COVID-19: Zdrowy Oregon (Oregon Saludable): Razem możemy (Juntos Podemos) (OSJP)

W sumie 38 społeczności utworzyło witrynę testową, w której co drugi tydzień (co dwa tygodnie) odbywają się imprezy testowe. W badaniu wybrano losowo powiaty na poziomie ośrodka w obrębie powiatu. Badacze zastosowali stratyfikację a priori według hrabstw, ponieważ wielkość próby jest niewielka. Połowa wszystkich obiektów w powiecie została przypisana do warunku kontrolnego (usługi jak zwykle), a druga połowa do warunku interwencji (Promotores de Salud). Losowo przydzielone społeczności otrzymują jedną z dwóch strategii zasięgu: zwykłe usługi (ulotki dostosowane kulturowo, ogłoszenia radiowe, posty w mediach społecznościowych, broszura dotycząca zachowań zdrowotnych na miejscu) lub zwykłe usługi plus interwencja Promotores de Salud, w ramach której opłacany, zaufany członek społeczności dociera do członków społeczności, aby zmotywować ich do korzystania z bezpłatnych usług testowych i poprawy zachowań zdrowotnych związanych z COVID-19. Interwencja Promotores de Salud miała na celu budowanie relacji z członkami społeczności Latinx i budowanie zaufania.

Aby ocenić odsetek członków społeczności Latinx przebadanych w każdym ośrodku, badacze wykorzystają zanonimizowane informacje zdrowotne dostarczone do badania przez laboratorium genomiki klinicznej COVID-19 Uniwersytetu w Oregonie (UO), które przetwarza testy. Aby ocenić zachowania zdrowotne, podgrupa dorosłych uczestników w każdym ośrodku zostanie zaproszona do udziału w ankiecie badawczej, przeprowadzonej na początku badania i ponownie 30 dni później. W przypadku obu podejść badanie przewiduje zaangażowanie większej liczby członków społeczności latynoskiej w porównaniu z ogólną demografią hrabstwa. Oczekuje się, że ogólna badana populacja będzie składać się z 85% Latynosów i 15% nie-Latynosów, przy czym 84% osób identyfikuje się jako biali w obu grupach etnicznych, a pozostałe 16% identyfikuje się jako Afroamerykanie, Azjaci, mieszkańcy wysp Pacyfiku, Indianie amerykańscy / rdzenni mieszkańcy Alaski lub więcej niż jedną rasę. Na grupę badaną przypada 19 ośrodków (łącznie 38) i do około 3600 dorosłych osób objętych interwencją (n = 1800) lub warunkami kontrolnymi (n = 1800).

To badanie wykorzystuje również dane z rejestru pacjentów z laboratorium genomiki klinicznej COVID-19 Uniwersytetu w Oregonie.

Zapewnienie jakości, weryfikacja danych, weryfikacja danych źródłowych, słownik danych i standardowe procedury operacyjne: Dane i próbki biologiczne będą zbierane osobiście w miejscach testowania, co wymaga bezpośredniej interakcji z uczestnikami. W celu zgłoszenia wyników zakażenia SARS-CoV-2 każdemu uczestnikowi zbierane są imię i nazwisko, data urodzenia oraz dane kontaktowe. Aby spełnić wymagania dotyczące zgłaszania się do Oregon Health Authority, dla każdej badanej osoby zbierane są również informacje o hrabstwie zamieszkania i kodzie pocztowym. Dane wykorzystane do oceny skuteczności interwencji będą obejmować zmienne zagregowane pochodzące z danych zebranych w ramach procedury badań diagnostycznych i zostaną zagregowane na poziomie miejsca przeprowadzania badań (np. wykonane testy, procent rasy i pochodzenia etnicznego itp.).

W przypadku pobierania próbek SARS-CoV-2 osoby prowadzące testy przeprowadzą uczestników przez proces samodzielnego pobierania. W przypadku nozdrzy przednich uczestników instruuje się, aby włożyli wymaz z nosa na około 1 cm do nozdrza i obracali go, dotykając błony nosowej przez 10 sekund, a następnie powtórzyli proces z tym samym wymazem w drugim nozdrzu. Rodzice są poinstruowani, aby pobrać próbkę dla swojego dziecka, jeśli dziecko ma mniej niż 10 lat lub jeśli małoletnie dziecko prosi o pomoc rodzicielską. Personel miejsca przeprowadzania testów może pomóc uczestnikom, którzy mają niską zręczność lub upośledzenie fizyczne, w pobieraniu próbek. W przypadku urazu podczas pobierania próbki pracownicy partnerskiej organizacji społecznej skierują uczestnika do odpowiednich środków medycznych. Próbki zostaną umieszczone w sterylnych fiolkach z kodem kreskowym (1 ml Matrix, zakręcane probówki z kodem kreskowym), z których każda zawiera 500 mikrolitrów (μl) DNA/RNA Shield. Następnie każda probówka Matrix zostanie szczelnie zamknięta i umieszczona w standardowym plastikowym statywie do probówek do mikrowirówki laboratoryjnej z ośmioma rzędami i dwunastoma kolumnami (stojak 8 na 12 z 96 pozycjami). Ten stojak zostanie następnie odkażony z zewnątrz przez krótkie zanurzenie w przyspieszonym nadtlenku wodoru (H2O2). Każdy 96-pozycyjny statyw na probówki do mikrowirówki zostanie następnie oznakowany i umieszczony w sterylnym tymczasowym pojemniku z mokrym lodem o temperaturze 4°C. Jeśli to możliwe w każdym miejscu, stojaki będą okresowo przenoszone do lodówki (4°C) lub zamrażarki (-20°C) w celu przechowywania. Na koniec dnia wszystkie stojaki zostaną przetransportowane na mokrym lodzie do Laboratorium Genomiki Klinicznej COVID-19 w UO, zapewniając, że dotrą na miejsce nie później niż 48 godzin po pobraniu, a najlepiej w ciągu 12-24 godzin. Jeśli miejsce przeprowadzania testów znajduje się zbyt daleko, aby można było je transportować ręcznie, statywy na probówki zostaną zabezpieczone i wysłane metodami ekspresowymi na suchym lodzie.

Każda 96-dołkowa płytka zbierająca zostanie następnie poddana obróbce molekularnej przy użyciu standardowego, zatwierdzonego przez FDA protokołu analizy Thermo Fisher TaqPath. Wszystkie kroki tego zatwierdzonego protokołu będą dokładnie przestrzegane, w tym odpowiednie odczynniki, objętości i włączenie odpowiednich kontroli pozytywnych i negatywnych. Ponadto śledczy zastosują system analizy oprogramowania i parametry dokładnie tak, jak określono. Najpierw z każdego dołka zostanie wyekstrahowany RNA przy użyciu zestawu MagMax Viral/Pathogen Nucleic Acid Isolation Kit (ThermoFisher, nr 100081242), który usuwa potencjalnie hamujące zanieczyszczenia i zwiększa czułość i spójność kolejnych protokołów qPCR. W zależności od liczby próbek do przetworzenia, ekstrakcja RNA zostanie przeprowadzona ręcznie przy użyciu pipetorów wielokanałowych lub za pomocą robota Hamiltona. Oczyszczony RNA zostanie następnie poddany retrotranskrypcji do analizy przy użyciu zestawu TaqPath RT-PCR COVID-19 na 96- lub 384-dołkowych termocyklerach QuantStudio5 (QS5), w zależności od liczby próbek do przetworzenia. Jeśli technicy laboratoryjni muszą przetworzyć 384 próbki, użyją robota Hamiltona do obsługi cieczy (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) do podzielenia każdej z czterech 96-dołkowych płytek do formatu płytki 384-dołkowej w celu późniejszej amplifikacji qPCR. W tym procesie RT-PCR sondy łączą się z trzema unikalnymi starterami do przodu i do tyłu dla trzech genów SARS-CoV-2: ORF1ab, białka N i białka S.

Całe laboratorium i raportowanie zostaną zautomatyzowane dzięki zastosowaniu kodów kreskowych, robotyki, 96- i 384-dołkowych maszyn qPCR oraz zastosowaniu w pełni zgodnego z HIPAA i CAP3 systemu zarządzania informacjami laboratoryjnymi (LIMS) zbudowanego przez firmę L7 informatics (https://l7informatics. pl/). Te automatyzacje systemu i wykorzystanie LIMS pozwalają na zwiększenie przepustowości (do kilku tysięcy próbek dziennie) oraz szybką analizę i automatyczne raportowanie wyników za pośrednictwem LIMS. Dane qPCR są przechowywane w systemie LIMS do analizy przy użyciu oprogramowania Applied Biosystems COVID-19 Interpretive Software, aby umożliwić jakościową ocenę, czy wirus jest obecny w próbce (przypadek „pozytywny”), nieobecny lub niepewny. System LIMS w laboratorium COVID-19-MAP umożliwia integrację tego oprogramowania do analizy z odpowiednim etapem całego procesu śledzenia próbek, dzięki czemu natychmiastowy wynik można powiązać z odpowiednim kodem kreskowym w bazie danych. Ponadto system LIMS jest połączony i komunikuje się za pośrednictwem sieci lokalnej (LAN) ze wszystkimi urządzeniami (np. robotami i maszynami qPCR) w celu udokumentowania każdego etapu procesu walidacji CLIA. Wyniki dla każdej próbki i powiązane metadane dotyczące etapów przetwarzania są następnie kojarzone z każdym przypisanym kodem kreskowym i mogą być rozpowszechniane, w razie potrzeby, do Oregon Health Authority, odpowiedniego powiatowego departamentu zdrowia i osoby. Wyniki testu będą dostępne dla danej osoby i/lub organu ds. zdrowia w ciągu 48 godzin i nie później niż 4 dni.

Po przeprowadzeniu testów naukowcy będą mieli dostęp do zagregowanych danych na poziomie społeczności (np. liczby i wskaźników rozpowszechnienia), zdeidentyfikowanych danych przygotowanych przez laboratorium genomiki klinicznej CLIA UO. Dane będą zawierać cztery chronione identyfikatory zdrowotne: kod pocztowy witryny, kod pocztowy uczestnika, wynik testu i datę testu. Będzie również zawierać dane demograficzne, które nie są chronionymi informacjami zdrowotnymi, takie jak przedział wiekowy, rasa i pochodzenie etniczne. Dane te zostaną wykorzystane do oceny działań informacyjnych mających na celu zwiększenie udziału członków społeczności Latinx w testach SARS-COV-2. Podstawowym wynikiem tego aspektu badania są wskaźniki testowania na poziomie witryny osób z grupy Latinx.

Ocena wielkości próby, plan brakujących danych, plan analizy statystycznej: Do pierwotnej oceny skuteczności interwencji Promotores badacze zastosują standardową analizę kowariancji w teorii normalnej (ANCOVA) i autoregresyjne modelowanie liniowe dla ciągłych wyników, takich jak COVID-19 wiedza; i zastosują uogólnione modelowanie liniowe przed postem w celu zliczenia i uporządkowania kategorycznych wyników, takich jak odsetek Latinx przetestowanych w każdym miejscu geograficznym. Aby rozwiązać problem braku niezależności uczestników projektu interwencji, badacze oszacują liniowe modele mieszane. Oczekuje się dwóch głównych źródeł brakujących danych: braku odpowiedzi na pozycje i utraty danych w czasie. W przypadku rezygnacji badacze przeprowadzą standardowe analizy ścierania, aby porównać charakterystykę wyjściową między osobami, które zdały egzamin i które ukończyły. Wezmą pod uwagę procedury dopasowywania wyników skłonności i zgodne modele średnich skutków przyczynowych, aby uwzględnić istotne różnice. W przypadku braku odpowiedzi na pozycje i rozwoju wyniku na skali badacze będą wymagać obecności 70% pozycji na skali do punktacji. Sprawdzą, czy całkowicie losowo (MCAR) brakuje danych na poziomie skali w falach, a następnie w falach. Jeśli dane nie są MCAR, przy założeniu losowego braku danych (MAR, tj. dane nie są zależne od brakujących wartości zmiennej odpowiedzi na interwencję), badacze zastosują jedno z dwóch zalecanych podejść do SEM, maksymalnego prawdopodobieństwa pełnej informacji (FIML) lub imputacja wielokrotna (MI). Chociaż te podejścia mogą być problematyczne, gdy brakuje danych, których nie można zignorować, nadal są zalecane do radzenia sobie z brakami, szczególnie w przypadku współzmiennych związanych ze ścieraniem. Obie metody zapewniają bardziej wydajne błędy standardowe niż usuwanie listami lub parami lub podstawienie średniej. Jeśli brakujące dane lub utrata danych zostaną powiązane ze zmiennymi towarzyszącymi, badacze uwzględnią odpowiednie zmienne towarzyszące w testowaniu hipotez. W przypadku wyników kryteriów na poziomie indywidualnym przed postem, 38 witryn z około 50 do 100 uczestnikami na witrynę plus ścieranie (n = 2160) poziom alfa 0,05 i korelacje wewnątrz klas w zakresie od 0,05 do 0,20 zapewniają moc wykrywania efektów od 0,19 do 0,32, odpowiednio (mały do ​​średniego).

Wreszcie dane będą gromadzone zgodnie z „wspólnymi elementami danych” poziomu 1 z krajowego Centrum Koordynacji i Gromadzenia Danych Duke (CDCC). CDCC bezpośrednio pomaga każdemu indywidualnemu projektowi RADx-UP optymalizować zaangażowanie, zasięg, strategie testowania oraz ułatwiać możliwości wspólnego uczenia się między projektami RADx-UP. Kluczowe dane wynikowe i procedury testowe w celu uzyskania próbki, platformy analitycznej, procedur analitycznych i wyników testów zostaną zebrane i przedstawione w spójny sposób w celu harmonizacji w całym konsorcjum, zintegrowane z wymogami dotyczącymi raportowania testów w ramach programu pomocy, pomocy i Ustawa o bezpieczeństwie (ustawa CARES).