Studio sulla riproducibilità del progetto Spartan FRX

Il sistema FRX è composto da hardware e componenti di consumo. I componenti hardware del sistema includono un analizzatore (termociclatore con capacità di rilevamento della fluorescenza), un computer portatile e una stampante. Il componente di consumo del sistema FRX è un kit di raccolta dei campioni. Ogni kit contiene un tampone buccale (utilizzato per raccogliere il campione del paziente) e una provetta contenente i reagenti necessari per l'estrazione del DNA genomico e le fasi di amplificazione PCR (reazione a catena della polimerasi) del test.

Il sistema Spartan FRX è in grado di rilevare tre SNP CYP2C19 (polimorfismo a singolo nucleotide) (*2, *3, *17) in ciascun test eseguito. Per ogni SNP testato è richiesto un kit di raccolta campioni individuale; sono quindi necessari tre kit di prelievo campioni per ogni test eseguito sul sistema.

Per eseguire un test, l'utente preleva tre campioni buccali dal paziente e quindi inserisce un campione in ciascuna delle tre provette di reagente (una per ciascuno dei loci CYP2C19 *2, *3 e *17). Le provette dei reagenti vengono inserite nell'analizzatore e il sistema FRX automatizza i processi di estrazione del DNA, amplificazione PCR, rilevamento del segnale fluorescente e analisi dei dati. Il sistema fornisce all'utente un risultato stampato che elenca i genotipi del paziente nei loci *2, *3 e *17.

L'obiettivo dello studio è valutare le prestazioni del sistema FRX in condizioni multivariate. Nello specifico, saranno incluse nello studio le seguenti variabili:

• Sito di prova - x3
• Operatore - x6 (2 per sito)
• Giorno - x15 (5 giorni non consecutivi per sito)
• Sistema FRX - x16

Le prestazioni del test sono definite come il numero di identificazioni di genotipi corretti, espresso come percentuale del numero totale di test eseguiti sul sistema.

Sia per i risultati di primo che di secondo passaggio, i limiti inferiori di confidenza unilaterale del 95% verranno calcolati utilizzando il metodo del punteggio per la percentuale di chiamate corrette (ovvero la percentuale di accordo).

I risultati del genotipo del sistema FRX saranno confrontati con i risultati del sequenziamento del DNA. Il risultato del test del sistema FRX sarà determinato come corretto se le chiamate genotipiche per tutti e tre gli SNP sono identiche ai genotipi determinati dal sequenziamento del DNA per quel campione/individuo.

I risultati dello studio di riproducibilità saranno accettabili se il limite inferiore di un limite di confidenza unilaterale del 95% del tasso totale di identificazione corretta per genotipo è maggiore o uguale al 95%, sulla base dei risultati del secondo passaggio.