Pobieranie i badanie próbek oddechowych

Każdego roku zachorowalność i śmiertelność związana z ostrymi infekcjami dróg oddechowych zmienia się sezonowo. Ten wzrost i spadek jest związany ze zmieniającym się występowaniem wirusów układu oddechowego w populacji. Za te infekcje odpowiedzialne są niezliczone wirusy układu oddechowego. Na przykład wirus grypy, syncytialny wirus oddechowy (RSV), wirus parainfluenzy, ludzki metapneumowirus, rinowirus i adenowirus zostały zidentyfikowane jako powodujące takie ostre infekcje. W większości z tych grup wirusów zidentyfikowano liczne patogenne podtypy. Wybuch zespołu ciężkiej ostrej niewydolności oddechowej (SARS) w 2003 r. został ostatecznie zidentyfikowany jako koronawirus; śmiertelność SARS wśród osób starszych może sięgać nawet 50%. Niedawno zidentyfikowano również, że ludzki bokawirus (HBoV) powoduje ostre infekcje dróg oddechowych. W 2005 roku wirus HBoV został zidentyfikowany za pomocą testów molekularnych i okazał się jedynym wirusem zidentyfikowanym w subpopulacji pacjentów cierpiących na infekcje dróg oddechowych. Poza środkami wspomagającymi (np. leżenie w łóżku, nawodnienie itp.) nie ma skutecznych metod leczenia wielu z tych infekcji wirusowych; jednakże środki przeciwwirusowe (np. inhibitory neuraminidazy, oseltamiwir lub zanamiwir) mogą być stosowane w celu złagodzenia nasilenia objawów grypopodobnych. Identyfikacja wirusa oddechowego jako czynnika sprawczego jest ważna, ponieważ eliminuje konieczność leczenia antybiotykami; lekarze zwykle czekają 7-10 dni na złagodzenie objawów przed przepisaniem antybiotyków ze względu na ryzyko związane z zaostrzeniem bakteryjnej oporności na antybiotyki.

Każdego roku populacja wirusa ulega wahaniom, a wraz z nimi antygenowa prezentacja dominujących szczepów krążących w populacji. Epidemie pojawiają się, gdy coraz większe części populacji nie mają wrodzonej lub nabytej odporności immunologicznej na taki szczep (szczepy) w danym sezonie. Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) prowadzi oddzielną stronę internetową poświęconą śledzeniu ognisk grypy, zwłaszcza ptasiej grypy (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Te odzwierzęce transmisje, które dalej dostosowują się, aby umożliwić transmisję z człowieka na człowieka, budzą największe obawy, ponieważ przewiduje się, że praktycznie wszyscy ludzie będą immunologicznie naiwni. Monitoruje się przenoszenie chorób odzwierzęcych w populacji ludzkiej w nadziei, że uda się uniknąć pandemii podobnej do grypy hiszpanki z 1918 r.; szacuje się, że na grypę hiszpankę zmarło grubo ponad 25 milionów ludzi. Rząd Stanów Zjednoczonych prowadzi również oddzielną stronę internetową zawierającą zasoby dotyczące grypy i informacji związanych z pandemią (http://www.pandemicflu.gov/). 11 czerwca 2009 roku WHO podniosła poziom zagrożenia pandemią do 6 w odpowiedzi na globalne pojawienie się nowego szczepu świńskiej grypy typu A (podtyp H1N1). Szybkość rozprzestrzeniania się wirusa H1N1 jest przykładem poglądu, że szybka i dokładna identyfikacja patogenu wirusowego związanego z wybuchem epidemii ma kluczowe znaczenie dla zdrowia publicznego na świecie.

Oprócz zagrożenia epidemią grypy, wzrost liczby wirusów powodujących ostre infekcje dróg oddechowych zwiększa trudności w prawidłowej i szybkiej identyfikacji głównego patogenu; każdy nowy wirus lub podtyp zwiększa złożoność testów. Molekularne testy diagnostyczne idealnie nadają się do rozwiązania tej złożoności. Testy oparte na reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) mogą obejmować wiele starterów i sond (np. multipleksowanych) w jednej reakcji, aby poradzić sobie z tą złożonością.4 Takie testy są niezwykle czułe, mają wysoki stopień specyficzności i można je przeprowadzić bardzo szybko. Test artus Influenza A/B RT-PCR to test PCR w czasie rzeczywistym do wykrywania i identyfikacji grypy typu A i B, natomiast test QIAGEN ResPlex II Advanced Panel to oparty na amplifikacji kwasu nukleinowego test do wykrywania i identyfikacji szeroki zakres niektórych z najczęstszych wirusów układu oddechowego związanych z ostrymi infekcjami dróg oddechowych. W niniejszym badaniu próbki z dróg oddechowych zostaną prospektywnie pobrane i przebadane przy użyciu testu artus Influenza A/B RT-PCR oraz testu QIAGEN ResPlex II Advanced Panel.