COVID-19: Healthy Oregon (Oregon Saludable): Together We Can (Juntos Podemos) (OSJP)

Un totale di 38 comunità ha istituito un sito di test con eventi di test che si tengono a settimane alterne (bisettimanali). Lo studio ha randomizzato le contee a livello di sito all'interno della contea. I ricercatori hanno utilizzato una stratificazione a priori per contea poiché la dimensione del campione è piccola. La metà di tutti i siti in una contea è stata assegnata alla condizione di controllo (servizi come al solito) e l'altra metà alla condizione di intervento (Promotores de Salud). Le comunità assegnate in modo casuale ricevono una delle due strategie di sensibilizzazione: servizi come al solito (volantini su misura per la cultura, annunci radiofonici, post sui social media, opuscolo sul comportamento sanitario in loco) o servizi come al solito più l'intervento Promotores de Salud, dove un membro della comunità pagato e fidato raggiunge ai membri della comunità per motivarli a utilizzare i servizi di test gratuiti e migliorare i comportamenti sanitari correlati a COVID-19. L'intervento Promotores de Salud è stato progettato per costruire relazioni con i membri della comunità Latinx e facilitare la fiducia.

Per valutare la percentuale di membri della comunità Latinx testati in ciascun sito, i ricercatori utilizzeranno informazioni sanitarie non identificate fornite allo studio dal laboratorio di genomica clinica COVID-19 dell'Università dell'Oregon (UO), che sta elaborando i test. Per valutare i comportamenti di salute, un sottogruppo di partecipanti adulti in ciascun sito sarà invitato a partecipare a un sondaggio di ricerca, somministrato al basale e di nuovo 30 giorni dopo. Per entrambi gli approcci, lo studio prevede di coinvolgere una percentuale maggiore di membri della comunità Latinx, rispetto ai dati demografici complessivi della contea. La popolazione complessiva dello studio dovrebbe essere per l'85% ispanica e per il 15% non ispanica, con l'84% di individui che si identificano come bianchi in entrambi i gruppi etnici e il restante 16% che si identifica come afroamericano, asiatico, isolano del Pacifico, indiano americano/nativo dell'Alaska , o più di una razza. Ci saranno 19 siti per gruppo di studio (38 in totale) e fino a circa 3.600 individui adulti nell'intervento (n = 1.800) o nelle condizioni di controllo (n = 1.800).

Questo studio sfrutta anche i dati di un registro dei pazienti del laboratorio di genomica clinica COVID-19 dell'Università dell'Oregon.

Garanzia di qualità, controlli dei dati, verifica dei dati di origine, dizionario dei dati e procedure operative standard: i dati e i campioni biologici saranno raccolti di persona presso i siti di test, richiedendo un'interazione diretta con i partecipanti. Per riportare i risultati dell'infezione da SARS-CoV-2 a ciascun partecipante, vengono raccolti nome, data di nascita e informazioni di contatto. Per soddisfare i requisiti di segnalazione all'Oregon Health Authority, vengono raccolti anche la contea di residenza e il codice postale per ogni persona sottoposta a test. I dati utilizzati per valutare l'efficacia dell'intervento coinvolgeranno variabili aggregate derivate dai dati raccolti come parte della procedura di test diagnostici e saranno aggregati a livello del sito di test (ad esempio, test eseguiti, percentuali di razza ed etnia, ecc.).

Per la raccolta di campioni SARS-CoV-2, i facilitatori dei test guideranno i partecipanti nel processo di auto-raccolta. Per le narici anteriori, ai partecipanti viene chiesto di posizionare il tampone nasale di circa 1 cm nella narice e di ruotarlo, entrando in contatto con la membrana nasale per 10 secondi, quindi ripetendo il processo con lo stesso tampone nell'altra narice. I genitori sono incaricati di raccogliere il campione per il loro bambino se il bambino ha meno di 10 anni o se il figlio minorenne richiede l'assistenza dei genitori. Il personale del sito di test può assistere i partecipanti che hanno scarsa destrezza o menomazioni fisiche nella raccolta dei campioni. In caso di infortunio durante la raccolta del campione, il personale dell'organizzazione comunitaria partner indirizzerà il partecipante alle risorse mediche appropriate. I campioni verranno inseriti in fiale sterili con codice a barre (1 ml Matrix, provette con tappo a vite con codice a barre) che contengono ciascuna 500 microlitri (μl) di DNA/RNA Shield. Ogni provetta Matrix verrà quindi chiusa ermeticamente e collocata in un portaprovette per microcentrifuga da laboratorio in plastica standard con otto file e dodici colonne (rack 8x12 con 96 posizioni). Questo rack verrà quindi decontaminato esternamente mediante breve immersione in perossido di idrogeno accelerato (H202). Ciascun portaprovette per microcentrifuga a 96 posizioni verrà quindi etichettato e collocato in un contenitore temporaneo sterile con ghiaccio umido a 4°C. Se possibile in ogni sito, i rack saranno trasferiti periodicamente in un frigorifero (4°C) o in un congelatore (-20°C) per la conservazione. Alla fine della giornata tutti i rack saranno trasportati su ghiaccio bagnato al laboratorio di genomica clinica COVID-19 presso l'UO, assicurandosi che arrivino non più di 48 ore dopo la raccolta e preferibilmente entro 12-24 ore. Se il sito di test si trova troppo distalmente per il trasporto manuale, i rack per provette verranno fissati e spediti con metodi espressi su ghiaccio secco.

Ciascuna piastra di raccolta a 96 pozzetti procederà quindi all'elaborazione molecolare utilizzando il protocollo di analisi Thermo Fisher TaqPath standard approvato dalla FDA. Tutti i passaggi di questo protocollo approvato saranno seguiti esattamente, compresi i reagenti appropriati, i volumi e l'inclusione di controlli positivi e negativi appropriati. Inoltre, gli investigatori utilizzeranno il sistema di analisi del software e i parametri esattamente come specificato. Innanzitutto, l'RNA verrà estratto da ciascun pozzetto utilizzando il kit di isolamento dell'acido nucleico virale/patogeno MagMax (ThermoFisher, n. 100081242) che rimuove la contaminazione potenzialmente inibente e aumenta la sensibilità e la coerenza dei successivi protocolli qPCR. A seconda del numero di campioni da processare, l'estrazione dell'RNA avverrà a mano utilizzando pipette multicanale o attraverso l'uso del robot Hamilton. L'RNA purificato verrà quindi retrotrascritto per l'analisi utilizzando il kit TaqPath RT-PCR COVID-19 su termociclatori QuantStudio5 (QS5) a 96 o 384 pozzetti, a seconda del numero di campioni da elaborare. Se i tecnici di laboratorio devono elaborare 384 campioni, utilizzeranno il robot per la gestione dei liquidi Hamilton (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) per aliquotare da ciascuna delle quattro piastre a 96 pozzetti nel formato della piastra a 384 pozzetti per la successiva amplificazione qPCR. In questo processo RT-PCR, le sonde si associano a tre primer diretti e inversi unici per tre geni SARS-CoV-2: ORF1ab, proteina N e proteina S.

Tutto il laboratorio e la refertazione saranno automatizzati attraverso l'uso di codici a barre, robotica, macchine qPCR a 96 e 384 pozzetti e l'uso di un sistema di gestione delle informazioni di laboratorio (LIMS) completamente conforme a HIPAA e CAP3, creato da L7 informatica (https://l7informatics. com/). Queste automazioni di sistema e l'uso di LIMS consentono una maggiore produttività (fino a diverse migliaia di campioni al giorno) e analisi rapide e report automatizzati dei risultati attraverso il LIMS. I dati qPCR vengono archiviati nel sistema LIMS per l'analisi utilizzando il software interpretativo Applied Biosystems COVID-19 per consentire una valutazione qualitativa della presenza o meno del virus nel campione (un caso "positivo"), assente o incerto. Il sistema LIMS nel laboratorio COVID-19-MAP consente l'integrazione di questo software di analisi nella fase appropriata della pipeline del flusso di lavoro di monitoraggio del campione complessivo, e quindi il risultato immediato può essere collegato al codice a barre appropriato nel database. Inoltre, il sistema LIMS è connesso e comunica tramite una rete locale (LAN) con tutte le apparecchiature (ad esempio, robot e macchine qPCR) per documentare ogni fase del processo per la convalida CLIA. I risultati per ciascun campione e i metadati associati sui passaggi durante l'elaborazione vengono quindi associati a ciascun codice a barre assegnato e possono quindi essere divulgati, a seconda dei casi, all'autorità sanitaria dell'Oregon, al dipartimento sanitario della contea appropriato e all'individuo. I risultati del test saranno disponibili entro 48 ore e non oltre 4 giorni all'individuo e/o all'autorità sanitaria.

Dopo il test, i ricercatori avranno accesso a dati aggregati, a livello di comunità (ad esempio, conteggi e tassi di prevalenza), non identificati preparati dal laboratorio di genomica clinica CLIA dell'UO. I dati includeranno quattro identificatori sanitari protetti: codice postale del sito, codice postale del partecipante, risultato del test e data del test. Includerà anche dati demografici che non sono informazioni sanitarie protette come fascia di età, razza ed etnia. Questi dati saranno utilizzati per valutare le attività di sensibilizzazione volte ad aumentare la partecipazione dei membri della comunità Latinx ai test SARS-COV-2. L'esito principale per questo aspetto dello studio sono i tassi di test a livello di sito degli individui Latinx.

Valutazione della dimensione del campione, piano per i dati mancanti, piano di analisi statistica: per la valutazione dell'efficacia primaria dell'intervento dei promotori, i ricercatori impiegheranno l'analisi della teoria normale standard della covarianza (ANCOVA) e la modellazione lineare autoregressiva per risultati continui come COVID-19 conoscenza; e utilizzeranno modelli lineari generalizzati pre-post per il conteggio e risultati categorici ordinati come la proporzione di Latinx testati in ciascun sito geografico. Per affrontare la non indipendenza dei partecipanti alla progettazione dell'intervento, i ricercatori stimeranno modelli misti lineari. Sono previste due fonti principali di dati mancanti, la mancata risposta degli articoli e l'attrito nel tempo. Per l'abbandono, gli investigatori condurranno analisi di logoramento standard per confrontare le caratteristiche di base tra gli attriti e i completatori. Prenderanno in considerazione procedure di corrispondenza del punteggio di propensione e modelli di effetti causali medi conformi per affrontare differenze sostanziali. Per la mancata risposta degli elementi e lo sviluppo del punteggio della scala, gli investigatori richiederanno la presenza del 70% degli elementi della scala per il punteggio. Verificheranno se i dati a livello di scala mancano completamente in modo casuale (MCAR) all'interno delle onde e quindi tra le onde. Se i dati non sono MCAR, in ipotesi di mancanza casuale (MAR, ovvero i dati non dipendono dai valori mancanti della variabile di risposta all'intervento), gli investigatori impiegheranno uno dei due approcci raccomandati per SEM, massima verosimiglianza di informazioni complete (FIML) o imputazione multipla (MI). Sebbene questi approcci possano essere problematici quando i dati sono mancanti non ignorabili, sono comunque consigliati per gestire la mancanza, in particolare con le covariate associate all'attrito. Entrambi i metodi forniscono errori standard più efficienti rispetto alla cancellazione listwise o pairwise o alla sostituzione media. Se i dati mancanti o l'attrito sono associati a covariate, gli investigatori includeranno covariate appropriate nel test di ipotesi. Per i risultati dei criteri di livello individuale pre-post, 38 siti con circa 50-100 partecipanti per sito più attrito (n = 2160), un livello alfa di 0,05 e correlazioni all'interno della classe comprese tra 0,05 e 0,20 forniscono il potere di rilevare gli effetti che vanno da .19 a .32, rispettivamente (da piccolo a moderato).

Infine, i dati saranno raccolti in conformità con gli "elementi di dati comuni" di livello 1 dal Centro nazionale di coordinamento e raccolta dati Duke (CDCC). Il CDCC assiste direttamente ogni singolo progetto RADx-UP per ottimizzare il coinvolgimento, la sensibilizzazione, le strategie di test e per facilitare le opportunità di co-learning tra e tra i progetti RADx-UP. I dati sui risultati chiave e le procedure di test per ottenere il campione, la piattaforma di analisi, le procedure di analisi e i risultati dei test saranno raccolti e rappresentati in modo coerente per l'armonizzazione in tutto il consorzio, integrati con i requisiti di segnalazione dei test ai sensi del Coronavirus Aid, Relief, and Economic Legge sulla sicurezza (legge CARES).