COVID-19: Gezond Oregon (Oregon Saludable): Together We Can (Juntos Podemos) (OSJP)

In totaal hebben 38 gemeenschappen een testsite opgezet met testevenementen die om de week (tweewekelijks) worden gehouden. De studie gerandomiseerde provincies op locatieniveau binnen de provincie. De onderzoekers gebruikten a priori stratificatie per provincie, aangezien de steekproefomvang klein is. De helft van alle locaties in een provincie werd toegewezen aan de controleconditie (services as usual) en de andere helft aan de interventieconditie (Promotores de Salud). Willekeurig toegewezen gemeenschappen krijgen een van de twee outreach-strategieën: Services zoals gebruikelijk (cultureel op maat gemaakte flyers, radio-aankondigingen, posts op sociale media, pamflet over gezondheidsgedrag ter plaatse) of services zoals gebruikelijk plus de Promotores de Salud-interventie, waarbij een betaald, vertrouwd gemeenschapslid bereikt naar leden van de gemeenschap om hen te motiveren om gebruik te maken van de gratis testdiensten en om COVID-19-gerelateerd gezondheidsgedrag te verbeteren. De Promotores de Salud-interventie was bedoeld om relaties op te bouwen met leden van de Latinx-gemeenschap en om vertrouwen te bevorderen.

Om het aantal Latinx-gemeenschapsleden te beoordelen dat op elke locatie is getest, zullen de onderzoekers geanonimiseerde gezondheidsinformatie gebruiken die aan het onderzoek is verstrekt door het COVID-19 klinisch genomics-laboratorium van de University of Oregon (UO), dat de tests verwerkt. Om het gezondheidsgedrag te beoordelen, zal een deel van de volwassen deelnemers op elke locatie worden uitgenodigd om deel te nemen aan een onderzoeksenquête, die wordt afgenomen bij baseline en opnieuw 30 dagen later. Voor beide benaderingen verwacht de studie dat een groter deel van de Latinx-gemeenschapsleden betrokken zal zijn, in verhouding tot de algemene demografische gegevens van de provincie. De totale onderzoekspopulatie zal naar verwachting 85% Latijns-Amerikaans en 15% niet-Spaans zijn, waarbij 84% van de individuen zich identificeert als blank in beide etnische groepen en de resterende 16% identificeert zich als Afro-Amerikaans, Aziatisch, Pacific Islander, American Indian / Alaska Native , of meer dan één ras. Er zullen 19 locaties per onderzoeksgroep zijn (38 in totaal) en tot ongeveer 3.600 volwassen individuen in de interventie- (n = 1.800) of controlecondities (n = 1.800).

Deze studie maakt ook gebruik van gegevens uit een patiëntenregister van het COVID-19 klinisch genomics-laboratorium van de Universiteit van Oregon.

Kwaliteitsborging, gegevenscontroles, verificatie van brongegevens, gegevenswoordenboek en standaardwerkwijzen: gegevens en biospecimens worden persoonlijk verzameld op testlocaties, waarvoor directe interactie met deelnemers vereist is. Om SARS-CoV-2-infectieresultaten aan elke deelnemer te rapporteren, worden naam, geboortedatum en contactgegevens verzameld. Om te voldoen aan de rapportagevereisten aan de Oregon Health Authority, worden ook het land van verblijf en de postcode verzameld voor elke geteste persoon. Gegevens die worden gebruikt om de doeltreffendheid van de interventie te evalueren, omvatten geaggregeerde variabelen die zijn afgeleid van gegevens die zijn verzameld als onderdeel van de diagnostische testprocedure en zullen worden geaggregeerd op het niveau van de testlocatie (bijv. Uitgevoerde tests, ras- en etniciteitspercentages, enz.).

Voor het verzamelen van SARS-CoV-2-monsters zullen testfacilitators de deelnemers begeleiden bij het zelfverzamelingsproces. Voor de voorste neusgaten krijgen de deelnemers de instructie om het neusuitstrijkje ongeveer 1 cm in hun neusgat te plaatsen en het te draaien, contact te maken met het neusslijmvlies gedurende 10 seconden, en vervolgens het proces te herhalen met hetzelfde uitstrijkje in het andere neusgat. Ouders worden geïnstrueerd om het monster voor hun kind te verzamelen als het kind jonger is dan 10 jaar, of als het minderjarige kind ouderlijke hulp vraagt. Het personeel van de testlocatie kan deelnemers met een lage behendigheid of fysieke beperkingen helpen bij het verzamelen van monsters. In het geval van een verwonding tijdens het verzamelen van monsters, zal het personeel van de samenwerkende gemeenschapsorganisatie de deelnemer doorverwijzen naar de juiste medische hulpmiddelen. Monsters worden in steriele injectieflacons met streepjescode geplaatst (1 ml matrix, buisjes met schroefdop met streepjescode) die elk 500 microliter (μl) DNA/RNA-schild bevatten. Elk Matrix-buisje wordt vervolgens stevig gesloten en in een standaard plastic microcentrifugebuisjesrek voor laboratoria geplaatst met acht rijen en twaalf kolommen (rek van 8 bij 12 met 96 posities). Dit rek wordt vervolgens uitwendig ontsmet door korte onderdompeling in versneld waterstofperoxide (H202). Elk microcentrifugebuisrek met 96 posities wordt vervolgens geëtiketteerd en in een steriele tijdelijke container met nat ijs van 4 graden Celsius geplaatst. Indien mogelijk worden op elke locatie rekken periodiek overgebracht naar een koelkast (4C) of vriezer (-20C) voor opslag. Aan het einde van de dag worden alle rekken op nat ijs vervoerd naar het COVID-19 clinical genomics Laboratory aan de UO, zodat ze niet langer dan 48 uur na verzameling en bij voorkeur binnen 12-24 uur aankomen. Als de testlocatie te ver weg ligt voor handtransport, worden de buisjesrekken vastgezet en per expres op droogijs verzonden.

Elke verzamelplaat met 96 putjes gaat vervolgens over tot moleculaire verwerking met behulp van het standaard, door de FDA goedgekeurde Thermo Fisher TaqPath-analyseprotocol. Alle stappen van dit goedgekeurde protocol worden exact gevolgd, inclusief de juiste reagentia, volumes en opname van de juiste positieve en negatieve controles. Bovendien zullen onderzoekers het software-analysesysteem en de parameters precies gebruiken zoals gespecificeerd. Eerst zal RNA uit elk putje worden geëxtraheerd met behulp van de MagMax Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit (ThermoFisher, #100081242) die potentieel remmende verontreiniging verwijdert en de gevoeligheid en consistentie van daaropvolgende qPCR-protocollen verhoogt. Afhankelijk van het aantal monsters dat moet worden verwerkt, vindt de RNA-extractie ofwel handmatig plaats met behulp van meerkanaalspipetten of met behulp van de Hamilton Robot. Het gezuiverde RNA wordt vervolgens opnieuw getranscribeerd voor analyse met behulp van de TaqPath RT-PCR COVID-19-kit op QuantStudio5 (QS5) thermocyclers met 96 putjes of 384 putjes, afhankelijk van het aantal te verwerken monsters. Als de laboratoriumtechnici 384 monsters moeten verwerken, zullen ze de Hamilton vloeistofbehandelingsrobot (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) gebruiken om van elk van de platen met 96 putjes een aliquotatie uit te voeren in het formaat van de plaat met 384 putjes voor daaropvolgende qPCR-amplificatie. In dit RT-PCR-proces hechten probes aan drie unieke voorwaartse en achterwaartse primers voor drie SARS-CoV-2-genen: ORF1ab, N-eiwit en S-eiwit.

Alle laboratoria en rapportages worden geautomatiseerd door het gebruik van streepjescodes, robotica, qPCR-machines met 96 en 384 putjes en het gebruik van een volledig HIPAA- en CAP3-compatibel Laboratory Information Management System (LIMS) gebouwd door L7 informatica (https://l7informatics. com/). Deze systeemautomatiseringen en het gebruik van LIMS maken een grotere doorvoer mogelijk (tot enkele duizenden monsters per dag) en snelle analyse en geautomatiseerde rapportage van resultaten via het LIMS. De qPCR-gegevens worden opgeslagen in het LIMS-systeem voor analyse met behulp van de Applied Biosystems COVID-19 Interpretive Software om een ​​kwalitatieve beoordeling mogelijk te maken of het virus aanwezig is in het monster (een 'positief' geval), afwezig of onzeker. Het LIMS-systeem in het COVID-19-MAP-laboratorium maakt de integratie van deze analysesoftware in de juiste stap van de algehele workflow-pijplijn voor het volgen van monsters mogelijk, en daarom kan het onmiddellijke resultaat worden gekoppeld aan de juiste streepjescode in de database. Bovendien is het LIMS-systeem verbonden en communiceert via een lokaal netwerk (LAN) met alle apparatuur (bijvoorbeeld robots en qPCR-machines) om elke stap van het proces voor CLIA-validatie te documenteren. De resultaten voor elk monster en de bijbehorende metagegevens over de stappen tijdens de verwerking worden vervolgens gekoppeld aan elke toegewezen streepjescode en kunnen vervolgens, indien van toepassing, worden verspreid onder de Oregon Health Authority, de betreffende provinciale gezondheidsafdeling en het individu. De testresultaten zijn binnen 48 uur en uiterlijk binnen 4 dagen beschikbaar voor de persoon en/of de gezondheidsautoriteit.

Nadat het testen heeft plaatsgevonden, hebben onderzoekers toegang tot geaggregeerde gegevens op gemeenschapsniveau (bijv. Tellingen en prevalentiecijfers), geanonimiseerde gegevens die zijn opgesteld door het CLIA-laboratorium voor klinische genomica van de UO. De gegevens omvatten vier beschermde gezondheids-ID's: de postcode van de site, de postcode van de deelnemer, het testresultaat en de testdatum. Het bevat ook demografische gegevens, dit is geen beschermde gezondheidsinformatie zoals leeftijdscategorie, ras en etniciteit. Deze gegevens zullen worden gebruikt om outreach-activiteiten te beoordelen die gericht zijn op het vergroten van de deelname van Latinx-gemeenschapsleden aan SARS-COV-2-testen. Het primaire resultaat voor dit aspect van het onderzoek zijn testpercentages op locatieniveau van Latinx-individuen.

Beoordeling van de steekproefomvang, plan voor ontbrekende gegevens, plan voor statistische analyse: voor de primaire evaluatie van de werkzaamheid van de Promotores-interventie zullen de onderzoekers standaard normale theorie-analyse van covariantie (ANCOVA) en autoregressieve lineaire modellering gebruiken voor continue uitkomsten zoals COVID-19 kennis; en ze zullen pre-post gegeneraliseerde lineaire modellering gebruiken voor telling en geordende categorische resultaten, zoals het aandeel Latinx dat op elke geografische locatie is getest. Om de onafhankelijkheid van deelnemers aan het interventieontwerp aan te pakken, zullen onderzoekers lineaire gemengde modellen schatten. Er worden twee primaire bronnen van ontbrekende gegevens verwacht: item-non-respons en verloop in de tijd. Voor drop-out zullen onderzoekers standaard verloopanalyses uitvoeren om basiskenmerken tussen attriters en voltooiers te vergelijken. Ze zullen procedures voor het matchen van propensityscores overwegen en modellen voor gemiddelde causale effecten naleven om substantiële verschillen aan te pakken. Voor item-non-respons en ontwikkeling van schaalscores moeten onderzoekers 70% van de schaalitems aanwezig hebben om te scoren. Ze zullen testen of gegevens op schaalniveau volledig willekeurig (MCAR) ontbreken binnen golven en vervolgens tussen golven. Als gegevens geen MCAR zijn, in de veronderstelling dat ze willekeurig ontbreken (MAR, d.w.z. gegevens zijn niet afhankelijk van ontbrekende waarden van de interventieresponsvariabele), zullen onderzoekers een van de twee aanbevolen benaderingen gebruiken voor SEM, volledige informatie maximale waarschijnlijkheid (FIML) of meervoudige toerekening (MI). Hoewel deze benaderingen problematisch kunnen zijn wanneer gegevens niet te negeren zijn, worden ze nog steeds aanbevolen voor het omgaan met ontbrekende gegevens, met name bij covariaten die verband houden met verloop. Beide methoden bieden efficiëntere standaardfouten dan lijstgewijze of paarsgewijze verwijdering of gemiddelde vervanging. Als er ontbrekende gegevens of verloop in verband worden gebracht met covariaten, zullen onderzoekers geschikte covariabelen opnemen in het testen van hypothesen. Voor de pre-post criteriumuitkomsten op individueel niveau bieden 38 locaties met ongeveer 50 tot 100 deelnemers per locatie plus uitval (n = 2160) een alfaniveau van 0,05 en intraklassecorrelaties variërend van 0,05 tot 0,20 kracht om effecten te detecteren variërend van .19 tot .32, respectievelijk (klein tot matig).

Ten slotte zullen gegevens worden verzameld in overeenstemming met Tier 1 "gemeenschappelijke gegevenselementen" van het nationale Duke Coordination and Data Collection Centre (CDCC). De CDCC ondersteunt elk individueel RADx-UP-project rechtstreeks bij het optimaliseren van betrokkenheid, outreach, teststrategieën en het faciliteren van co-learningmogelijkheden tussen en tussen RADx-UP-projecten. De belangrijkste uitkomstgegevens en de testprocedures voor het verkrijgen van het monster, het analyseplatform, de analyseprocedures en de testresultaten zullen op een consistente manier worden verzameld en weergegeven voor harmonisatie binnen het hele consortium, geïntegreerd met testrapportagevereisten onder de Coronavirus Aid, Relief, and Economic Beveiligingswet (CARES-wet).