Studie izolátů E. coli z recidivujících infekcí močových cest (Per-UTI)

V klinickém kontextu jsou perzistentní látky potenciálním problémem, protože udržují chronické infekce a zvyšují rozvoj rezistence na antibiotika. Proto jsou velmi potřebné nové terapeutické strategie pro boj proti perzistentním osobám. Většina mechanistických studií o perzistenci se dosud zabývá laboratorními kmeny. Hlavním cílem tohoto projektu je definovat principy persistence a její evoluce v přirozených kmenech E. coli izolovaných od pacientů. Izoláty budou odebírány následujícím způsobem od tří typů pacientů odpovídajících 3 různým klinickým situacím, kde je pravděpodobná recidivující infekce

(A) Pacienti s infekcí močových cest způsobenou E. coli, s neurologickými poruchami nebo bez nich.

První návštěva: u pacientů s podezřením na UTI je před zahájením jakékoli antibiotické léčby odebrán první vzorek moči (jako součást rutinního diagnostického postupu pro tento typ infekce). Podobně se odebere vzorek krve, aby se zjistila možná průvodní sepse, pokud to lékař považuje za užitečné. Pokud je diagnóza UTI potvrzena, bude po vysvětlení studie ze strany zkoušejícího získán informovaný souhlas, který objasní, že pacient bude zařazen pouze v případě, že bude E. coli izolována z moči. Pokud pacient s účastí souhlasí, vzorky budou uchovávány při teplotě -80 °C pro další analýzu. Pomocí standardizovaného dotazníku se sestaví podrobná anamnéza týkající se nedávných infekcí močových cest a antibiotik užívaných pacienty, případně s pomocí rodinného lékaře pacienta, pokud souhlasí.

Další návštěvy: Pokud se pacienti vrátí pro další epizodu (nejméně 2 týdny po ukončení léčby předchozích epizod) nebo pro kontrolní návštěvu, budou shromážděna data týkající se jejich nedávné anamnézy infekce močových cest a užívání antibiotik pomocí standardizované dotazníky. Bude odebrán nový vzorek moči. Pokud pacienti konzultují novou epizodu se svým praktickým lékařem, budou požádáni, aby vyplnili formulář u svého praktického lékaře a instruovali laboratoř, kde se provádí analýza nového vzorku, aby poslala kmen do Saint Luc (náklady budou hrazeny). Bude poskytnuta písemná instrukce.

DŮLEŽITÉ: Sběr vzorků moči pro tuto studii nebude bránit SOC. Vzorky se odebírají podle protokolů používaných u pacientů s UTI (a sepsí). Antibiotický režim nebude na základě těchto výsledků upraven. Při podpisu informovaného souhlasu budou pacienti informováni, že nebudou mít ze studie osobní prospěch, ale pomohou vědeckému výzkumu.

(B-C) Pacienti, u kterých je plánováno zavedení suprapubického nebo nefrostomického katétru.

Návštěva 1 Tito pacienti jsou sledováni na oddělení nebo na konzultaci pro různé problémy, které nesouvisejí s UTI. Během této návštěvy je získán informovaný souhlas a výzkumník vysvětlí studii. Pomocí standardizovaného dotazníku se sestaví podrobná anamnéza týkající se nedávných infekcí močových cest a antibiotik užívaných pacienty, případně s pomocí rodinného lékaře pacienta, pokud souhlasí. Odebere se první vzorek moči.

Návštěva 2 (pokud nebyla provedena při návštěvě 1) Zavedení katétru a odběr nového vzorku moči (opět je součástí standardní péče, nikoli studijního postupu).

Další návštěvy Pravidelná výměna katétru, každých 6 týdnů na urologickém oddělení. Během těchto návštěv jsou pacienti dotázáni na jejich nedávnou anamnézu UTI a případné užívání antibiotik. Před výměnou se odebere vzorek moči a odebere se hrot starého katétru (dle standardní péče). Izoláty z moči budou zmraženy a špičky katétru zpracovány pro narušení biofilmu a zmrazení bakterií.

DŮLEŽITÉ: Sběr vzorků moči pro tuto studii nebude bránit SOC. Vzorky se odebírají podle protokolů používaných u pacientů s UTI (a sepsí). Antibiotický režim (pokud existuje) nebude na základě těchto výsledků upraven. Při podpisu informovaného souhlasu budou pacienti informováni, že nebudou mít ze studie osobní prospěch, ale pomohou vědeckému výzkumu.

Nábor pacientů bude probíhat po dobu dvou let. U každého pacienta bude trvání účasti odpovídat (A) každé epizodě UTI se sepsí během tohoto časového období a (B-C) době, během které zůstává katétr na místě po dobu studie.

Přímo po odběru budou biofilmy na špičkách katétru narušeny podle interních protokolů U vzorků moči i biofilmů špiček katétru budou bakteriální kmeny izolovány naočkováním na selektivní agarové plotny (MacConkey, mannitolová sůl, cetrimid…) s následnou aerobní inkubací při 37 °C po dobu 24 hodin. Bakteriální izoláty pozorované na miskách se selektivním médiem budou asepticky subkultivovány na čerstvě připravených miskách s médiem a podrobeny identifikaci. U pacientů s recidivujícími infekcemi močových cest předpokládáme nález především Escherichia coli, u pacientů se suprapubickým katetrem především E. coli, dále kmeny Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis a Klebsiella pneumoniae. Pro studii bude uložena pouze E. coli.

Izoláty pak budou převedeny do výzkumné laboratoře sponzora k další molekulární analýze (určení persistentního charakteru v přítomnosti antibiotika, v podstatě WGS).