COVID-19: Здоровый Орегон (Орегон приветствуется): вместе мы можем (Juntos Podemos) (OSJP)

В общей сложности 38 сообществ создали тестовую площадку, где тестовые мероприятия проводятся раз в две недели (раз в две недели). В исследовании округа были рандомизированы на уровне участков внутри округа. Исследователи использовали априорную стратификацию по округам, поскольку размер выборки невелик. Половина всех сайтов в графстве была отнесена к контрольным условиям (обслуживание в обычном режиме), а другая половина - к условиям вмешательства (Promotores de Salud). Случайным образом назначенные сообщества получают одну из двух стратегий охвата: обычные услуги (листовки с учетом культурных особенностей, объявления на радио, публикации в социальных сетях, брошюры о здоровом образе жизни на месте) или обычные услуги плюс вмешательство Promotores de Salud, когда платный, надежный член сообщества достигает обратиться к членам сообщества, чтобы мотивировать их на использование бесплатных услуг тестирования и улучшение поведения в отношении здоровья, связанного с COVID-19. Вмешательство Promotores de Salud было разработано, чтобы наладить отношения с членами сообщества Latinx и укрепить доверие.

Чтобы оценить долю членов сообщества Latinx, прошедших тестирование в каждом центре, исследователи будут использовать деидентифицированную информацию о состоянии здоровья, предоставленную для исследования лабораторией клинической геномики COVID-19 Университета Орегона (UO), которая обрабатывает тесты. Для оценки поведения, связанного со здоровьем, группа взрослых участников в каждом центре будет приглашена для участия в исследовательском опросе, проводимом в начале исследования и повторно через 30 дней. Для обоих подходов исследование предполагает привлечение большей доли членов сообщества латиноамериканцев по сравнению с общей демографической ситуацией округа. Ожидается, что общая исследуемая популяция будет состоять из 85% латиноамериканцев и 15% неиспаноязычных, при этом 84% людей идентифицируют себя как белые в обеих этнических группах, а остальные 16% идентифицируют себя как афроамериканцы, азиаты, жители островов Тихого океана, американские индейцы / коренные жители Аляски. , или более одной расы. В каждой исследовательской группе будет 19 участков (всего 38) и примерно до 3600 взрослых людей в условиях вмешательства (n = 1800) или в контрольных условиях (n = 1800).

В этом исследовании также используются данные из реестра пациентов из лаборатории клинической геномики COVID-19 Орегонского университета.

Обеспечение качества, проверка данных, проверка исходных данных, словарь данных и стандартные операционные процедуры: данные и биообразцы будут собираться лично в местах тестирования, что требует прямого взаимодействия с участниками. Чтобы сообщить о результатах заражения SARS-CoV-2 каждому участнику, собираются имя, дата рождения и контактная информация. Для выполнения требований отчетности перед Управлением здравоохранения штата Орегон информация о округе проживания и почтовом индексе также собирается для каждого тестируемого лица. Данные, используемые для оценки эффективности вмешательства, будут включать агрегированные переменные, полученные из данных, собранных в рамках процедуры диагностического тестирования, и будут агрегированы на уровне места тестирования (например, проведенные тесты, процент расы и этнической принадлежности и т. д.).

При сборе образцов SARS-CoV-2 координаторы по тестированию будут направлять участников в процессе самостоятельного сбора. Для передних ноздрей участников просят поместить мазок из носа примерно на 1 см в ноздрю и вращать его, контактируя с носовой мембраной в течение 10 секунд, а затем повторяя процесс с тем же мазком в другой ноздре. Родителей проинструктировали взять образец для своего ребенка, если ребенку меньше 10 лет или если несовершеннолетний ребенок просит родительской помощи. Сотрудники полигона могут помочь участникам с низкой подвижностью или физическими недостатками в сборе образцов. В случае получения травмы во время сбора проб сотрудники партнерской общественной организации направят участника к соответствующим медицинским ресурсам. Образцы будут помещены в стерильные флаконы со штрих-кодом (1 мл Matrix, пробирки со штрих-кодом и завинчивающейся крышкой), каждый из которых содержит 500 микролитров (мкл) ДНК/РНК-защиты. Затем каждую пробирку Matrix плотно закрывают и помещают в стандартный пластиковый штатив для лабораторных микроцентрифужных пробирок с восемью рядами и двенадцатью столбцами (штатив 8 на 12 с 96 позициями). Затем эта стойка будет обеззаражена снаружи путем кратковременного погружения в ускоренную перекись водорода (H2O2). Затем каждый штатив для микроцентрифужных пробирок с 96 позициями будет промаркирован и помещен во временный стерильный контейнер с влажным льдом при температуре 4°C. По возможности на каждом участке стеллажи будут периодически перемещаться либо в холодильник (4°С), либо в морозильник (-20°С) для хранения. В конце дня все штативы будут доставлены на мокром льду в лабораторию клинической геномики COVID-19 в UO, гарантируя, что они будут доставлены не более чем через 48 часов после сбора и предпочтительно в течение 12-24 часов. Если место тестирования расположено слишком далеко для ручной транспортировки, штативы для пробирок будут закреплены и отправлены экспресс-методами на сухом льду.

Каждый 96-луночный планшет для сбора затем подвергается молекулярной обработке с использованием стандартного, одобренного FDA протокола анализа Thermo Fisher TaqPath. Все этапы этого утвержденного протокола будут точно соблюдены, включая соответствующие реагенты, объемы и включение соответствующих положительных и отрицательных контролей. Кроме того, следователи будут использовать систему анализа программного обеспечения и параметры точно так, как указано. Сначала из каждой лунки будет извлечена РНК с использованием набора для выделения нуклеиновых кислот MagMax Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit (ThermoFisher, #100081242), который удаляет потенциально ингибирующие загрязнения и повышает чувствительность и согласованность последующих протоколов количественной ПЦР. В зависимости от количества обрабатываемых образцов извлечение РНК будет происходить либо вручную с использованием многоканальных пипеток, либо с помощью робота Hamilton. Очищенная РНК затем будет ретротранскрибирована для анализа с использованием набора TaqPath RT-PCR COVID-19 на 96-луночном или 384-луночном термоциклере QuantStudio5 (QS5) в зависимости от количества обрабатываемых образцов. Если лаборантам необходимо обработать 384 образца, они будут использовать робота для работы с жидкостями Hamilton (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) для аликвоты из каждого из четырех-96-луночных планшетов в формат 384-луночного планшета для последующей амплификации КПЦР. В этом процессе ОТ-ПЦР зонды отжигаются с тремя уникальными прямыми и обратными праймерами для трех генов SARS-CoV-2: ORF1ab, белка N и белка S.

Вся лаборатория и отчетность будут автоматизированы за счет использования штрих-кодов, робототехники, 96- и 384-луночных аппаратов для количественной ПЦР, а также использования полностью совместимой с HIPAA и CAP3 системы управления лабораторной информацией (LIMS), созданной информатиками L7 (https://l7informatics. ком/). Такая автоматизация системы и использование LIMS позволяют увеличить пропускную способность (до нескольких тысяч образцов в день), а также выполнять быстрый анализ и автоматическую отчетность о результатах через LIMS. Данные количественной ПЦР хранятся в системе LIMS для анализа с использованием программного обеспечения для интерпретации COVID-19 Applied Biosystems, чтобы обеспечить качественную оценку того, присутствует ли вирус в образце («положительный» случай), отсутствует или не определен. Система LIMS в лаборатории COVID-19-MAP позволяет интегрировать это аналитическое программное обеспечение в соответствующий этап общего рабочего процесса отслеживания образцов, и, следовательно, немедленный результат может быть связан с соответствующим штрих-кодом в базе данных. Кроме того, система LIMS подключена и обменивается данными через локальную сеть (LAN) со всем оборудованием (например, роботами и машинами для количественной ПЦР) для документирования каждого шага процесса проверки CLIA. Результаты для каждого образца и соответствующие метаданные об этапах обработки затем связываются с каждым назначенным штрих-кодом и затем могут быть переданы, при необходимости, в Управление здравоохранения штата Орегон, соответствующий отдел здравоохранения округа и отдельным лицам. Результаты теста будут доступны в течение 48 часов и не позднее 4 дней лицу и/или органу здравоохранения.

После того, как будет проведено тестирование, исследователи получат доступ к совокупным данным на уровне сообщества (например, подсчетам и показателям распространенности), обезличенным данным, подготовленным лабораторией клинической геномики UO CLIA. Данные будут включать четыре защищенных идентификатора здоровья: почтовый индекс сайта, почтовый индекс участника, результат тестирования и дату тестирования. Он также будет включать демографические данные, такие как возрастная группа, раса и этническая принадлежность. Эти данные будут использованы для оценки информационно-пропагандистской деятельности, направленной на расширение участия членов сообщества Latinx в тестировании на SARS-COV-2. Основным результатом этого аспекта исследования является уровень тестирования на уровне отдельных латиноамериканцев.

Оценка размера выборки, план отсутствующих данных, план статистического анализа: для первичной оценки эффективности вмешательства Promotores исследователи будут использовать стандартный анализ нормальной теории ковариации (ANCOVA) и авторегрессионное линейное моделирование для непрерывных исходов, таких как COVID-19. знание; и они будут использовать обобщенное линейное моделирование до и после публикации для подсчета и упорядоченных категориальных результатов, таких как доля латиноамериканского языка, протестированного в каждом географическом месте. Чтобы решить проблему отсутствия независимости участников плана вмешательства, исследователи будут оценивать линейные смешанные модели. Ожидается наличие двух основных источников отсутствия данных: неполучение ответов по пунктам и отсев с течением времени. Для отсева исследователи проведут стандартный анализ отсева, чтобы сравнить базовые характеристики отсева и завершивших. Они рассмотрят процедуры сопоставления показателей склонности и соответствующие модели средних причинно-следственных связей для устранения существенных различий. Для неответа по пунктам и получения баллов по шкале исследователям потребуется присутствие 70% пунктов шкалы для подсчета баллов. Они проверят, отсутствуют ли данные уровня масштаба полностью случайным образом (MCAR) внутри волн, а затем между волнами. Если данные не являются MCAR, при допущении случайного пропуска (MAR, т. е. данные не зависят от пропущенных значений переменной отклика на вмешательство), исследователи будут использовать один из двух рекомендуемых подходов для SEM, полная информация максимального правдоподобия (FIML) или множественное вменение (МИ). Хотя эти подходы могут быть проблематичными, когда данные не могут быть проигнорированы, они все же рекомендуются для обработки пропущенных данных, особенно с ковариатами, связанными с истощением. Оба метода обеспечивают более эффективные стандартные ошибки, чем списочное или попарное удаление или замена среднего. Если отсутствующие данные или истощение связаны с ковариатами, исследователи включат соответствующие ковариаты в проверку гипотез. Что касается результатов критерия индивидуального уровня до и после публикации, 38 сайтов с примерно 50–100 участниками на сайт плюс отсев (n = 2160), альфа-уровень 0,05 и внутриклассовые корреляции в диапазоне от 0,05 до 0,20 обеспечивают мощность для обнаружения эффектов. от 0,19 до 0,32, соответственно (от небольшого до среднего).

Наконец, данные будут собираться в соответствии с «общими элементами данных» уровня 1 от национального центра координации и сбора данных Duke (CDCC). CDCC напрямую помогает каждому отдельному проекту RADx-UP оптимизировать взаимодействие, информационно-разъяснительную работу, стратегии тестирования и способствовать возможностям совместного обучения между проектами RADx-UP. Основные данные о результатах и ​​процедурах тестирования для получения образца, платформы анализа, процедур анализа и результатов тестирования будут собираться и представляться согласованным образом для согласования в рамках всего консорциума, интегрированного с требованиями отчетности по тестированию в рамках программы помощи, помощи и экономики в связи с коронавирусом. Закон о безопасности (Закон CARES).