COVID-19: Oregon Saludable (Oregon Saludable): Juntos Podemos (Juntos Podemos) (OSJP)

Un total de 38 comunidades han establecido un sitio de prueba con eventos de prueba que se llevan a cabo cada dos semanas (cada dos semanas). El estudio aleatorizó condados a nivel de sitio dentro del condado. Los investigadores utilizaron una estratificación a priori por condado ya que el tamaño de la muestra es pequeño. La mitad de todos los sitios en un condado fueron asignados a la condición de control (servicios habituales) y la otra mitad a la condición de intervención (Promotores de Salud). Las comunidades asignadas aleatoriamente reciben una de dos estrategias de alcance: servicios habituales (volantes culturalmente adaptados, anuncios de radio, publicaciones en redes sociales, folleto de comportamiento de salud en el lugar) o servicios habituales más la intervención de Promotores de Salud, donde llega un miembro de la comunidad pagado y de confianza. a los miembros de la comunidad para motivarlos a utilizar los servicios de prueba gratuitos y mejorar los comportamientos de salud relacionados con COVID-19. La intervención de Promotores de Salud fue diseñada para construir relaciones con miembros de la comunidad Latinx y facilitar la confianza.

Para evaluar la proporción de miembros de la comunidad latinx evaluados en cada sitio, los investigadores utilizarán la información de salud anónima proporcionada al estudio por el laboratorio de genómica clínica COVID-19 de la Universidad de Oregón (UO), que está procesando las pruebas. Para evaluar los comportamientos de salud, se invitará a un subconjunto de participantes adultos en cada sitio a participar en una encuesta de investigación, administrada al inicio y nuevamente 30 días después. Para ambos enfoques, el estudio anticipa involucrar a una mayor proporción de miembros de la comunidad latinx, en relación con la demografía general del condado. Se espera que la población general del estudio sea 85 % hispana y 15 % no hispana, con un 84 % de personas que se identifican como blancas en ambos grupos étnicos y el 16 % restante se identifican como afroamericanos, asiáticos, isleños del Pacífico, indios americanos/nativos de Alaska. , o más de una raza. Habrá 19 sitios por grupo de estudio (38 en total) y hasta aproximadamente 3600 adultos en las condiciones de intervención (n = 1800) o de control (n = 1800).

Este estudio también aprovecha los datos de un registro de pacientes del laboratorio de genómica clínica COVID-19 de la Universidad de Oregón.

Garantía de calidad, verificación de datos, verificación de datos de origen, diccionario de datos y procedimientos operativos estándar: los datos y las muestras biológicas se recopilarán en persona en los sitios de prueba, lo que requerirá una interacción directa con los participantes. Para informar los resultados de la infección por SARS-CoV-2 a cada participante, se recopilan el nombre, la fecha de nacimiento y la información de contacto. Para cumplir con los requisitos de notificación a la Autoridad de Salud de Oregón, también se recopilan el condado de residencia y el código postal de cada persona analizada. Los datos utilizados para evaluar la eficacia de la intervención incluirán variables agregadas derivadas de los datos recopilados como parte del procedimiento de prueba de diagnóstico y se agregarán a nivel del sitio de prueba (p. ej., pruebas realizadas, porcentajes de raza y etnia, etc.).

Para la recolección de muestras de SARS-CoV-2, los facilitadores de pruebas guiarán a los participantes en el proceso de autorecolección. Para las fosas nasales anteriores, se indica a los participantes que coloquen el hisopo nasal aproximadamente 1 cm en la fosa nasal y lo giren, haciendo contacto con la membrana nasal durante 10 segundos y luego repitiendo el proceso con el mismo hisopo en la otra fosa nasal. Se indica a los padres que recolecten la muestra para su hijo si el niño tiene menos de 10 años o si el menor solicita asistencia de los padres. El personal del sitio de prueba puede ayudar a los participantes que tienen poca destreza o impedimentos físicos en la recolección de muestras. En caso de una lesión durante la recolección de muestras, el personal de la organización comunitaria asociada dirigirá al participante a los recursos médicos apropiados. Las muestras se colocarán en viales estériles con código de barras (matriz de 1 ml, tubos con tapón de rosca con código de barras) que contienen cada uno 500 microlitros (μl) de DNA/RNA Shield. Luego, cada tubo Matrix se cerrará herméticamente y se colocará en una gradilla de tubos de microcentrífuga de laboratorio de plástico estándar con ocho filas y doce columnas (gradilla de 8 por 12 con 96 posiciones). Luego, este estante se descontaminará externamente mediante una breve inmersión en peróxido de hidrógeno acelerado (H2O2). A continuación, se etiquetará cada gradilla de tubos de microcentrífuga de 96 posiciones y se colocará en un recipiente temporal estéril con hielo húmedo a 4 °C. Si es posible en cada sitio, las rejillas se transferirán periódicamente a un refrigerador (4C) o congelador (-20C) para su almacenamiento. Al final del día, todas las gradillas se transportarán en hielo húmedo al laboratorio de genómica clínica COVID-19 en la UO, asegurándose de que lleguen en un plazo máximo de 48 horas después de la recolección y, preferiblemente, en un plazo de 12 a 24 horas. Si el sitio de prueba está ubicado demasiado lejos para el transporte manual, las gradillas de tubos se asegurarán y enviarán mediante métodos rápidos en hielo seco.

A continuación, cada placa de recolección de 96 pocillos procederá al procesamiento molecular utilizando el protocolo de análisis Thermo Fisher TaqPath estándar aprobado por la FDA. Se seguirán exactamente todos los pasos de este protocolo aprobado, incluidos los reactivos, los volúmenes y la inclusión de los controles positivos y negativos apropiados. Además, los investigadores emplearán el sistema de análisis de software y los parámetros exactamente como se especifica. En primer lugar, se extraerá el ARN de cada pocillo con el kit de aislamiento de ácido nucleico viral/patógeno MagMax (ThermoFisher, n.º 100081242), que elimina la contaminación potencialmente inhibidora y aumenta la sensibilidad y la coherencia de los protocolos de qPCR posteriores. Dependiendo del número de muestras a procesar, la extracción de ARN se realizará a mano con pipetas multicanal o mediante el uso del robot Hamilton. A continuación, el ARN purificado se retrotranscribirá para su análisis con el kit TaqPath RT-PCR COVID-19 en termocicladores QuantStudio5 (QS5) de 96 pocillos o de 384 pocillos, según el número de muestras que se vayan a procesar. Si los técnicos de laboratorio necesitan procesar 384 muestras, utilizarán el robot de manipulación de líquidos Hamilton (Hamilton, Microlab VANTAGE 2.0) para alícuotas de cada una de las cuatro placas de 96 pocillos en el formato de placa de 384 pocillos para la posterior amplificación qPCR. En este proceso de RT-PCR, las sondas se hibridan con tres cebadores directos e inversos únicos para tres genes del SARS-CoV-2: ORF1ab, proteína N y proteína S.

Todo el laboratorio y los informes se automatizarán mediante el uso de códigos de barras, robótica, máquinas qPCR de 96 y 384 pocillos, y el uso de un Sistema de gestión de información de laboratorio (LIMS) totalmente compatible con HIPAA y CAP3 construido por L7 informatics (https://l7informatics. com/). Estas automatizaciones del sistema y el uso de LIMS permiten un mayor rendimiento (hasta varios miles de muestras por día) y un análisis rápido y un informe automatizado de los resultados a través de LIMS. Los datos de qPCR se almacenan en el sistema LIMS para su análisis utilizando el software interpretativo COVID-19 de Applied Biosystems para permitir una evaluación cualitativa de si el virus está presente en la muestra (un caso 'positivo'), ausente o incierto. El sistema LIMS en el laboratorio COVID-19-MAP permite la integración de este software de análisis en el paso apropiado de la tubería de flujo de trabajo de seguimiento de muestras general y, por lo tanto, el resultado inmediato se puede vincular al código de barras apropiado en la base de datos. Además, el sistema LIMS está conectado y se comunica a través de una red de área local (LAN) con todos los equipos (por ejemplo, robots y máquinas qPCR) para documentar cada paso del proceso para la validación CLIA. Los resultados de cada muestra y los metadatos asociados sobre los pasos durante el procesamiento se asocian luego con cada código de barras asignado y luego se pueden difundir, según corresponda, a la Autoridad de Salud de Oregón, al departamento de salud del condado correspondiente y al individuo. Los resultados de las pruebas estarán disponibles dentro de las 48 horas y no más tarde de 4 días para el individuo y/o la autoridad de salud.

Después de que se realicen las pruebas, los investigadores tendrán acceso a datos anonimizados agregados a nivel comunitario (p. ej., recuentos y tasas de prevalencia) preparados por el laboratorio de genómica clínica CLIA de la UO. Los datos incluirán cuatro identificadores de salud protegidos: código postal del sitio, código postal del participante, resultado de la prueba y fecha de la prueba. También incluirá datos demográficos, esta no es información de salud protegida, como el rango de edad, la raza y el origen étnico. Estos datos se utilizarán para evaluar las actividades de divulgación destinadas a aumentar la participación de los miembros de la comunidad Latinx en las pruebas de SARS-COV-2. El resultado principal para este aspecto del estudio son las tasas de pruebas a nivel del sitio de las personas Latinx.

Evaluación del tamaño de la muestra, plan para datos faltantes, plan de análisis estadístico: para la evaluación de la eficacia primaria de la intervención de Promotores, los investigadores emplearán el análisis de covarianza de la teoría normal estándar (ANCOVA) y el modelo lineal autorregresivo para resultados continuos como COVID-19 conocimiento; y emplearán modelos lineales generalizados previos y posteriores para contar y ordenar resultados categóricos, como la proporción de Latinx evaluados en cada sitio geográfico. Para abordar la falta de independencia de los participantes en el diseño de la intervención, los investigadores estimarán modelos mixtos lineales. Se esperan dos fuentes primarias de datos faltantes, la falta de respuesta del ítem y el desgaste a lo largo del tiempo. Para la deserción, los investigadores realizarán análisis de deserción estándar para comparar las características de referencia entre los que abandonaron y los que completaron. Considerarán los procedimientos de emparejamiento de puntuación de propensión y los modelos de efectos causales promedio del cumplidor para abordar las diferencias sustanciales. Para la falta de respuesta de ítems y el desarrollo de puntajes de escala, los investigadores requerirán que el 70% de los ítems de escala estén presentes para calificar. Comprobarán si los datos de nivel de escala faltan completamente al azar (MCAR) dentro de las olas y luego a través de las olas. Si los datos no son MCAR, bajo los supuestos de ausencia aleatoria (MAR, es decir, los datos no dependen de los valores faltantes de la variable de respuesta a la intervención), los investigadores emplearán uno de los dos enfoques recomendados para SEM, máxima verosimilitud de información completa (FIML) o imputación múltiple (IM). Si bien estos enfoques pueden ser problemáticos cuando faltan datos que no se pueden ignorar, todavía se recomiendan para manejar la falta, en particular con las covariables asociadas con la deserción. Ambos métodos proporcionan errores estándar más eficientes que la eliminación por listas o por pares, o la sustitución de medias. En caso de que los datos faltantes o la deserción estén asociados con las covariables, los investigadores incluirán las covariables apropiadas en las pruebas de hipótesis. Para los resultados del criterio de nivel individual previo y posterior, 38 sitios con aproximadamente 50 a 100 participantes por sitio más deserción (n = 2160) un nivel alfa de .05 y correlaciones intraclase que van desde .05 a .20 proporciona poder para detectar efectos que van desde .19 a .32, respectivamente (pequeño a moderado).

Finalmente, los datos se recopilarán de acuerdo con los "elementos de datos comunes" de Nivel 1 del Centro Nacional de Coordinación y Recopilación de Datos de Duke (CDCC). El CDCC ayuda directamente a cada proyecto RADx-UP individual para optimizar el compromiso, el alcance, las estrategias de prueba y para facilitar las oportunidades de aprendizaje conjunto entre los proyectos RADx-UP. Los datos de resultados clave y los procedimientos de prueba para obtener la muestra, la plataforma de análisis, los procedimientos de análisis y los resultados de la prueba se recopilarán y representarán de manera consistente para la armonización en todo el consorcio, integrados con los requisitos de informes de prueba bajo el Coronavirus Aid, Relief, and Economic. Ley de Seguridad (Ley CARES).