Spartan FRX-projectreproduceerbaarheidsonderzoek

Het FRX-systeem bestaat uit hardware en verbruiksonderdelen. De hardwarecomponenten van het systeem omvatten een Analyzer (thermische cycler met fluorescentiedetectie), een notebookcomputer en een printer. Het verbruiksonderdeel van het FRX-systeem is een monsterverzamelingskit. Elke kit bevat een monduitstrijkje (gebruikt om het monster van de patiënt af te nemen) en een buisje met de reagentia die nodig zijn voor genomische DNA-extractie en PCR-amplificatiefasen (polymerasekettingreactie) van de test.

Het Spartan FRX-systeem kan drie CYP2C19 SNP's (single nucleotide polymorphism) (*2, *3, *17) detecteren in elke uitgevoerde test. Voor elke geteste SNP is een individuele monsterverzamelingskit vereist; daarom zijn er drie monsterverzamelingskits vereist voor elke test die op het systeem wordt uitgevoerd.

Om een ​​test uit te voeren, neemt de gebruiker drie buccale monsters van de patiënt en brengt vervolgens een monster in elk van de drie reagensbuisjes (één voor elk van de CYP2C19-loci *2, *3 en *17). De reagensbuizen worden in de analysator geplaatst en het FRX-systeem automatiseert de processen van DNA-extractie, PCR-amplificatie, detectie van fluorescentiesignalen en gegevensanalyse. Het systeem biedt de gebruiker een afgedrukt resultaat met een lijst van de patiëntgenotypes op de *2-, *3- en *17-loci.

Het doel van de studie is het evalueren van de prestaties van het FRX-systeem onder multivariate omstandigheden. Concreet zullen de volgende variabelen in het onderzoek worden opgenomen:

• Testsite - x3
• Operator - x6 (2 per site)
• Dag - x15 (5 niet-opeenvolgende dagen per locatie)
• FRX-systeem - x16

Testprestaties worden gedefinieerd als het aantal correcte genotype-oproepen, uitgedrukt als een percentage van het totale aantal tests dat op het systeem is uitgevoerd.

Voor zowel de first-pass als de second-pass resultaten worden eenzijdige ondergrenzen met een betrouwbaarheid van 95% berekend met behulp van de scoremethode voor het % correcte oproepen (d.w.z. % overeenstemming).

De genotyperesultaten van het FRX-systeem zullen worden vergeleken met de resultaten van DNA-sequencing. Het resultaat van de FRX-systeemtest wordt correct bevonden als de genotype-oproepen voor alle drie de SNP's identiek zijn aan de genotypen bepaald door DNA-sequencing voor dat monster/individu.

De resultaten van het reproduceerbaarheidsonderzoek zijn acceptabel als de ondergrens van een eenzijdige 95%-betrouwbaarheidslimiet van het totale aantal correcte oproepen per genotype groter is dan of gelijk is aan 95%, gebaseerd op second-pass-resultaten.