Badanie odtwarzalności projektu Spartan FRX

System FRX składa się ze sprzętu i materiałów eksploatacyjnych. Elementy sprzętowe systemu obejmują analizator (termocykler z możliwością wykrywania fluorescencji), komputer przenośny i drukarkę. Częścią zużywalną systemu FRX jest zestaw do pobierania próbek. Każdy zestaw zawiera wymaz z policzka (używany do pobrania próbki pacjenta) oraz probówkę zawierającą odczynniki wymagane do etapów ekstrakcji genomowego DNA i amplifikacji PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) testu.

System Spartan FRX jest w stanie wykryć trzy SNP CYP2C19 (polimorfizm pojedynczego nukleotydu) (*2, *3, *17) w każdym wykonanym teście. Dla każdego badanego SNP wymagany jest indywidualny zestaw do pobierania próbek; dlatego do każdego testu przeprowadzanego w systemie wymagane są trzy zestawy do pobierania próbek.

Aby wykonać test, użytkownik pobiera od pacjenta trzy próbki z policzka, a następnie wprowadza próbkę do każdej z trzech probówek z odczynnikami (po jednej dla każdego loci CYP2C19 *2, *3 i *17). Probówki z odczynnikami są umieszczane w analizatorze, a system FRX automatyzuje procesy ekstrakcji DNA, amplifikacji PCR, wykrywania sygnału fluorescencyjnego i analizy danych. System dostarcza użytkownikowi wydrukowany wynik z listą genotypów pacjenta w loci *2, *3 i *17.

Celem badania jest ocena działania systemu FRX w warunkach wielu zmiennych. W szczególności w badaniu zostaną uwzględnione następujące zmienne:

• Miejsce testowe - x3
• Operator — x6 (2 na placówkę)
• Dzień — x15 (5 nie następujących po sobie dni na witrynę)
• System FRX — x16

Wydajność testu jest zdefiniowana jako liczba poprawnych wywołań genotypu, wyrażona jako procent całkowitej liczby testów wykonanych w systemie.

Zarówno w przypadku wyników pierwszego, jak i drugiego przejścia, dolne granice ufności 95% dla jednostronnego przejścia zostaną obliczone przy użyciu metody punktowej dla % poprawnych wywołań (tj. % zgodności).

Wyniki genotypu z systemu FRX zostaną porównane z wynikami sekwencjonowania DNA. Wynik testu FRX System zostanie uznany za prawidłowy, jeśli genotyp wywołany przez wszystkie trzy SNP jest identyczny z genotypami określonymi przez sekwencjonowanie DNA dla tej próbki/osobnika.

Wyniki badania odtwarzalności będą akceptowalne, jeśli dolna granica jednostronnej 95% granicy ufności całkowitego wskaźnika poprawnych wywołań na genotyp jest większa lub równa 95%, w oparciu o wyniki drugiego przejścia.