Estudo de reprodutibilidade do projeto Spartan FRX

O sistema FRX é composto de componentes de hardware e consumíveis. Os componentes de hardware do sistema incluem um analisador (ciclador térmico com capacidade de detecção de fluorescência), um notebook e uma impressora. O componente consumível do sistema FRX é um kit de coleta de amostras. Cada kit contém um swab bucal (usado para coletar a amostra do paciente) e um tubo contendo os reagentes necessários para as etapas de extração do DNA genômico e amplificação por PCR (reação em cadeia da polimerase) do teste.

O Sistema Spartan FRX é capaz de detectar três SNPs CYP2C19 (polimorfismo de nucleotídeo único) (*2, *3, *17) em cada teste realizado. Um kit de coleta de amostra individual é necessário para cada SNP testado; portanto, três kits de coleta de amostra são necessários para cada teste realizado no sistema.

Para realizar um teste, o usuário coleta três amostras bucais do paciente e, em seguida, insere uma amostra em cada um dos três tubos de reagentes (um para cada um dos loci CYP2C19 *2, *3 e *17). Os tubos de reagentes são colocados no analisador e o sistema FRX automatiza os processos de extração de DNA, amplificação por PCR, detecção de sinal fluorescente e análise de dados. O sistema fornece ao usuário um resultado impresso listando os genótipos do paciente nos loci *2, *3 e *17.

O objetivo do estudo é avaliar o desempenho do Sistema FRX em condições multivariadas. Especificamente, as seguintes variáveis ​​serão incluídas no estudo:

• Local de teste - x3
• Operador - x6 (2 por local)
• Dia - x15 (5 dias não consecutivos por site)
• Sistema FRX - x16

O desempenho do teste é definido como o número de chamadas de genótipo corretas, expresso como uma porcentagem do número total de testes realizados no sistema.

Para os resultados da primeira passagem e da segunda passagem, os limites inferiores de confiança de 95% de 1 lado serão calculados usando o método de pontuação para as % de chamadas corretas (ou seja, % de concordância).

Os resultados dos genótipos do sistema FRX serão comparados com os resultados do sequenciamento de DNA. O resultado do teste do sistema FRX será determinado como correto se as chamadas de genótipo para todos os três SNPs forem idênticas aos genótipos determinados pelo sequenciamento de DNA para aquela amostra/indivíduo.

Os resultados do estudo de reprodutibilidade serão aceitáveis ​​se o limite inferior de um limite de confiança unilateral de 95% da taxa total de chamadas corretas por genótipo for maior ou igual a 95%, com base nos resultados de segunda passagem.