COVID-19: Healthy Oregon (Oregon Saludable): Together We Can (Juntos Podemos) (OSJP)

Totalt 38 lokalsamfunn har etablert en testside med testarrangementer som holdes annenhver uke (to-ukentlig). Studien randomiserte fylker på stedsnivå innenfor fylke. Etterforskerne brukte a priori stratifisering etter fylke da utvalgsstørrelsen er liten. Halvparten av alle lokaliteter i et fylke ble tildelt kontrollbetingelsen (tjenester som vanlig), og den andre halvparten til intervensjonstilstanden (Promotores de Salud). Tilfeldig tildelte lokalsamfunn mottar en av to oppsøkende strategier: Tjenester som vanlig (kulturelt skreddersydde flyers, radiokunngjøringer, innlegg på sosiale medier, brosjyre om helseatferd på stedet) eller tjenester som vanlig pluss Promotores de Salud-intervensjonen, der et betalt, pålitelig fellesskapsmedlem når ut til fellesskapsmedlemmer for å motivere dem til å bruke de gratis testtjenestene og forbedre covid-19-relatert helseatferd. Promotores de Salud-intervensjonen ble designet for å bygge relasjoner med medlemmer av Latinx-samfunnet og legge til rette for tillit.

For å vurdere andelen Latinx-fellesskapsmedlemmer som er testet på hvert sted, vil etterforskerne bruke avidentifisert helseinformasjon gitt til studien av University of Oregons (UO) COVID-19 kliniske genomikklaboratorium, som behandler testene. For å vurdere helseatferd vil en undergruppe av voksne deltakere på hvert sted bli invitert til å delta i en forskningsundersøkelse, administrert ved baseline og igjen 30 dager senere. For begge tilnærmingene forventer studien å engasjere en større andel medlemmer av Latinx-samfunnet, i forhold til den generelle demografien i fylket. Den totale studiepopulasjonen forventes å være 85 % latinamerikanske og 15 % ikke-spanske, med 84 % av individene som identifiserer seg som hvite i begge etniske grupper og de resterende 16 % identifiserer seg som afroamerikanere, asiatiske, stillehavsøyer, amerikansk indianere/Alaska-innfødte. , eller mer enn ett løp. Det vil være 19 steder per studiegruppe (38 totalt) og opp til omtrent 3600 voksne individer i intervensjon (n = 1800) eller kontrolltilstander (n = 1800).

Denne studien utnytter også data fra et pasientregister fra University of Oregons COVID-19 kliniske genomikklaboratorium.

Kvalitetssikring, datasjekker, kildedataverifisering, dataordbok og standard driftsprosedyrer: Data og bioprøver vil bli samlet inn personlig på teststeder, noe som krever direkte interaksjon med deltakerne. For å rapportere SARS-CoV-2-infeksjonsresultater tilbake til hver deltaker, samles navn, fødselsdato og kontaktinformasjon. For å oppfylle rapporteringskrav til Oregon Health Authority, samles også bostedsfylke og postnummer inn for hver person som testes. Data som brukes til å evaluere effektiviteten av intervensjon vil involvere aggregerte variabler utledet fra data samlet inn som en del av den diagnostiske testprosedyren og vil bli aggregert på teststedets nivå (f.eks. utførte tester, rase- og etnisitetsprosenter osv.).

For innsamling av SARS-CoV-2-prøver, vil testfasilitatorer veilede deltakere i selvinnsamlingsprosessen. For fremre nese blir deltakerne instruert om å plassere neseprøven ca. 1 cm inn i neseboret og rotere den, få kontakt med nesemembranen i 10 sekunder, og deretter gjenta prosessen med den samme vattpinne i det andre neseboret. Foreldre blir bedt om å samle prøven for barnet sitt dersom barnet er under 10 år, eller hvis det mindreårige barnet ber om foreldrehjelp. Personalet på teststedet kan hjelpe deltakere som har lav fingerferdighet eller fysiske funksjonsnedsettelser i prøveinnsamlingen. I tilfelle en skade under prøveinnsamling, vil samarbeidende samfunnsorganisasjons ansatte henvise deltakeren til de aktuelle medisinske ressursene. Prøver vil bli plassert i sterile strekkodede ampuller (1 ml Matrix, strekkodede skrukorkrør) som hver inneholder 500 mikroliter (μl) DNA/RNA Shield. Hvert Matrix-rør vil deretter lukkes tett og plasseres i et standard mikrosentrifugerørstativ i plast laboratorie med åtte rader og tolv kolonner (8 x 12 stativ med 96 posisjoner). Dette stativet vil deretter bli dekontaminert utvendig ved kort nedsenking i akselerert hydrogenperoksid (H202). Hvert 96-posisjons mikrosentrifugerørstativ vil deretter bli merket og plassert i en steril midlertidig beholder med våt is ved 4Cgrader. Hvis mulig på hvert sted, vil stativer med jevne mellomrom overføres enten til kjøleskap (4C) eller fryser (-20C) for lagring. På slutten av dagen vil alle stativer bli transportert på våt is til COVID-19 klinisk genomikklaboratorium ved UO, for å sikre at de ikke kommer lenger enn 48 timer etter innsamling og helst innen 12-24 timer. Hvis teststedet er plassert for distalt for håndtransport, vil rørstativ bli sikret og sendt med ekspressmetoder på tørris.

Hver 96-brønns oppsamlingsplate vil deretter fortsette til molekylær prosessering ved å bruke standard, FDA-godkjent Thermo Fisher TaqPath-analyseprotokoll. Alle trinn i denne godkjente protokollen vil bli fulgt nøyaktig, inkludert passende reagenser, volumer og inkludering av passende positive og negative kontroller. I tillegg vil etterforskerne bruke programvareanalysesystemet og parametrene nøyaktig som spesifisert. Først vil RNA ekstraheres fra hver brønn ved å bruke MagMax Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit (ThermoFisher, #100081242) som fjerner potensielt hemmende kontaminering og øker sensitiviteten og konsistensen til påfølgende qPCR-protokoller. Avhengig av antall prøver som skal behandles, vil RNA-ekstraksjonen enten skje for hånd ved bruk av flerkanalspipetter eller ved bruk av Hamilton Robot. Det rensede RNA vil deretter bli retrotranskribert for analyse ved bruk av TaqPath RT-PCR COVID-19-settet på enten 96-brønns eller 384-brønns QuantStudio5 (QS5) termosyklere avhengig av antall prøver som skal behandles. Hvis laboratorieteknikerne trenger å behandle 384 prøver, vil de bruke Hamilton-væskehåndteringsroboten (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) til å alikvotere fra hver av fire-96-brønnsplatene til 384-brønns plateformat for påfølgende qPCR-amplifisering. I denne RT-PCR-prosessen annealer prober til tre unike forover- og reversprimere for tre SARS-CoV-2-gener: ORF1ab, N-protein og S-protein.

Alle laboratorier og rapportering vil bli automatisert ved bruk av strekkoder, robotikk, 96 og 384 brønns qPCR-maskiner, og bruk av et fullt HIPAA- og CAP3-kompatibelt Laboratory Information Management System (LIMS) bygget av L7 informatics (https://l7informatics. no/). Disse systemautomatiseringene og bruken av LIMS tillater økt gjennomstrømning (opptil flere tusen prøver per dag) og rask analyse og automatisert rapportering av resultater gjennom LIMS. qPCR-dataene lagres i LIMS-systemet for analyse ved bruk av Applied Biosystems COVID-19 Interpretive Software for å tillate en kvalitativ vurdering av om viruset er tilstede i prøven (et "positivt" tilfelle), fraværende eller usikkert. LIMS-systemet i COVID-19-MAP-laben tillater integrering av denne analyseprogramvaren i det riktige trinnet i den overordnede prøvesporingsarbeidsflyten, og derfor kan det umiddelbare resultatet kobles til riktig strekkode i databasen. Videre er LIMS-systemet tilkoblet og kommuniserer via et lokalt nettverk (LAN) med alt utstyr (f.eks. roboter og qPCR-maskiner) for å dokumentere hvert trinn i prosessen for CLIA-validering. Resultatene for hver prøve, og tilhørende metadata om trinnene under behandlingen, blir deretter assosiert med hver tildelt strekkode og kan deretter spres, etter behov, til Oregon Health Authority, den aktuelle fylkets helseavdeling og den enkelte. Testresultater vil være tilgjengelig innen 48 timer og senest 4 dager for den enkelte og/eller helseforetaket.

Etter at testingen har funnet sted, vil forskerne ha tilgang til aggregerte, fellesskapsnivå (f.eks. tellinger og prevalensrater), avidentifiserte data utarbeidet av UOs CLIA klinisk genomikklaboratorium. Dataene vil inkludere fire beskyttede helseidentifikatorer: nettstedets postnummer, deltakerens postnummer, testresultatet og testdatoen. Den vil også inkludere demografiske data, dette er ikke beskyttet helseinformasjon som aldersgruppe, rase og etnisitet. Disse dataene vil bli brukt til å vurdere oppsøkende aktiviteter rettet mot å øke deltakelsen av medlemmer av Latinx-samfunnet i SARS-COV-2-testing. Det primære resultatet for dette aspektet av studien er testfrekvenser på stedsnivå for Latinx-individer.

Prøvestørrelsesvurdering, plan for manglende data, statistisk analyseplan: For den primære effektivitetsevalueringen av Promotores-intervensjonen, vil etterforskerne bruke standard normal teorianalyse av kovarians (ANCOVA) og autoregressiv lineær modellering for kontinuerlige utfall som COVID-19 kunnskap; og de vil bruke pre-post generalisert lineær modellering for telling og ordnede kategoriske utfall som andelen av Latinx testet på hvert geografisk område. For å adressere deltakernes ikke-uavhengighet i intervensjonsdesignet, vil etterforskerne estimere lineære blandede modeller. Det forventes to primære kilder til manglende data, varefrafall og avgang over tid. For frafall vil etterforskere utføre standard attrisjonsanalyser for å sammenligne grunnlinjekarakteristikker mellom attritere og fullførere. De vil vurdere prosedyrer for matching av tilbøyelighetspoeng og komplimenter gjennomsnittlige årsakseffekter for å håndtere betydelige forskjeller. For punktfrafall og utvikling av skalapoeng, vil etterforskere kreve at 70 % av skalaelementene er tilstede for poengsum. De vil teste om skalanivådata mangler helt tilfeldig (MCAR) innenfor bølger og deretter på tvers av bølger. Hvis data ikke er MCAR, under antakelser om manglende tilfeldig (MAR, dvs. data er ikke avhengige av manglende verdier for intervensjonsresponsvariabelen), vil etterforskerne bruke en av to anbefalte tilnærminger for SEM, full informasjon maksimal sannsynlighet (FIML) eller multippel imputasjon (MI). Selv om disse tilnærmingene kan være problematiske når data mangler ikke-ignorerbare, anbefales de fortsatt for å håndtere mangler, spesielt med kovariater assosiert med utmattelse. Begge metodene gir mer effektive standardfeil enn listevis eller parvis sletting, eller gjennomsnittlig substitusjon. Skulle manglende data eller avgang være assosiert med kovariater, vil etterforskerne inkludere passende kovariater i hypotesetesting. For resultatene fra kriteriene på individnivå før etter, gir 38 nettsteder med omtrent 50 til 100 deltakere per sted pluss avgang (n = 2160), et alfanivå på 0,05 og intra-klasse korrelasjoner fra 0,05 til 0,20 kraft til å oppdage effekter fra 0,19 til 0,32, henholdsvis (liten til moderat).

Til slutt vil data samles inn i henhold til Tier 1 "vanlige dataelementer" fra det nasjonale Duke Coordination and Data Collection Center (CDCC). CDCC bistår direkte hvert enkelt RADx-UP-prosjekt for å optimalisere engasjement, oppsøking, teststrategier og for å lette samlæringsmuligheter mellom og blant RADx-UP-prosjekter. Nøkkelresultatdata og testprosedyrene for å skaffe prøven, analyseplattformen, analyseprosedyrene og testresultatene vil bli samlet inn og representert på en konsistent måte for harmonisering på tvers av konsortiet, integrert med testrapporteringskrav under Coronavirus Aid, Relief, and Economic Sikkerhetsloven (CARES-loven).