COVID-19: Healthy Oregon (Oregon Saludable): Together We Can (Juntos Podemos) (OSJP)

Celkem 38 komunit založilo testovací web s testovacími akcemi, které se konají každý druhý týden (dvakrát týdně). Studie randomizovala okresy na úrovni lokality v kraji. Výzkumníci použili a priori stratifikaci podle okresů, protože velikost vzorku je malá. Polovina všech lokalit v kraji byla přiřazena ke kontrolnímu stavu (služby jako obvykle) a druhá polovina k intervenčnímu stavu (Promotores de Salud). Náhodně přidělené komunity dostávají jednu ze dvou informačních strategií: Služby jako obvykle (kulturně přizpůsobené letáky, rozhlasová oznámení, příspěvky na sociálních sítích, brožurka o zdravotním chování na místě) nebo služby jako obvykle plus zásah Promotores de Salud, kde se dostane placený, důvěryhodný člen komunity. na členy komunity, aby je motivovali k využívání bezplatných testovacích služeb a ke zlepšení zdravotního chování souvisejícího s COVID-19. Intervence Promotores de Salud byla navržena tak, aby budovala vztahy s členy komunity Latinx a napomáhala důvěře.

K posouzení podílu členů komunity Latinx testovaných na každém místě použijí vyšetřovatelé deidentifikované zdravotní informace poskytnuté studii laboratoří klinické genomiky COVID-19 University of Oregon (UO), která testy zpracovává. K posouzení zdravotního chování bude podskupina dospělých účastníků na každém pracovišti pozvána k účasti na výzkumném průzkumu, který bude proveden na začátku a znovu o 30 dní později. U obou přístupů studie předpokládá zapojení většího podílu členů komunity Latinx v poměru k celkové demografické skupině hrabství. Očekává se, že celková studovaná populace bude 85 % Hispánců a 15 % nehispánských, přičemž 84 % jedinců se identifikuje jako bílé v obou etnických skupinách a zbývajících 16 % se identifikuje jako Afroameričané, Asiaté, Tichomoří ostrované, Indiáni/původní obyvatelé Aljašky. nebo více než jeden závod. V každé studijní skupině bude 19 míst (celkem 38) a až zhruba 3 600 dospělých jedinců v intervenčních (n = 1 800) nebo kontrolních podmínkách (n = 1 800).

Tato studie také využívá data z registru pacientů z laboratoře klinické genomiky COVID-19 University of Oregon.

Zajištění kvality, kontroly dat, verifikace zdrojových dat, datový slovník a standardní operační postupy: Data a biologické vzorky budou shromažďovány osobně na testovacích místech, což vyžaduje přímou interakci s účastníky. Aby bylo možné hlásit výsledky infekce SARS-CoV-2 zpět každému účastníkovi, shromažďujeme jméno, datum narození a kontaktní údaje. Pro splnění požadavků na podávání zpráv Oregonskému zdravotnickému úřadu se u každé testované osoby shromažďuje také kraj bydliště a PSČ. Data použitá k vyhodnocení účinnosti intervence budou zahrnovat agregované proměnné odvozené z dat shromážděných jako součást diagnostického testovacího postupu a budou agregovány na úrovni testovacího místa (např. provedené testy, procenta rasy a etnického původu atd.).

Při odběru vzorků SARS-CoV-2 vedou účastníci testování facilitátoři procesem samosběru. U předních nosních otvorů jsou účastníci instruováni, aby si nosní tampon umístili asi 1 cm do nosní dírky a otáčeli jím, aby se na 10 sekund dostali do kontaktu s nosní membránou, a pak postup opakovali se stejným tamponem do druhé nosní dírky. Rodiče jsou instruováni, aby odebrali vzorek pro své dítě, pokud je dítě mladší 10 let nebo pokud nezletilé dítě požádá o rodičovskou pomoc. Zaměstnanci testovacího místa mohou účastníkům s nízkou obratností nebo fyzickým postižením pomoci při odběru vzorků. V případě zranění během odběru vzorku pracovníci partnerské komunitní organizace nasměrují účastníka k příslušným lékařským zdrojům. Vzorky budou umístěny do sterilních lahviček s čárovým kódem (1 ml Matrix, zkumavky se šroubovacím uzávěrem s čárovým kódem), z nichž každá obsahuje 500 mikrolitrů (μl) DNA/RNA Shield. Každá zkumavka Matrix bude poté pevně uzavřena a bude umístěna do standardního plastového laboratorního stojanu na zkumavky pro mikrocentrifugu s osmi řadami a dvanácti sloupci (stojánek 8x12 s 96 pozicemi). Tento stojan bude poté externě dekontaminován krátkým ponořením do urychleného peroxidu vodíku (H202). Každý stojan na zkumavky pro mikrocentrifugu s 96 pozicemi bude poté označen a umístěn do sterilního dočasného kontejneru s vlhkým ledem o teplotě 4 °C. Pokud je to možné na každém místě, budou stojany pravidelně přemisťovány buď do chladničky (4C) nebo mrazáku (-20C) k uskladnění. Na konci dne budou všechny stojany přepraveny na mokrém ledu do Laboratoře klinické genomiky COVID-19 na UO, aby bylo zajištěno, že dorazí nejpozději 48 hodin po odběru a nejlépe do 12-24 hodin. Pokud je testovací místo umístěno příliš distálně pro ruční přepravu, budou stojany na zkumavky zajištěny a odeslány expresními metodami na suchém ledu.

Každá 96jamková sběrná destička bude dále pokračovat molekulárním zpracováním pomocí standardního analytického protokolu Thermo Fisher TaqPath schváleného FDA. Všechny kroky tohoto schváleného protokolu budou přesně dodržovány, včetně příslušných činidel, objemů a zahrnutí vhodných pozitivních a negativních kontrol. Kromě toho vyšetřovatelé použijí systém softwarové analýzy a parametry přesně podle specifikace. Nejprve bude z každé jamky extrahována RNA pomocí MagMax Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit (ThermoFisher, #100081242), která odstraňuje potenciálně inhibující kontaminaci a zvyšuje citlivost a konzistenci následných protokolů qPCR. V závislosti na počtu vzorků, které mají být zpracovány, bude extrakce RNA probíhat buď ručně pomocí vícekanálových pipet, nebo pomocí Hamilton Robot. Purifikovaná RNA bude poté retrotranskribována pro analýzu pomocí soupravy TaqPath RT-PCR COVID-19 na 96jamkovém nebo 384jamkovém termocykleru QuantStudio5 (QS5) v závislosti na počtu vzorků, které mají být zpracovány. Pokud laboratorní technici potřebují zpracovat 384 vzorků, použijí robota Hamilton pro manipulaci s kapalinami (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) k alikvotům z každé ze čtyř až 96jamkových destiček do 384jamkového formátu pro následnou qPCR amplifikaci. V tomto procesu RT-PCR sondy nasedají na tři unikátní dopředné a reverzní primery pro tři geny SARS-CoV-2: ORF1ab, N protein a S protein.

Všechny laboratoře a hlášení budou automatizovány pomocí čárových kódů, robotiky, 96 a 384jamkových qPCR strojů a používání plně vyhovujícího systému pro správu laboratorních informací (LIMS) HIPAA a CAP3 vytvořeného společností L7 informatics (https://l7informatics). com/). Tyto systémové automatizace a použití LIMS umožňují zvýšenou propustnost (až několik tisíc vzorků za den) a rychlou analýzu a automatizované vykazování výsledků prostřednictvím LIMS. Data qPCR jsou uložena v systému LIMS pro analýzu pomocí softwaru Applied Biosystems COVID-19 Interpretive Software, aby bylo možné kvalitativně posoudit, zda je virus ve vzorku přítomen ("pozitivní" případ), nepřítomný nebo nejistý. Systém LIMS v laboratoři COVID-19-MAP umožňuje integraci tohoto analytického softwaru do příslušného kroku celkového sledu pracovního postupu sledování vzorků, a proto lze okamžitý výsledek propojit s příslušným čárovým kódem v databázi. Kromě toho je systém LIMS připojen a komunikuje prostřednictvím místní sítě (LAN) se všemi zařízeními (např. roboty a stroje qPCR), aby dokumentoval každý krok procesu pro ověření CLIA. Výsledky pro každý vzorek a související metadata o krocích během zpracování jsou pak spojeny s každým přiřazeným čárovým kódem a mohou být poté podle potřeby předány Oregon Health Authority, příslušnému okresnímu zdravotnímu oddělení a jednotlivci. Výsledky testů budou k dispozici do 48 hodin a nejpozději do 4 dnů jednotlivci a/nebo zdravotnickému úřadu.

Poté, co proběhne testování, budou mít výzkumníci přístup k souhrnným údajům na úrovni komunity (např. počty a míry prevalence), které byly připraveny klinickou genomickou laboratoří CLIA UO. Data budou obsahovat čtyři chráněné zdravotní identifikátory: PSČ webu, PSČ účastníka, výsledek testování a datum testování. Bude také zahrnovat demografická data, která nejsou chráněnými zdravotními informacemi, jako je věk, rasa a etnický původ. Tato data budou použita k hodnocení terénních aktivit zaměřených na zvýšení účasti členů komunity Latinx v testování SARS-COV-2. Primárním výstupem pro tento aspekt studie je míra testování na úrovni lokality u jedinců Latinx.

Posouzení velikosti vzorku, plán chybějících dat, plán statistické analýzy: Pro primární hodnocení účinnosti intervence Promotores použijí vyšetřovatelé standardní normální teoretickou analýzu kovariance (ANCOVA) a autoregresivní lineární modelování pro kontinuální výsledky, jako je COVID-19 znalost; a budou používat pre-post zobecněné lineární modelování pro počet a uspořádané kategorické výsledky, jako je podíl Latinx testovaný na každém geografickém místě. Aby se vyřešila nesamostatnost účastníků v návrhu intervence, vyšetřovatelé odhadnou lineární smíšené modely. Očekávají se dva primární zdroje chybějících dat, nereakce položek a opotřebování v průběhu času. V případě předčasného ukončení provedou vyšetřovatelé standardní analýzy opotřebení, aby porovnali základní charakteristiky mezi atritery a těmi, kteří dokončili léčbu. Budou zvažovat postupy přiřazování skóre sklonu a modely průměrných kauzálních účinků vyhovujících předpisům, aby se zabývaly podstatnými rozdíly. Pro nereagování na položku a vývoj skóre škály budou vyšetřovatelé vyžadovat přítomnost 70 % položek škály pro hodnocení. Budou testovat, zda údaje o stupnice chybí zcela náhodně (MCAR) v rámci vln a poté napříč vlnami. Pokud data nejsou MCAR, za předpokladu, že náhodně chybí (MAR, tj. data nejsou závislá na chybějících hodnotách proměnné intervenční odezvy), vyšetřovatelé použijí jeden ze dvou doporučených přístupů pro SEM, plnou informaci maximální pravděpodobnost (FIML) nebo vícenásobná imputace (MI). Ačkoli tyto přístupy mohou být problematické, když data neignorovatelně chybí, stále se doporučují pro řešení chybějících, zejména u kovariát spojených s opotřebováním. Obě metody poskytují účinnější standardní chyby než seznamové nebo párové delece nebo střední substituce. Pokud by chybějící data nebo opotřebení byly spojeny s kovariátami, výzkumníci zahrnou vhodné kovariáty do testování hypotéz. Pokud jde o výsledky kritérií individuální úrovně před odesláním, 38 lokalit se zhruba 50 až 100 účastníky na lokalitu plus opotřebení (n = 2160), hladina alfa 0,05 a korelace v rámci třídy v rozsahu od 0,05 do 0,20 poskytuje schopnost detekovat účinky v rozmezí od 0,19 do 0,32, respektive (malé až střední).

Nakonec budou údaje shromažďovány v souladu s „společnými datovými prvky“ úrovně 1 z národního střediska pro koordinaci a sběr dat Duke (CDCC). CDCC přímo pomáhá každému jednotlivému projektu RADx-UP optimalizovat zapojení, dosah, testovací strategie a usnadnit příležitosti ke společnému učení mezi projekty RADx-UP a mezi nimi. Klíčová výsledná data a testovací postupy pro získání vzorku, analytická platforma, analytické postupy a výsledek testu budou shromažďovány a reprezentovány konzistentním způsobem pro harmonizaci napříč konsorciem, integrované s požadavky na hlášení testů v rámci Coronavirus Aid, Relief a Economic Zákon o bezpečnosti (zákon CARES).