Metylacja DNA w transplantacji allogenicznych hematopoetycznych komórek macierzystych. (MET_SCT_2018)

Stopniowo wzrasta wykorzystanie przeszczepu hematopoetycznych komórek macierzystych (SCT) w grupach pacjentów wcześniej nieodpowiednich ze względu na wiek. Obecnie allogeniczny SCT u pacjentów w wieku powyżej 60 lat stanowi około 18%. W europejskiej bazie danych SCT liczba pacjentów w wieku > 65 lat wynosiła <1% do 2000 r. i 6,7% po 2000 r. Tendencja ta jest konsekwencją rosnącej potrzeby klinicznej, spowodowanej postępującym globalnym procesem starzenia się populacji ogólnej oraz rosnącym odsetkiem osób w dobrym stanie sprawności wśród pacjentów w podeszłym wieku.

Zdolność do przeszczepu jest obecnie mierzona na podstawie braku głównych chorób współistniejących ocenianych za pomocą wskaźnika współwystępowania Sorror's Comorbidity Index (HCT-CI). Wynik koreluje z wynikiem po przeszczepie i dostarcza jasnych wskazówek co do intensywności chemioterapii, którą należy zastosować w fazie przed przeszczepem w celu zmniejszenia śmiertelności bez nawrotów (NRM). NRM to śmiertelność niezwiązana z wyzdrowieniem choroby; może wynikać z trzech rzędów powikłań: immunologicznych (choroba przeszczep przeciwko gospodarzowi -GVHD-); zakaźne (infekcje oportunistyczne) i toksyczne (toksyczność narządowa związana z chemioterapią). Intensywność schematu kondycjonowania zmniejsza się w konsekwencji w obecności chorób współistniejących oraz u pacjentów w podeszłym wieku, częściej dotkniętych chorobami współistniejącymi. Jednak zmniejszenie intensywności schematu kondycjonowania oznacza również znaczne zwiększenie prawdopodobieństwa nawrotu choroby hematologicznej, dlatego też redukcja ta musi być dokonywana na podstawie wskaźników starzenia i chorób współistniejących, jak wspomniano powyżej (HCT-CI), aby nadmiernie nie zmniejszyć potencjał leczniczy przeszczepu. Niniejsze badanie ma na celu zastosowanie innowacyjnych markerów wieku biologicznego do oceny pacjentów po SCT. Ocena wieku biologicznego to szybko rozwijająca się dziedzina badań, która przyniosła bardzo obiecujące wyniki. Wiek biologiczny to wskaźnik złożony z markerów molekularnych (takich jak metylacja DNA jądrzastych komórek krwi czy poziom glikanów związanych z krążącymi białkami); jest silnie powiązany z wiekiem chronologicznym, ale jest w stanie wyrazić szybkość starzenia się pojedynczego podmiotu, a co za tym idzie, jest w stanie podkreślić zagrożenia dla zdrowia związane ze starzeniem się, z większym naciskiem niż wiek chronologiczny. Najnowsze piśmiennictwo wyraźnie wskazuje, że DNA występuje również we frakcji niekomórkowej, w postaci wolnego DNA, które w dużej mierze jest zawarte w kompartmencie nanopęcherzyków. W szczególności interesujące jest zbadanie, czy DNA nanopęcherzyków może dostarczyć użytecznych danych dotyczących epigenomu i zweryfikowanie, w jaki sposób epigenom jest powiązany z obecnością egzogennego DNA, czyli mikrobiomu. Jednostka ta obejmuje wszystkie gatunki bakterii i wirusów, które współistnieją z każdego człowieka, zlokalizowanych głównie w przewodzie pokarmowym, i które w coraz większym stopniu determinują zrozumienie patogenezy chorób zapalnych i/lub metabolicznych, a także biologicznych podstaw starzenia. W związku z tym najnowsza literatura wskazuje na ścisły związek między GVHD, wirusoma i mikrobiomem jelitowym. Epigenetyka nie zajmuje się konkretnie modyfikacją sekwencji DNA osobnika, ale wszystkimi procesami regulacyjnymi, które wpływają na ekspresję genów. W szczególności metylacja jest epigenetyczną modyfikacją DNA. Dlatego badania epigenetyczne różnią się od klasycznych badań genetycznych, w których przeprowadza się analizę dokładnej sekwencji DNA badanych. W tym protokole badacze będą odnosić się do „badania DNA” jako badania jego modyfikacji w stanie metylacji, a nie w jego sekwencji.

Główny cel badania:

- Badanie DNA w próbkach pacjentów poddawanych allogenicznemu przeszczepieniu krwiotwórczych komórek macierzystych. W szczególności DNA zostanie wyekstrahowane z leukocytów i zewnątrzkomórkowych nanopęcherzyków osocza. DNA zostanie ocenione pod kątem stopnia metylacji, który będzie również powiązany z krążącym egzogennym DNA (tj. mikrobiomem).

Cele drugorzędne:

• Badanie DNA w próbkach moczu i kału tych samych osób w celu opisania dalszych elementów mikrobiomu układowego – mianowicie wiromu moczu i mikrobiomu jelitowego.
• Korelacja krążącego epigenomu i mikrobiomu układowego z wynikami klinicznymi (całkowite przeżycie, GVHD, częstość występowania zakażeń) i wskaźnikiem współwystępowania (HCT-CI).

Kryteria wyłączenia:

- Brak podpisanej świadomej zgody.

Nie zapewnia się leczenia; pacjenci będą leczeni i obserwowani zgodnie z normalną praktyką kliniczną i zgodnie z międzynarodowymi wytycznymi.

Wizyty i oceny są rutynowymi praktykami i nie zostaną zmodyfikowane. Próbki różnych materiałów biologicznych będą pobierane na początku rekonwalescencji, w dniach -1, +1 oraz po 1, 3, 6, 9, 12 miesiącach od przeszczepu. Po wypisaniu ze szpitala wszyscy pacjenci będą jak zwykle objęci opieką Szpitala Dziennego Oddziału Transplantologicznego Instytutu Hematologii, gdzie kontynuowane będzie prospektywne pobieranie próbek w określonych godzinach.

Podstawowym celem badania jest opis. Ocena głównych zmiennych klinicznych odbywa się za pomocą analizy opisowej (średnia, mediana, zakres itp.). Analiza przeżycia zostanie przeprowadzona zgodnie z metodologią Kaplana-Meiera dla ocenzurowanych danych. Analiza regresji ocenzurowanych danych zostanie przeprowadzona przy użyciu modeli ryzyka proporcjonalnego Coxa.

Metylację DNA wyraża się jako zmienne ciągłe, jako procent metylacji różnych analizowanych loci genów. Analiza danych dotyczących metylacji zostanie przeprowadzona za pomocą szeregu algorytmów opracowanych przez zwolenników. Dane wiromiczne są zmiennymi nominalnymi (obecność/nieobecność gatunków wirusowych).

Badanie ma charakter eksploracyjny i przewiduje się, że weźmie w nim udział 50 pacjentów.