Methylace DNA při alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk. (MET_SCT_2018)

Postupně se zvyšuje využití transplantace hematopoetických kmenových buněk (SCT) u skupin pacientů dříve nevhodných z důvodu věku. V současné době představuje alogenní SCT u pacientů ve věku nad 60 let přibližně 18 %. V evropské databázi SCT byl počet pacientů ve věku > 65 let do roku 2000 <1 % a po roce 2000 6,7 %. Tento trend je důsledkem rostoucí klinické potřeby způsobené progresivním globálním stárnutím obecné populace a rostoucím podílem subjektů s dobrým výkonnostním stavem mezi staršími pacienty.

Vhodnost k transplantaci je v současné době měřena nepřítomností hlavních komorbidit hodnocených skóre Soror's Comorbidity Index (HCT-CI). Skóre koreluje s výsledkem po transplantaci a poskytuje jasné údaje o intenzitě chemoterapie, která má být podávána v předtransplantační fázi, aby se snížila mortalita bez relapsu (NRM). NRM je úmrtnost, která není způsobena zotavením nemoci; může vzniknout ze tří řádů komplikací: imunologické (Graft versus Host Disease -GVHD-); infekční (oportunní infekce) a toxické (orgánová toxicita související s chemoterapií). Intenzita přípravného režimu je následně snížena v přítomnosti komorbidity a u starších pacientů, častěji postižených komorbiditami. Snížení intenzity kondičního režimu však také znamená výrazné zvýšení pravděpodobnosti recidivy hematologického onemocnění, a proto toto snížení musí být provedeno na základě indexů stárnutí a komorbidity, jak je uvedeno výše (HCT-CI), aby nedošlo k nadměrnému snížení kurativní potenciál transplantace. Tato studie si klade za cíl použít inovativní markery biologického věku pro hodnocení pacientů s SCT. Hodnocení biologického věku je rychle se rozvíjející výzkumná oblast, která přinesla velmi slibné výsledky. Biologický věk je index složený z molekulárních markerů (jako je methylace DNA jaderných krvinek nebo hladina glykanů spojených s cirkulujícími proteiny); silně souvisí s chronologickým věkem, ale je schopen vyjádřit rychlost stárnutí jednotlivého subjektu a následně je schopen upozornit na zdravotní rizika spojená se stárnutím s větším důrazem než chronologický věk. Nedávná literatura jasně ukazuje, že DNA je přítomna také v nebuněčné frakci, ve formě volné DNA, která je z velké části obsažena v kompartmentu nanoveziklu. Zejména je zajímavé studovat, zda DNA nanovesikul může poskytnout užitečná data týkající se epigenomu, a ověřit, jak je epigenom spojen s přítomností exogenní DNA, tedy mikrobiomu. Tato entita zahrnuje všechny bakteriální a virové druhy, které koexistují s každý člověk, většinou lokalizované v gastrointestinálním traktu, a které jsou stále více určující pro pochopení patogeneze zánětlivých a/nebo metabolických onemocnění, jakož i biologických základů stárnutí. V tomto ohledu nedávná literatura ukazuje úzký vztah mezi GVHD, viromem a střevním mikrobiomem. Epigenetika se specificky nezabývá modifikací sekvence DNA subjektu, ale všemi regulačními procesy, které ovlivňují genovou expresi. Konkrétně methylace je epigenetická modifikace DNA. Proto se epigenetické studie liší od klasických genetických studií, ve kterých se provádí analýza přesné sekvence DNA subjektů. V tomto protokolu budou vyšetřovatelé označovat „studii DNA“ jako studii jejích modifikací v methylačním stavu a ne v její sekvenci.

Primární cíl studie:

- Studium DNA ve vzorcích pacientů podstupujících alogenní transplantaci krvetvorných buněk. Konkrétně bude DNA extrahována z leukocytů a extracelulárních nanoveziklu plazmy. DNA bude posuzována na rozsah metylace, která bude také ve vztahu s cirkulující exogenní DNA (tj. mikrobiom).

Sekundární cíle:

• Studium DNA ve vzorcích moči a stolice od stejných subjektů k popisu dalších prvků systémového mikrobiomu - jmenovitě močového viromu a střevního mikrobiomu.
• Korelace cirkulujícího epigenomu a systémového mikrobiomu s klinickými výsledky (celkové přežití, GVHD, výskyt infekcí) a indexem komorbidity (HCT-CI).

Kritéria vyloučení:

- Absence podepsaného informovaného souhlasu.

Není poskytována žádná léčba; pacienti budou léčeni a sledováni podle běžné klinické praxe a podle mezinárodních směrnic.

Návštěvy a hodnocení jsou běžnou praxí, nebudou změněny. Vzorky různých biologických materiálů budou odebrány na začátku rekonvalescence, v den -1, +1 a po 1, 3, 6, 9, 12 měsících po transplantaci. Po propuštění bude všechny pacienty jako obvykle sledovat Denní stacionář transplantační jednotky Hematologického ústavu, kde bude pokračovat výhledový odběr vzorků ve stanovených časech.

Primární cíl studie je popisný. Vyhodnocení hlavních klinických proměnných se provádí pomocí deskriptivní analýzy (průměr, medián, rozmezí atd.). Analýza přežití bude provedena podle Kaplan-Meierovy metodologie pro cenzurovaná data. Regresní analýza pro cenzurovaná data bude provedena pomocí Coxových proporcionálních modelů rizika.

Methylace DNA je vyjádřena jako spojité proměnné jako procento methylace různých analyzovaných genových lokusů. Analýza metylačních dat bude provedena pomocí potrubí algoritmů vyvinutých zastánci. Viromická data jsou nominální proměnné (přítomnost/nepřítomnost virových druhů).

Studie má explorativní charakter a předpokládá se, že do ní bude zařazeno 50 pacientů.