Innsamling og testing av luftveisprøver

Hvert år varierer sykelighet og dødelighet forbundet med akutte luftveisinfeksjoner sesongmessig. Denne økningen og fallet er assosiert med den endrede prevalensen av luftveisvirus i befolkningen. Utallige luftveisvirus er ansvarlige for disse infeksjonene. For eksempel har influensavirus, respiratorisk syncytialvirus (RSV), parainfluensavirus, humant metapneumovirus, rhinovirus og adenovirus alle blitt identifisert som forårsaker slike akutte infeksjoner. Tallrike patogene undertyper er identifisert innenfor de fleste av disse virale gruppene. Utbruddet av alvorlig akutt luftveissyndrom (SARS) i 2003 ble til slutt identifisert som et koronavirus; dødeligheten av SARS blant eldre kan være så høy som 50 %. Nylig har Human Bocavirus (HBoV) også blitt identifisert som forårsaker akutte luftveisinfeksjoner. I 2005 ble HBoV identifisert ved molekylær testing og ble funnet å være det eneste viruset som ble identifisert i en underpopulasjon av pasienter som led av luftveisinfeksjoner. Bortsett fra støttende tiltak (f.eks. sengeleie, hydrering, etc.), er det ingen effektive behandlinger for mange av disse virusinfeksjonene; antivirale midler (f.eks. neuraminidase-hemmere oseltamivir eller zanamivir) kan imidlertid brukes for å lindre alvorlighetsgraden av influensalignende symptomer. Identifisering av et luftveisvirus som årsak er viktig fordi det eliminerer behovet for behandling med antibiotika; leger venter vanligvis 7-10 dager på at symptomene skal lindre før de forskriver antibiotika på grunn av risiko forbundet med forverring av bakteriell antibiotikaresistens.

Hvert år svinger viruspopulasjonen, og med det den antigene presentasjonen av de dominerende stammene som sirkulerer gjennom befolkningen. Epidemier oppstår når større og større deler av befolkningen ikke har medfødt eller ervervet immunologisk resistens mot slike stamme(r) i en gitt sesong. Verdens helseorganisasjon (WHO) har et eget nettsted dedikert til å spore utbrudd av influensa, spesielt fugleinfluensa (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Disse zoonotiske overføringene som videre tilpasser seg for å muliggjøre overføring fra menneske til menneske er av største bekymring fordi det er spådd at praktisk talt alle mennesker vil være immunologisk naive. Zoonotiske overføringer i den menneskelige befolkningen overvåkes i håp om at en pandemi som ligner på Spanskesyken i 1918 kan unngås; det er anslått at godt over 25 millioner mennesker døde av Spanskesyken. Den amerikanske regjeringen opprettholder også et eget nettsted med ressurser angående influensa og pandemisk relatert informasjon (http://www.pandemicflu.gov/). 11. juni 2009 hevet WHO det pandemiske trusselnivået til 6 som svar på det globale utseendet til en ny stamme av svineinfluensa A (subtype H1N1). Hurtigheten som H1N1-viruset har spredt seg med, eksemplifiserer ideen om at rask og nøyaktig identifisering av et viralt patogen assosiert med et utbrudd er avgjørende for global folkehelse.

I tillegg til trusselen om et influensautbrudd, øker økningen i antall virus som forårsaker akutte luftveisinfeksjoner vanskeligheten med å identifisere det primære patogenet på en riktig og rask måte; hvert nytt virus eller subtype øker kompleksiteten i testingen. Molekylær diagnostiske analyser er ideelt egnet for å håndtere denne kompleksiteten. Analyser basert på polymerasekjedereaksjonen (PCR) kan inkorporere flere primere og prober (f.eks. multiplekset) i en enkelt reaksjon for å håndtere denne kompleksiteten.4 Slike analyser er ekstremt sensitive, har en høy grad av spesifisitet og kan utføres veldig raskt. Artus Influenza A/B RT-PCR-testen er en sanntids PCR-analyse for påvisning og identifisering av influensa A og B, mens QIAGEN ResPlex II Advanced Panel-testen er en nukleinsyreamplifikasjonsbasert analyse for påvisning og identifikasjon av et bredt spekter av noen av de vanligste luftveisvirusene forbundet med akutte luftveisinfeksjoner. I denne studien vil respirasjonsprøver bli prospektivt samlet og testet ved bruk av artus Influenza A/B RT-PCR-testen og QIAGEN ResPlex II Advanced Panel-testen.