Spartan FRX Project Reproducibility Study

FRX-järjestelmä koostuu laitteistosta ja kuluvista komponenteista. Järjestelmän laitteistokomponentteihin kuuluvat analysaattori (fluoresenssin havaitsemiskyvyllä varustettu lämpösyklilaite), kannettava tietokone ja tulostin. FRX-järjestelmän kulutuskomponentti on näytteenottosarja. Jokainen pakkaus sisältää bukkaalisen vanupuikko (käytetään potilasnäytteen keräämiseen) ja putken, joka sisältää reagenssit, joita tarvitaan genomisen DNA:n erottamiseen ja testin PCR- (polymeraasiketjureaktio) -amplifikaatiovaiheeseen.

Spartan FRX System pystyy havaitsemaan kolme CYP2C19 SNP:tä (yksittäisen nukleotidin polymorfismi) (*2, *3, *17) jokaisessa suoritetussa testissä. Yksittäinen näytteenottosarja vaaditaan jokaista testattua SNP:tä varten; siksi tarvitaan kolme näytteenottosarjaa jokaista järjestelmälle suoritettavaa testiä varten.

Testin suorittamista varten käyttäjä kerää kolme bukkaalista näytettä potilaalta ja lisää sitten näytteen kuhunkin kolmesta reagenssiputkesta (yksi jokaiselle CYP2C19-lokukselle *2, *3 ja *17). Reagenssiputket asetetaan analysaattoriin ja FRX-järjestelmä automatisoi DNA:n uuttamisen, PCR-monistuksen, fluoresoivan signaalin havaitsemisen ja data-analyysin prosessit. Järjestelmä tarjoaa käyttäjälle tulostetun tuloksen, jossa luetellaan potilaan genotyypit *2-, *3- ja *17-lokuksissa.

Tutkimuksen tavoitteena on arvioida FRX-järjestelmän suorituskykyä monimuuttujaolosuhteissa. Erityisesti seuraavat muuttujat sisällytetään tutkimukseen:

• Testipaikka - x3
• Operaattori - x 6 (2 per sivusto)
• Päivä - x15 (5 ei-peräkkäistä päivää per sivusto)
• FRX-järjestelmä - x16

Testin suorituskyky määritellään oikeiden genotyyppikutsujen lukumääränä ilmaistuna prosentteina järjestelmässä suoritettujen testien kokonaismäärästä.

Sekä ensimmäisen että toisen läpimenon tuloksille lasketaan yksipuoliset 95 %:n luotettavuuden alarajat oikeiden puhelujen prosenttiosuuden pisteytysmenetelmällä (eli prosenttiosuuksien mukaan).

FRX-järjestelmän genotyyppituloksia verrataan DNA-sekvensoinnin tuloksiin. FRX System -testin tulos määritetään oikeaksi, jos genotyyppikutsut kaikille kolmelle SNP:lle ovat identtisiä genotyyppien kanssa, jotka on määritetty DNA-sekvensoinnilla kyseiselle näytteelle/yksilölle.

Uusittavuustutkimuksen tulokset ovat hyväksyttäviä, jos genotyyppikohtaisen oikean kutsunopeuden yksipuolisen 95 %:n luottamusrajan alaraja on suurempi tai yhtä suuri kuin 95 % toisen kierron tulosten perusteella.