Studie reprodukovatelnosti projektu Spartan FRX

Systém FRX se skládá z hardwarových a spotřebních komponent. Hardwarové součásti systému zahrnují analyzátor (tepelný cyklér s možností detekce fluorescence), notebook a tiskárnu. Spotřebním prvkem systému FRX je souprava pro odběr vzorků. Každá souprava obsahuje bukální tampon (používá se k odběru vzorku pacienta) a zkumavku obsahující reagencie potřebné pro extrakci genomové DNA a PCR (polymerázová řetězová reakce) amplifikační fáze testu.

Systém Spartan FRX je schopen detekovat tři CYP2C19 SNP (polymorfismus jednoho nukleotidu) (*2, *3, *17) v každém provedeném testu. Pro každý testovaný SNP je vyžadována samostatná souprava pro odběr vzorků; proto jsou pro každý test prováděný na systému vyžadovány tři sady pro odběr vzorků.

K provedení testu uživatel odebere tři bukální vzorky od pacienta a poté vloží vzorek do každé ze tří zkumavek s reagenciemi (jeden pro každý z lokusů CYP2C19 *2, *3 a *17). Zkumavky s reagenciemi jsou umístěny do analyzátoru a systém FRX automatizuje procesy extrakce DNA, PCR amplifikace, detekce fluorescenčního signálu a analýzy dat. Systém poskytuje uživateli tištěný výsledek se seznamem genotypů pacientů v lokusech *2, *3 a *17.

Cílem studie je vyhodnotit výkon systému FRX za vícerozměrných podmínek. Konkrétně budou do studie zahrnuty následující proměnné:

• Testovací místo - x3
• Operátor – x6 (2 na web)
• Den – 15x (5 dní, které na web nejdou po sobě)
• Systém FRX – x16

Výkon testu je definován jako počet správných volání genotypu, vyjádřený jako procento z celkového počtu testů provedených v systému.

Pro výsledky prvního průchodu i druhého průchodu budou 1-stranné 95% spodní meze spolehlivosti vypočítány pomocí metody skóre pro % správných volání (tj. % shoda).

Výsledky genotypu ze systému FRX budou porovnány s výsledky sekvenování DNA. Výsledek testu systému FRX bude považován za správný, pokud jsou genotypy vyvolávající všechny tři SNP identické s genotypy určenými sekvenováním DNA pro tento vzorek/jedince.

Výsledky studie reprodukovatelnosti budou přijatelné, pokud je spodní hranice 1-stranné 95% meze spolehlivosti celkové správné četnosti volání na genotyp větší nebo rovna 95 %, na základě výsledků druhého průchodu.