteensopivuutta ja Cohenin kappa-kerrointa (κ) 95 % luottamusvälillä. Kappa-arvot tulkitaan seuraavasti: ≤ 0 = huono yhteensopivuus, 0,01–0,20 = heikko yhteensopivuus, 0,21–0,40 = kohtalainen yhteensopivuus, 0,41–0,60 = kohtalaista yhteensopivuus, 0,61–0,80 = merkittävä yhteensopivuus ja 0,81–1,00 = lähes täydellinen yhteensopivuus.
• Eloonjäämisanalyysi. Eloonjäämiskäyrät estimoidaan Kaplan-Meier-menetelmällä. Mediaanieloonjäämisaika 95 % luottamusvälillä (CI) raportoidaan. Eloonjäämiskäyrien vertailu ryhmien välillä (esim. yhteensopivat vs. erimieliset tapaukset, biomarkkeripositiiviset vs. biomarkkerinegatiiviset) suoritetaan log-rank-testillä.
• Yksi- ja monimuuttuja-analyysi. Yksimuuttuja Coxin suhteellisten riskien regressio suoritetaan tunnistaakseen mahdolliset ennusteelliset tekijät, jotka liittyvät eloonjäämistuloksiin (OS, CNS-PFS). Muuttujat, joiden p < 0,10 yksimuuttuja-analyysissä, sekä kliinisesti merkittävät tekijät riippumatta merkitsevyydestä, sisällytetään monimuuttuja Coxin suhteellisten riskien regressiomalleihin tunnistaakseen itsenäiset ennusteelliset tekijät. Suhteellisten riskien oletusta testataan. Tulokset esitetään riskisuhteina (HR) 95 % CI:llä.
• Yhteys kliinispatoanatomisiin tietoihin. Biomarkkeritila ja erimielisyyskuviot korreloidaan kliinispatoanatomisten muuttujien ja hoitomuotojen kanssa käyttäen khiin neliö -testiä tai Fisherin tarkkaa testiä kategorisille muuttujille, ja t-testiä tai Mann-Whitney U -testiä jatkuville muuttujille tarpeen mukaan. Nämä analyysit hyödyntävät kattavaa kliinispatoanatomista tietokantaa, joka on perustettu emo-GASTROBRAIN-kohortissa.
• Puuttuvien tietojen käsittely. Puuttuvien tietojen osuus raportoidaan kaikille muuttujille. Puuttuvien tietojen kuvioita tutkitaan. Tämän translatiivisen tutkimuksen oheistutkimuksen luonteen vuoksi vain tapaukset täydellisillä pareittaisilla biomarkkeritiedoilla sisällytetään tähän analyysiin.