Метилирование ДНК при аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток. (MET_SCT_2018)

Использование трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК) у групп пациентов, ранее непригодных для этой цели из-за возраста, прогрессивно расширяется. В настоящее время аллогенная ТСК у пациентов старше 60 лет составляет примерно 18%. В европейской базе данных SCT количество пациентов в возрасте > 65 лет составляло <1% до 2000 г. и 6,7% после 2000 г. Эта тенденция является следствием растущей клинической потребности, вызванной прогрессивным глобальным старением населения в целом и увеличением доли субъектов с хорошим функциональным статусом среди пожилых пациентов.

Пригодность к трансплантации в настоящее время оценивается по отсутствию основных сопутствующих заболеваний, оцениваемых по шкале индекса сопутствующих заболеваний Соррора (HCT-CI). Оценка коррелирует с исходом после трансплантации и дает четкие указания на интенсивность химиотерапии, которая должна быть назначена в предтрансплантационной фазе для снижения безрецидивной смертности (NRM). NRM — это смертность, не связанная с выздоровлением от болезни; она может возникнуть в результате трех порядков осложнений: иммунологические (реакция трансплантата против хозяина -РТПХ-); инфекционные (оппортунистические инфекции) и токсические (токсичность органов, связанная с химиотерапией). Интенсивность режима кондиционирования последовательно снижается при наличии сопутствующей патологии и у пациентов пожилого возраста, чаще страдающих сопутствующими заболеваниями. Но снижение интенсивности режима кондиционирования также означает значительное увеличение вероятности рецидива гематологического заболевания, и поэтому это снижение должно производиться на основе индексов старения и сопутствующих заболеваний, как указано выше (HCT-CI), чтобы не слишком снизить лечебный потенциал трансплантата. Это исследование направлено на применение инновационных маркеров биологического возраста для оценки пациентов с ТГСК. Оценка биологического возраста является быстро расширяющейся областью исследований, которая дала очень многообещающие результаты. Биологический возраст представляет собой показатель, состоящий из молекулярных маркеров (таких как метилирование ДНК ядерных клеток крови или уровень гликанов, связанных с циркулирующими белками); он тесно связан с хронологическим возрастом, но способен отражать скорость старения отдельного субъекта и, следовательно, может выделять риски для здоровья, связанные со старением, с большим акцентом, чем хронологический возраст. Недавняя литература ясно указывает, что ДНК также присутствует в неклеточной фракции в виде свободной ДНК, которая в основном содержится в компартменте нановезикул. В частности, интересно изучить, могут ли ДНК нановезикул предоставить полезные данные об эпигеноме и проверить, как эпигеном связан с присутствием экзогенной ДНК, то есть микробиома. Этот объект включает все виды бактерий и вирусов, которые сосуществуют с каждого человека, преимущественно расположенные в желудочно-кишечном тракте, и которые становятся все более определяющими для понимания патогенеза воспалительных и/или метаболических заболеваний, а также биологических основ старения. В связи с этим в недавней литературе показана тесная взаимосвязь между РТПХ, вирусом и микробиомом кишечника. Эпигенетика занимается не модификацией последовательности ДНК субъекта, а всеми регуляторными процессами, влияющими на экспрессию генов. В частности, метилирование представляет собой эпигенетическую модификацию ДНК. Таким образом, эпигенетические исследования отличаются от классических генетических исследований, в которых проводится анализ точной последовательности ДНК испытуемых. В этом протоколе исследователи будут ссылаться на «исследование ДНК» как на изучение ее модификаций в статусе метилирования, а не в ее последовательности.

Основная цель исследования:

- Исследование ДНК в образцах пациентов, перенесших аллогенную трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток. В частности, ДНК будет извлечена из лейкоцитов и внеклеточных нановезикул плазмы. ДНК будет оцениваться на предмет степени метилирования, которое также будет связано с циркулирующей экзогенной ДНК (то есть с микробиомом).

Второстепенные цели:

• Исследование ДНК в образцах мочи и фекалий тех же субъектов для описания дополнительных элементов системного микробиома, а именно мочевого вирома и кишечного микробиома.
• Корреляция циркулирующего эпигенома и системного микробиома с клиническими исходами (общая выживаемость, РТПХ, частота инфекций) и индексом коморбидности (HCT-CI).

Критерий исключения:

- Отсутствие подписанного информированного согласия.

Лечение не предусмотрено; пациентов будут лечить и наблюдать в соответствии с обычной клинической практикой и в соответствии с международными рекомендациями.

Посещения и оценки относятся к обычной практике и не подлежат изменению. Образцы различных биологических материалов будут браться в начале выздоровления, на -1, +1 день и через 1, 3, 6, 9, 12 месяцев после трансплантации. После выписки все пациенты, как обычно, будут наблюдаться в дневном стационаре отделения трансплантологии Института гематологии, где продолжится проспективный сбор образцов в определенное время.

Основная цель исследования — описательная. Оценка основных клинических переменных проводится с помощью описательного анализа (среднее значение, медиана, диапазон и т. д.). Анализ выживаемости будет проводиться в соответствии с методологией Каплана-Мейера для цензурированных данных. Регрессионный анализ цензурированных данных будет выполняться с использованием моделей пропорционального риска Кокса.

Метилирование ДНК выражается в виде непрерывных переменных в виде процента метилирования различных анализируемых локусов генов. Анализ данных о метилировании будет выполняться с помощью алгоритмов, разработанных сторонниками. Вирономические данные являются номинальными переменными (наличие/отсутствие вирусных видов).

Исследование носит ознакомительный характер, и ожидается, что в нем примут участие 50 пациентов.