Odběr a testování vzorků z dýchacích cest

Morbidita a mortalita spojená s akutními infekcemi dýchacích cest každým rokem sezónně kolísá. Tento vzestup a pokles je spojen s měnící se prevalencí respiračních virů v populaci. Za tyto infekce jsou zodpovědné nesčetné respirační viry. Například virus chřipky, respirační syncytiální virus (RSV), virus parainfluenzy, lidský metapneumovirus, rhinovirus a adenovirus byly identifikovány jako původce takových akutních infekcí. Ve většině těchto virových skupin byly identifikovány četné patogenní podtypy. Propuknutí závažného akutního respiračního syndromu (SARS) v roce 2003 bylo nakonec identifikováno jako koronavirus; úmrtnost na SARS mezi staršími lidmi může být až 50 %. Nedávno byl také identifikován lidský bocavirus (HBoV) jako původce akutních infekcí dýchacích cest. V roce 2005 byl HBoV identifikován molekulárním testováním a bylo zjištěno, že je jediným virem identifikovaným v subpopulaci pacientů trpících infekcemi dýchacích cest. Kromě podpůrných opatření (např. klid na lůžku, hydratace atd.) neexistuje pro mnohé z těchto virových infekcí žádná účinná léčba; nicméně pro zmírnění závažnosti symptomů podobných chřipce lze použít antivirová činidla (např. inhibitory neuraminidázy oseltamivir nebo zanamivir). Identifikace respiračního viru jako původce je důležitá, protože eliminuje potřebu léčby antibiotiky; lékaři obvykle čekají 7-10 dní na zmírnění příznaků, než předepisují antibiotika kvůli rizikům spojeným s exacerbací rezistence bakterií na antibiotika.

Každý rok virová populace kolísá a s tím i antigenní prezentace dominantních kmenů, které populací cirkulují. Epidemie vznikají, když větší a větší části populace nemají vrozenou nebo získanou imunologickou rezistenci vůči takovému kmenu (kmenům) v dané sezóně. Světová zdravotnická organizace (WHO) provozuje samostatnou webovou stránku věnovanou sledování propuknutí chřipky, zejména ptačí chřipky (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Tyto zoonotické přenosy, které se dále přizpůsobují, aby umožnily přenos z člověka na člověka, jsou největším problémem, protože se předpovídá, že prakticky všichni lidé budou imunologicky naivní. Zoonotické přenosy v lidské populaci jsou monitorovány v naději, že se lze vyhnout pandemii podobné španělské chřipce z roku 1918; odhaduje se, že na španělskou chřipku zemřelo více než 25 milionů lidí. Vláda Spojených států také provozuje samostatnou webovou stránku se zdroji informací o chřipce a pandemii (http://www.pandemicflu.gov/). Dne 11. června 2009 zvýšila WHO úroveň hrozby pandemie na 6 v reakci na globální výskyt nového kmene prasečí chřipky A (podtyp H1N1). Rychlost, s jakou se virus H1N1 šíří, je příkladem názoru, že rychlá a přesná identifikace virového patogenu spojeného s propuknutím nákazy je kritická pro globální veřejné zdraví.

Kromě hrozby propuknutí chřipky znesnadňuje správnou a rychlou identifikaci primárního patogenu i rozšíření počtu virů, které způsobují akutní infekce dýchacích cest; každý nový virus nebo podtyp zvyšuje složitost testování. Molekulární diagnostické testy jsou ideální pro řešení této složitosti. Testy založené na polymerázové řetězové reakci (PCR) mohou začlenit více primerů a sond (např. multiplexovaných) do jediné reakce, aby se vypořádaly s touto složitostí.4 Takové testy jsou extrémně citlivé, mají vysoký stupeň specificity a mohou být prováděny velmi rychle. Artus Influenza A/B RT-PCR test je test PCR v reálném čase pro detekci a identifikaci chřipky A a B, zatímco test QIAGEN ResPlex II Advanced Panel je test založený na amplifikaci nukleové kyseliny pro detekci a identifikaci široké spektrum některých nejběžnějších respiračních virů spojených s akutními infekcemi dýchacích cest. V této studii budou prospektivně odebírány a testovány respirační vzorky pomocí testu artus Influenza A/B RT-PCR a testu QIAGEN ResPlex II Advanced Panel.