Prélèvement et analyse d'échantillons respiratoires

Chaque année, la morbidité et la mortalité associées aux infections aiguës des voies respiratoires fluctuent de façon saisonnière. Cette hausse et cette baisse sont associées à l'évolution de la prévalence des virus respiratoires dans la population. Une myriade de virus respiratoires sont responsables de ces infections. Par exemple, le virus de la grippe, le virus respiratoire syncytial (VRS), le virus parainfluenza, le métapneumovirus humain, le rhinovirus et l'adénovirus ont tous été identifiés comme étant à l'origine de telles infections aiguës. De nombreux sous-types pathogènes ont été identifiés dans la plupart de ces groupes viraux. L'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003 a finalement été identifiée comme un coronavirus ; la mortalité du SRAS chez les personnes âgées peut atteindre 50 %. Plus récemment, le bocavirus humain (HBoV) a également été identifié comme étant à l'origine d'infections aiguës des voies respiratoires. En 2005, le HBoV a été identifié par des tests moléculaires et s'est avéré être le seul virus identifié dans une sous-population de patients souffrant d'infections des voies respiratoires. Hormis les mesures de soutien (par exemple, alitement, hydratation, etc.), il n'existe aucun traitement efficace pour bon nombre de ces infections virales ; cependant, des agents antiviraux (par exemple, les inhibiteurs de la neuraminidase oseltamivir ou zanamivir) peuvent être utilisés pour atténuer la gravité des symptômes pseudo-grippaux. L'identification d'un virus respiratoire comme agent causal est importante car elle élimine la nécessité d'un traitement avec des antibiotiques ; les médecins attendent généralement 7 à 10 jours pour que les symptômes s'atténuent avant de prescrire des antibiotiques en raison des risques associés à l'exacerbation de la résistance bactérienne aux antibiotiques.

Chaque année, la population de virus fluctue, et avec elle la présentation antigénique des souches dominantes qui circulent dans la population. Les épidémies surviennent lorsque des portions de plus en plus importantes de la population n'ont pas de résistance immunologique innée ou acquise à de telles souches au cours d'une saison donnée. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) gère un site Web distinct consacré au suivi des flambées de grippe, en particulier de grippe aviaire (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Ces transmissions zoonotiques qui s'adaptent davantage pour permettre la transmission interhumaine sont les plus préoccupantes car il est prévu que pratiquement tous les humains seront immunologiquement naïfs. Les transmissions zoonotiques dans la population humaine sont surveillées dans l'espoir qu'une pandémie similaire à la grippe espagnole de 1918 puisse être évitée; on estime que plus de 25 millions de personnes sont mortes de la grippe espagnole. Le gouvernement des États-Unis maintient également un site Web distinct contenant des ressources concernant la grippe et des informations liées à la pandémie (http://www.pandemicflu.gov/). Le 11 juin 2009, l'OMS a relevé le niveau de menace pandémique à 6 en réponse à l'apparition mondiale d'une nouvelle souche de grippe porcine A (sous-type H1N1). La rapidité avec laquelle le virus H1N1 s'est propagé illustre la notion selon laquelle l'identification rapide et précise d'un agent pathogène viral associé à une épidémie est essentielle à la santé publique mondiale.

En plus de la menace d'une épidémie de grippe, l'augmentation du nombre de virus qui causent des infections aiguës des voies respiratoires complique la difficulté d'identifier correctement et rapidement l'agent pathogène primaire ; chaque nouveau virus ou sous-type augmente la complexité des tests. Les tests de diagnostic moléculaire sont parfaitement adaptés pour répondre à cette complexité. Les tests basés sur la réaction en chaîne par polymérase (PCR) peuvent incorporer plusieurs amorces et sondes (par exemple, multiplexées) dans une seule réaction pour faire face à cette complexité.4 De tels tests sont extrêmement sensibles, ont un haut degré de spécificité et peuvent être effectués très rapidement. Le test artus Influenza A/B RT-PCR est un test PCR en temps réel pour la détection et l'identification de la grippe A et B, tandis que le test QIAGEN ResPlex II Advanced Panel est un test basé sur l'amplification des acides nucléiques pour la détection et l'identification des un large éventail de certains des virus respiratoires les plus courants associés aux infections aiguës des voies respiratoires. Dans la présente étude, des échantillons respiratoires seront collectés et testés de manière prospective à l'aide du test artus Influenza A/B RT-PCR et du test QIAGEN ResPlex II Advanced Panel.