Indsamling og test af luftvejsprøver

Hvert år svinger sygeligheden og dødeligheden forbundet med akutte luftvejsinfektioner sæsonmæssigt. Denne stigning og fald er forbundet med den skiftende forekomst af luftvejsvira i befolkningen. Utallige luftvejsvira er ansvarlige for disse infektioner. For eksempel er influenzavirus, respiratorisk syncytialvirus (RSV), parainfluenzavirus, humant metapneumovirus, rhinovirus og adenovirus alle blevet identificeret som forårsager sådanne akutte infektioner. Talrige patogene undertyper er blevet identificeret inden for de fleste af disse virale grupper. Udbruddet af alvorligt akut respiratorisk syndrom (SARS) i 2003 blev til sidst identificeret som en Coronavirus; dødeligheden af ​​SARS blandt ældre kan være så høj som 50 %. For nylig er Human Bocavirus (HBoV) også blevet identificeret som årsag til akutte luftvejsinfektioner. I 2005 blev HBoV identificeret ved molekylær testning og viste sig at være den eneste virus identificeret i en underpopulation af patienter, der led af luftvejsinfektioner. Bortset fra støttende foranstaltninger (f.eks. sengeleje, hydrering osv.), er der ingen effektive behandlinger for mange af disse virusinfektioner; dog kan antivirale midler (f.eks. neuraminidasehæmmerne oseltamivir eller zanamivir) bruges til at lindre sværhedsgraden af ​​influenzalignende symptomer. Identifikation af et respiratorisk virus som det forårsagende middel er vigtigt, fordi det eliminerer behovet for behandling med antibiotika; Læger venter typisk 7-10 dage på, at symptomerne er lindret, før de udskriver antibiotika på grund af risici forbundet med forværring af bakteriel antibiotikaresistens.

Hvert år svinger viruspopulationen, og dermed den antigene præsentation af de dominerende stammer, der cirkulerer gennem befolkningen. Epidemier opstår, når større og større dele af befolkningen ikke har medfødt eller erhvervet immunologisk resistens over for sådanne stamme(r) i en given sæson. Verdenssundhedsorganisationen (WHO) opretholder en separat hjemmeside dedikeret til at spore udbrud af influenza, især fugleinfluenza (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Disse zoonotiske transmissioner, der yderligere tilpasser sig for at muliggøre menneske-til-menneske-transmission, er af største bekymring, fordi det forudsiges, at stort set alle mennesker vil være immunologisk naive. Zoonotiske overførsler i den menneskelige befolkning overvåges i håbet om, at en pandemi svarende til den spanske syge i 1918 kan undgås; det anslås, at godt 25 millioner mennesker døde af den spanske syge. Den amerikanske regering vedligeholder også en separat hjemmeside med ressourcer vedrørende influenza og pandemi-relateret information (http://www.pandemicflu.gov/). Den 11. juni 2009 hævede WHO det pandemiske trusselsniveau til 6 som reaktion på den globale fremkomst af en ny stamme af svineinfluenza A (subtype H1N1). Den hurtighed, hvormed H1N1-virusset har spredt sig, eksemplificerer opfattelsen af, at hurtig og præcis identifikation af et viralt patogen forbundet med et udbrud er afgørende for den globale folkesundhed.

Ud over truslen om et influenzaudbrud forværrer udvidelsen i antallet af vira, der forårsager akutte luftvejsinfektioner, vanskeligheden ved korrekt og hurtigt at identificere det primære patogen; hver ny virus eller undertype øger testningens kompleksitet. Molekylær diagnostiske assays er ideelle til at løse denne kompleksitet. Assays baseret på polymerasekædereaktionen (PCR) kan inkorporere flere primere og prober (f.eks. multipleksede) i en enkelt reaktion for at håndtere denne kompleksitet.4 Sådanne assays er ekstremt følsomme, har en høj grad af specificitet og kan udføres meget hurtigt. Artus Influenza A/B RT-PCR-testen er et realtids-PCR-assay til påvisning og identifikation af influenza A og B, mens QIAGEN ResPlex II Advanced Panel-testen er et nukleinsyreamplifikationsbaseret assay til påvisning og identifikation af en bred vifte af nogle af de mest almindelige luftvejsvira forbundet med akutte luftvejsinfektioner. I denne undersøgelse vil respiratoriske prøver blive prospektivt indsamlet og testet ved hjælp af artus Influenza A/B RT-PCR-testen og QIAGEN ResPlex II Advanced Panel-testen.