Reproduzierbarkeitsstudie des Spartan FRX-Projekts

Das FRX-System besteht aus Hardware und Verbrauchsmaterialien. Zu den Hardwarekomponenten des Systems gehören ein Analysator (Thermocycler mit Fluoreszenzerkennungsfunktion), ein Notebook und ein Drucker. Die Verbrauchskomponente des FRX-Systems ist ein Probenentnahmekit. Jedes Kit enthält einen Mundschleimhautabstrich (zur Entnahme der Patientenprobe) und ein Röhrchen mit den Reagenzien, die für die genomische DNA-Extraktion und die PCR-Amplifikationsschritte (Polymerase-Kettenreaktion) des Tests erforderlich sind.

Das Spartan FRX-System ist in der Lage, in jedem durchgeführten Test drei CYP2C19-SNPs (Einzelnukleotidpolymorphismus) (*2, *3, *17) zu erkennen. Für jeden getesteten SNP ist ein individuelles Probenentnahmekit erforderlich. Daher sind für jeden auf dem System durchgeführten Test drei Probenentnahmekits erforderlich.

Um einen Test durchzuführen, entnimmt der Benutzer drei Mundproben des Patienten und gibt dann eine Probe in jedes der drei Reagenzröhrchen (eines für jeden der CYP2C19-Loci *2, *3 und *17). Die Reagenzröhrchen werden in den Analysator eingesetzt und das FRX-System automatisiert die Prozesse der DNA-Extraktion, PCR-Amplifikation, Fluoreszenzsignalerkennung und Datenanalyse. Das System stellt dem Benutzer ein gedrucktes Ergebnis zur Verfügung, in dem die Patientengenotypen an den Loci *2, *3 und *17 aufgeführt sind.

Ziel der Studie ist es, die Leistung des FRX-Systems unter multivariaten Bedingungen zu bewerten. Im Einzelnen werden folgende Variablen in die Studie einbezogen:

• Testseite - x3
• Betreiber – x6 (2 pro Standort)
• Tag – x15 (5 nicht aufeinanderfolgende Tage pro Standort)
• FRX-System – x16

Die Testleistung ist definiert als die Anzahl der korrekten Genotypaufrufe, ausgedrückt als Prozentsatz der Gesamtzahl der auf dem System durchgeführten Tests.

Sowohl für die Ergebnisse des ersten als auch des zweiten Durchgangs werden einseitige 95 %-Konfidenzuntergrenzen mithilfe der Bewertungsmethode für den Prozentsatz richtiger Anrufe (d. h. prozentuale Übereinstimmung) berechnet.

Die Genotyp-Ergebnisse des FRX-Systems werden mit den Ergebnissen der DNA-Sequenzierung verglichen. Das Ergebnis des FRX-Systemtests gilt als korrekt, wenn die Genotypanforderungen für alle drei SNPs mit den Genotypen identisch sind, die durch DNA-Sequenzierung für diese Probe/Person ermittelt wurden.

Die Ergebnisse der Reproduzierbarkeitsstudie sind akzeptabel, wenn die untere Grenze einer einseitigen 95 %-Konfidenzgrenze der gesamten korrekten Call-Rate pro Genotyp größer oder gleich 95 % ist, basierend auf den Ergebnissen des zweiten Durchgangs.