Spartan FRX Project Reproducibility Study

FRX-systemet består af hardware og forbrugsdele. Systemets hardwarekomponenter omfatter en Analyzer (termisk cykler med fluorescensdetektionsevne), en notebook-computer og en printer. Forbrugskomponenten i FRX-systemet er et prøveindsamlingssæt. Hvert sæt indeholder en mundkurv (bruges til at indsamle patientprøven) og et rør indeholdende de reagenser, der kræves til genomisk DNA-ekstraktion og PCR (polymerasekædereaktion) amplifikationsstadier af testen.

Spartan FRX System er i stand til at detektere tre CYP2C19 SNP'er (single nucleotid polymorphism) (*2, *3, *17) i hver udført test. Der kræves et individuelt prøveopsamlingssæt for hver testet SNP; derfor kræves tre prøvetagningssæt for hver test udført på systemet.

For at udføre en test indsamler brugeren tre mundprøver fra patienten og indsætter derefter en prøve i hvert af de tre reagensrør (et for hver af CYP2C19 loci *2, *3 og *17). Reagensrørene placeres i analysatoren, og FRX-systemet automatiserer processerne med DNA-ekstraktion, PCR-amplifikation, fluorescerende signaldetektion og dataanalyse. Systemet giver brugeren et udskrevet resultat med en liste over patientgenotyperne ved *2, *3 og *17 loci.

Formålet med undersøgelsen er at evaluere FRX-systemets ydeevne under multivariate forhold. Konkret vil følgende variable indgå i undersøgelsen:

• Teststed - x3
• Operatør - x6 (2 pr. websted)
• Dag - x15 (5 ikke-sammenhængende dage pr. websted)
• FRX-system - x16

Testydelse er defineret som antallet af korrekte genotypekald, udtrykt som en procentdel af det samlede antal test udført på systemet.

For både first-pass- og second-pass-resultaterne vil 1-sidede 95 % konfidens nedre grænser blive beregnet ved hjælp af scoremetoden for % korrekte opkald (dvs. % overensstemmelse).

Genotyperesultater fra FRX-systemet vil blive sammenlignet med resultater af DNA-sekventering. Resultatet af FRX System-testen vil blive bestemt til at være korrekt, hvis genotypen kalder for alle tre SNP'er er identiske med genotyperne bestemt ved DNA-sekventering for den pågældende prøve/individ.

Resultater af reproducerbarhedsundersøgelsen vil være acceptable, hvis den nedre grænse for en 1-sidet 95 % konfidensgrænse af den samlede korrekte opkaldsfrekvens pr. genotype er større end eller lig med 95 %, baseret på second-pass resultater.