Verzameling en testen van ademhalingsmonsters

Elk jaar fluctueert de morbiditeit en mortaliteit geassocieerd met acute luchtweginfecties per seizoen. Deze stijging en daling hangt samen met de veranderende prevalentie van respiratoire virussen in de bevolking. Talrijke respiratoire virussen zijn verantwoordelijk voor deze infecties. Er is bijvoorbeeld vastgesteld dat het griepvirus, het respiratoir syncytieel virus (RSV), het para-influenzavirus, het humaan metapneumovirus, het rhinovirus en het adenovirus dergelijke acute infecties veroorzaken. Binnen de meeste van deze virale groepen zijn talrijke pathogene subtypen geïdentificeerd. De uitbraak van Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) in 2003 werd uiteindelijk geïdentificeerd als een coronavirus; de mortaliteit van SARS onder ouderen kan oplopen tot 50%. Meer recentelijk is ook vastgesteld dat het humaan bocavirus (HBoV) acute luchtweginfecties veroorzaakt. In 2005 werd de HBoV geïdentificeerd door moleculaire tests en bleek het enige virus te zijn dat werd geïdentificeerd in een subpopulatie van patiënten die leden aan luchtweginfecties. Afgezien van ondersteunende maatregelen (bijvoorbeeld bedrust, hydratatie, etc.) zijn er geen effectieve behandelingen voor veel van deze virale infecties; antivirale middelen (bijvoorbeeld de neuraminidaseremmers oseltamivir of zanamivir) kunnen echter worden gebruikt om de ernst van griepachtige symptomen te verlichten. Identificatie van een respiratoir virus als de veroorzaker is belangrijk omdat het de noodzaak van behandeling met antibiotica elimineert; artsen wachten doorgaans 7-10 dagen totdat de symptomen zijn verdwenen voordat ze antibiotica voorschrijven vanwege de risico's die samenhangen met het verergeren van de bacteriële antibioticaresistentie.

Elk jaar fluctueert de viruspopulatie, en daarmee de antigene presentatie van de dominante stammen die door de populatie circuleren. Epidemieën ontstaan ​​wanneer steeds grotere delen van de bevolking in een bepaald seizoen geen aangeboren of verworven immunologische resistentie hebben tegen dergelijke stam(men). De Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) onderhoudt een aparte website die gewijd is aan het volgen van uitbraken van griep, met name vogelgriep (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Deze zoönotische overdrachten die zich verder aanpassen om overdracht van mens op mens mogelijk te maken, zijn uiterst zorgwekkend, omdat wordt voorspeld dat vrijwel alle mensen immunologisch naïef zullen zijn. Zoönose-overdrachten onder de menselijke bevolking worden gevolgd in de hoop dat een pandemie vergelijkbaar met de Spaanse griep van 1918 kan worden vermeden; naar schatting stierven ruim 25 miljoen mensen aan de Spaanse griep. De regering van de Verenigde Staten onderhoudt ook een aparte website met informatie over griep en pandemie (http://www.pandemicflu.gov/). Op 11 juni 2009 verhoogde de WHO het pandemische dreigingsniveau naar 6 als reactie op de wereldwijde verschijning van een nieuwe stam van varkensgriep A (subtype H1N1). De snelheid waarmee het H1N1-virus zich heeft verspreid, illustreert het idee dat het snel en nauwkeurig identificeren van een virale ziekteverwekker die verband houdt met een uitbraak van cruciaal belang is voor de wereldwijde volksgezondheid.

Naast de dreiging van een griepuitbraak vergroot de toename van het aantal virussen dat acute luchtweginfecties veroorzaakt de moeilijkheid om de primaire ziekteverwekker correct en snel te identificeren; elk nieuw virus of subtype verhoogt de complexiteit van het testen. Moleculaire diagnostische assays zijn bij uitstek geschikt om deze complexiteit aan te pakken. Assays op basis van de polymerasekettingreactie (PCR) kunnen meerdere primers en probes (bijv. gemultiplext) in een enkele reactie opnemen om met deze complexiteit om te gaan.4 Dergelijke assays zijn extreem gevoelig, hebben een hoge mate van specificiteit en kunnen zeer snel worden uitgevoerd. De artus Influenza A/B RT-PCR-test is een real-time PCR-assay voor de detectie en identificatie van Influenza A en B, terwijl de QIAGEN ResPlex II Advanced Panel-test een op nucleïnezuuramplificatie gebaseerde assay is voor de detectie en identificatie van een breed scala van enkele van de meest voorkomende respiratoire virussen geassocieerd met acute luchtweginfecties. In de huidige studie zullen prospectief respiratoire monsters worden verzameld en getest met behulp van de artus Influenza A/B RT-PCR-test en de QIAGEN ResPlex II Advanced Panel-test.