COVID-19: Terve Oregon (Oregon Saludable): Together We Can (Juntos Podemos) (OSJP)

Yhteensä 38 yhteisöä on perustanut testauspaikan, jossa testaustapahtumia järjestetään joka toinen viikko (kaksi viikko). Tutkimuksessa satunnaistettiin maakunnat paikkatasolla läänin sisällä. Tutkijat käyttivät a priori osittelua läänin mukaan, koska otoskoko on pieni. Puolet kaikista läänin kohteista määrättiin valvontaehtoon (palvelut kuten tavallisesti) ja toinen puolet interventioehtoihin (Promotores de Salud). Satunnaisesti määrätyt yhteisöt saavat toisen kahdesta tavoittamisstrategiasta: Palvelut tavalliseen tapaan (kulttuurillisesti räätälöidyt lentolehtiset, radio-ilmoitukset, sosiaalisen median julkaisut, terveyskäyttäytymislehtinen paikan päällä) tai tavalliset palvelut sekä Promotores de Salud -interventio, johon palkattu, luotettava yhteisön jäsen tavoittaa Yhteisön jäsenille motivoidakseen heitä hyödyntämään ilmaisia ​​testauspalveluita ja parantamaan COVID-19:ään liittyvää terveyskäyttäytymistä. Promotores de Salud -interventio oli suunniteltu luomaan suhteita latinalaisyhteisön jäseniin ja lisäämään luottamusta.

Arvioidakseen kussakin paikassa testattujen Latinx-yhteisön jäsenten osuutta tutkijat käyttävät tutkimukselle tutkimukselle toimittamia tunnistamattomia terveystietoja, jotka on toimitettu tutkimuksia käsittelevän Oregonin yliopiston (UO) COVID-19 kliinisen genomiikan laboratoriosta. Terveyskäyttäytymisen arvioimiseksi osa aikuisista osallistujista kussakin paikassa kutsutaan osallistumaan tutkimuskyselyyn, joka suoritetaan lähtötilanteessa ja uudelleen 30 päivää myöhemmin. Molemmissa lähestymistavoissa tutkimuksessa odotetaan osallistuvan suuremman osuuden latinalaisyhteisön jäsenistä suhteessa läänin yleiseen väestörakenteeseen. Tutkimusväestöstä 85 %:n odotetaan olevan latinalaisamerikkalaisia ​​ja 15 % ei-latinalaisamerikkalaisia. Molemmissa etnisissä ryhmissä 84 % henkilöistä tunnistaa olevansa valkoihoisia ja loput 16 % ovat afroamerikkalaisia, aasialaisia, Tyynenmeren saarilaisia, amerikkalaisintiaaneja/alaskalaisia. , tai useamman kuin yhden kilpailun. Tutkimusryhmää kohden on 19 kohdetta (yhteensä 38) ja enintään 3 600 aikuista henkilöä interventio- (n = 1 800) tai kontrolliolosuhteissa (n = 1 800).

Tämä tutkimus hyödyntää myös Oregonin yliopiston COVID-19 kliinisen genomiikkalaboratorion potilasrekisterin tietoja.

Laadunvarmistus, tietojen tarkistukset, lähdetietojen todentaminen, tietosanakirja ja vakiotoimintamenettelyt: Tiedot ja bionäytteet kerätään henkilökohtaisesti testauspaikoilla, mikä edellyttää suoraa vuorovaikutusta osallistujien kanssa. Jotta SARS-CoV-2-tartuntatulokset voidaan raportoida takaisin jokaiselle osallistujalle, kerätään nimi, syntymäaika ja yhteystiedot. Oregonin terveysviranomaiselle ilmoittamisvaatimusten täyttämiseksi jokaisesta testatusta henkilöstä kerätään myös asuinkunta ja postinumero. Intervention tehokkuuden arvioimiseen käytetyt tiedot sisältävät aggregoituja muuttujia, jotka on johdettu osana diagnostista testausmenettelyä kerätyistä tiedoista, ja ne kootaan testauspaikan tasolla (esim. suoritetut testit, rodun ja etnisen alkuperän prosenttiosuudet jne.).

SARS-CoV-2-näytteiden keräämisessä testausohjaajat ohjaavat osallistujia itsekeräysprosessissa. Anterioristen narujen osalta osallistujia neuvotaan laittamaan nenäpuikko noin 1 cm sieraimaansa ja kiertämään sitä niin, että ne koskettavat nenäkalvoa 10 sekunnin ajan, minkä jälkeen prosessi toistetaan samalla vanupuikolla toisessa sieraimessa. Vanhempia neuvotaan ottamaan näyte lapselleen, jos lapsi on alle 10-vuotias tai jos alaikäinen pyytää huoltajan apua. Testauspaikan henkilökunta voi auttaa osallistujia, joilla on heikko kätevyys tai fyysinen vamma näytteenotossa. Jos näytteenoton aikana sattuu vamma, kumppaniyhteisöorganisaation henkilökunta ohjaa osallistujan asianmukaisiin lääketieteellisiin resursseihin. Näytteet laitetaan steriileihin viivakoodipulloihin (1 ml Matrix, viivakoodilla varustetut kierrekorkiset putket), joista jokainen sisältää 500 mikrolitraa (μl) DNA/RNA-suojaa. Jokainen Matrix-putki suljetaan sitten tiiviisti ja asetetaan tavalliseen muoviseen laboratorion mikrosentrifugiputkitelineeseen, jossa on kahdeksan riviä ja kaksitoista kolonnia (8 x 12 teline, jossa 96 asemaa). Tämän jälkeen teline desinfioidaan ulkopuolelta upottamalla se lyhyesti kiihdytettyyn vetyperoksidiin (H202). Jokainen 96-paikkainen mikrosentrifugiputkiteline merkitään sitten ja asetetaan steriiliin väliaikaiseen säiliöön, jossa on märkää jäätä 4 °C:ssa. Jos mahdollista kussakin paikassa, telineet siirretään ajoittain joko jääkaappiin (4C) tai pakastimeen (-20C) varastointia varten. Päivän päätteeksi kaikki telineet kuljetetaan märällä jäällä UO:n COVID-19 kliinisen genomiikan laboratorioon varmistaen, että ne saapuvat korkeintaan 48 tunnin kuluessa keräämisestä ja mieluiten 12-24 tunnin sisällä. Jos testauspaikka sijaitsee liian distaalisesti käsin kuljettamista varten, putkitelineet kiinnitetään ja kuljetetaan pikamenetelmillä kuivajäällä.

Jokainen 96-kuoppainen keräyslevy jatkaa seuraavaksi molekyyliprosessointiin käyttämällä standardia, FDA:n hyväksymää Thermo Fisher TaqPath -analyysiprotokollaa. Kaikkia tämän hyväksytyn protokollan vaiheita noudatetaan tarkasti, mukaan lukien asianmukaiset reagenssit, tilavuudet ja asianmukaisten positiivisten ja negatiivisten kontrollien sisällyttäminen. Lisäksi tutkijat käyttävät ohjelmistoanalyysijärjestelmää ja parametreja täsmälleen määritellyllä tavalla. Ensin RNA uutetaan jokaisesta kuopasta käyttämällä MagMax Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit -pakkausta (ThermoFisher, #100081242), joka poistaa mahdollisesti estävän kontaminaation ja lisää myöhempien qPCR-protokollien herkkyyttä ja johdonmukaisuutta. Käsiteltävien näytteiden lukumäärästä riippuen RNA-uutto tapahtuu joko käsin käyttämällä monikanavaisia ​​pipettejä tai käyttämällä Hamilton-robottia. Puhdistettu RNA retrotranskriptoidaan sitten analyysiä varten TaqPath RT-PCR COVID-19 Kit -sarjan avulla joko 96- tai 384-kuoppaisissa QuantStudio5 (QS5) -lämpösyklilaitteissa prosessoitavien näytteiden lukumäärästä riippuen. Jos laboratorioteknikon on käsiteltävä 384 näytettä, he käyttävät Hamilton-nesteenkäsittelyrobottia (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) jakelemaan jokaisesta neljästä 96-kuoppaisesta levystä 384-kuoppaisen levyn muotoon myöhempää qPCR-monistusta varten. Tässä RT-PCR-prosessissa koettimet pariutuvat kolmeen ainutlaatuiseen eteenpäin ja käänteiseen alukkeeseen kolmelle SARS-CoV-2-geenille: ORF1ab, N-proteiini ja S-proteiini.

Kaikki laboratorio ja raportointi automatisoidaan käyttämällä viivakoodeja, robotiikkaa, 96- ja 384-kuoppaisia ​​qPCR-laitteita sekä L7-informatiikan (https://l7informatics) rakentamaa täysin HIPAA- ja CAP3-yhteensopivaa laboratoriotietojen hallintajärjestelmää (LIMS). fi/). Nämä järjestelmäautomaatiot ja LIMS:n käyttö mahdollistavat suuremman suorituskyvyn (jopa useita tuhansia näytteitä päivässä) sekä nopean analyysin ja tulosten automaattisen raportoinnin LIMS:n kautta. QPCR-tiedot tallennetaan LIMS-järjestelmään analyysiä varten Applied Biosystems COVID-19 Interpretive Software -ohjelmiston avulla, jotta voidaan arvioida laadullisesti, onko virus näytteessä ("positiivinen" tapaus), poissa vai epävarma. COVID-19-MAP-laboratorion LIMS-järjestelmä mahdollistaa tämän analyysiohjelmiston integroinnin yleisen näytteenseurantatyönkulun asianmukaiseen vaiheeseen, ja siksi välitön tulos voidaan linkittää tietokannan sopivaan viivakoodiin. Lisäksi LIMS-järjestelmä on yhdistetty ja kommunikoi lähiverkon (LAN) kautta kaikkien laitteiden (esim. robottien ja qPCR-laitteiden) kanssa dokumentoidakseen prosessin jokaisen vaiheen CLIA-validointia varten. Kunkin näytteen tulokset ja niihin liittyvät metatiedot käsittelyn vaiheista liitetään sitten kuhunkin määritettyyn viivakoodiin, ja ne voidaan sitten toimittaa tarvittaessa Oregon Health Authoritylle, asianomaiselle piirikunnan terveysosastolle ja henkilölle. Testitulokset ovat yksilön ja/tai terveysviranomaisen saatavilla 48 tunnin ja viimeistään 4 päivän kuluessa.

Kun testaus on suoritettu, tutkijoilla on pääsy UO:n CLIA:n kliinisen genomiikkalaboratorion laatimiin, yhteisötason aggregoituihin (esim. määrät ja esiintyvyysasteet), tunnistamattomiin tietoihin. Tiedot sisältävät neljä suojattua terveystunnistetta: sivuston postinumero, osallistujan postinumero, testaustulos ja testauspäivämäärä. Se sisältää myös demografisia tietoja, jotka eivät ole suojattuja terveystietoja, kuten ikäjakauma, rotu ja etninen alkuperä. Näitä tietoja käytetään arvioitaessa tukitoimia, joilla pyritään lisäämään latinalaisyhteisön jäsenten osallistumista SARS-COV-2-testaukseen. Tämän tutkimuksen osan ensisijainen tulos on latinalaisten yksilöiden paikkatason testausaste.

Otoskoon arviointi, puuttuvien tietojen suunnitelma, tilastollinen analyysisuunnitelma: Promotores-toimenpiteen ensisijaisessa tehokkuuden arvioinnissa tutkijat käyttävät tavallista normaaliteorian kovarianssianalyysiä (ANCOVA) ja autoregressiivistä lineaarista mallintamista jatkuville tuloksille, kuten COVID-19. tieto; ja ne käyttävät pre-post yleistettyä lineaarista mallinnusta laskentaan ja järjestetyille kategorisille tuloksille, kuten kussakin maantieteellisessä paikassa testatun latinan osuuden. Selvittääkseen osallistujien riippumattomuuden interventiosuunnittelussa tutkijat arvioivat lineaarisia sekamalleja. Odotettavissa on kaksi puuttuvien tietojen ensisijaista lähdettä, kohdat vastaamatta jättäminen ja kuluminen ajan myötä. Keskeyttämisen osalta tutkijat tekevät standardinmukaisia ​​kulumisanalyysejä vertaillakseen lähtötilanteen ominaisuuksia tekijöiden ja suorittajien välillä. He harkitsevat taipumuspisteiden täsmäytysmenettelyjä ja laativat keskimääräisiä kausaalisten vaikutusten malleja huomattavien erojen korjaamiseksi. Vastaamattomuuden ja asteikkopisteiden kehittämiseksi tutkijat edellyttävät, että 70 % asteikon kohteista on läsnä pisteytystä varten. He testaavat, puuttuvatko mittakaavatason tiedot täysin satunnaisesti (MCAR) aalloissa ja sitten aalloissa. Jos tiedot eivät ole MCAR-oletuksia, jos oletetaan, että ne puuttuvat satunnaisesti (MAR, eli tiedot eivät ole riippuvaisia ​​interventiovastemuuttujan puuttuvista arvoista), tutkijat käyttävät jompaakumpaa kahdesta suositellusta lähestymistavasta SEM:lle, täyden tiedon maksimitodennäköisyydelle (FIML) tai moninkertainen imputaatio (MI). Vaikka nämä lähestymistavat voivat olla ongelmallisia, kun dataa ei voida huomioida, niitä suositellaan silti puuttumisen käsittelemiseen, erityisesti kulutukseen liittyvien kovariaattien kanssa. Molemmat menetelmät tarjoavat tehokkaampia standardivirheitä kuin lista- tai paripoisto tai keskimääräinen substituutio. Jos puuttuvat tiedot tai kuluminen liittyy kovariaatteihin, tutkijat sisällyttävät asianmukaiset kovariaatit hypoteesitestaukseen. Ennen jälkeistä yksittäisen tason kriteerituloksia 38 sivustoa, joissa on noin 50–100 osallistujaa kohdetta kohden plus poistuminen (n = 2160), alfa-taso 0,05 ja luokan sisäiset korrelaatiot välillä 0,05–0,20 mahdollistavat vaikutusten havaitsemisen. välillä 0,19 - 0,32, vastaavasti (pienestä kohtalaiseen).

Lopuksi tiedot kerätään kansallisen Duke Coordination and Data Collection Centerin (CDCC) tason 1 "yhteisten tietoelementtien" mukaisesti. CDCC auttaa suoraan jokaista yksittäistä RADx-UP-projektia optimoimaan sitoutumista, tavoittamista, testausstrategioita ja helpottamaan yhteisoppimismahdollisuuksia RADx-UP-projektien välillä ja niiden välillä. Tärkeimmät tulostiedot ja testausmenettelyt näytteen, analyysialustan, analyysimenettelyjen ja testitulosten saamiseksi kerätään ja esitetään johdonmukaisella tavalla yhdenmukaistamista varten koko konsortiossa integroituna Coronavirus Aid, Relief ja Economic -lain testiraportointivaatimuksiin. Turvallisuuslaki (CRES-laki).