Сбор и тестирование респираторных образцов

Каждый год заболеваемость и смертность, связанные с острыми инфекциями дыхательных путей, колеблются в зависимости от сезона. Этот взлет и падение связано с изменением распространенности респираторных вирусов среди населения. За эти инфекции ответственны бесчисленные респираторные вирусы. Например, вирус гриппа, респираторно-синцитиальный вирус (RSV), вирус парагриппа, человеческий метапневмовирус, риновирус и аденовирус были идентифицированы как вызывающие такие острые инфекции. В большинстве этих вирусных групп идентифицированы многочисленные патогенные подтипы. Вспышка тяжелого острого респираторного синдрома (ТОРС) в 2003 году была в конечном итоге идентифицирована как коронавирус; смертность от атипичной пневмонии среди пожилых людей может достигать 50%. Совсем недавно было установлено, что человеческий бокавирус (HBoV) вызывает острые инфекции дыхательных путей. В 2005 году HBoV был идентифицирован с помощью молекулярного тестирования и оказался единственным вирусом, идентифицированным в субпопуляции пациентов, страдающих инфекциями дыхательных путей. Помимо поддерживающих мер (например, постельный режим, увлажнение и т. д.), для многих из этих вирусных инфекций не существует эффективных методов лечения; однако противовирусные препараты (например, ингибиторы нейраминидазы осельтамивир или занамивир) можно использовать для облегчения тяжести гриппоподобных симптомов. Идентификация респираторного вируса как возбудителя важна, поскольку исключает необходимость лечения антибиотиками; врачи обычно выжидают 7-10 дней до облегчения симптомов, прежде чем назначать антибиотики из-за рисков, связанных с усилением устойчивости бактерий к антибиотикам.

Каждый год популяция вируса колеблется, а вместе с ней и антигенная презентация доминирующих штаммов, циркулирующих в популяции. Эпидемии возникают, когда все большая и большая часть населения не имеет врожденной или приобретенной иммунологической устойчивости к такому штамму (штаммам) в данный сезон. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) поддерживает отдельный веб-сайт, посвященный отслеживанию вспышек гриппа, особенно птичьего гриппа (https://www.who.int/fluvirus_tracker). Эти зоонозные передачи, которые в дальнейшем адаптируются, чтобы обеспечить передачу от человека к человеку, вызывают наибольшую озабоченность, поскольку прогнозируется, что практически все люди будут иммунологически наивными. Зоонозные передачи среди людей отслеживаются в надежде, что можно будет избежать пандемии, подобной испанскому гриппу 1918 года; по оценкам, от испанского гриппа умерло более 25 миллионов человек. Правительство Соединенных Штатов также поддерживает отдельный веб-сайт с ресурсами, касающимися информации о гриппе и пандемии (http://www.pandemicflu.gov/). 11 июня 2009 г. ВОЗ повысила уровень угрозы пандемии до 6 в ответ на глобальное появление нового штамма свиного гриппа А (подтип H1N1). Скорость, с которой распространяется вирус H1N1, свидетельствует о том, что быстрая и точная идентификация вирусного патогена, связанного со вспышкой, имеет решающее значение для общественного здравоохранения во всем мире.

Помимо угрозы вспышки гриппа, увеличение количества вирусов, вызывающих острые респираторные инфекции, затрудняет правильную и быструю идентификацию первичного возбудителя; каждый новый вирус или подтип увеличивает сложность тестирования. Молекулярные диагностические анализы идеально подходят для решения этой сложности. Анализы, основанные на полимеразной цепной реакции (ПЦР), могут включать несколько праймеров и зондов (например, мультиплексированных) в одну реакцию, чтобы справиться с этой сложностью.4 Такие тесты чрезвычайно чувствительны, имеют высокую степень специфичности и могут быть выполнены очень быстро. Тест Artus Influenza A/B RT-PCR представляет собой анализ ПЦР в реальном времени для обнаружения и идентификации вирусов гриппа A и B, а тест QIAGEN ResPlex II Advanced Panel представляет собой анализ на основе амплификации нуклеиновых кислот для обнаружения и идентификации вирусов гриппа A и B. широкий спектр некоторых из наиболее распространенных респираторных вирусов, связанных с острыми инфекциями дыхательных путей. В настоящем исследовании образцы из дыхательных путей будут проспективно собираться и тестироваться с использованием теста RT-PCR Artus Influenza A/B и теста QIAGEN ResPlex II Advanced Panel.