Estudio de aislamientos de E. Coli de infecciones recurrentes del tracto urinario (Per-UTI)

En un contexto clínico, los persistentes son una preocupación potencial ya que perpetúan las infecciones crónicas y aumentan el desarrollo de resistencia a los antibióticos. Por lo tanto, son muy necesarias nuevas estrategias terapéuticas para combatir la persistencia. La mayoría de los estudios mecanicistas sobre la persistencia hasta la fecha se ocupan de las cepas de laboratorio. El objetivo principal de este proyecto es definir principios de persistencia y su evolución en cepas naturales de E. coli aisladas de pacientes. Los aislamientos se recolectarán de la siguiente manera, de tres tipos de pacientes correspondientes a 3 situaciones clínicas diferentes en las que es probable que haya una infección recurrente

(A) Pacientes con infección del tracto urinario por E. coli, con o sin trastornos neurológicos.

Primera visita: para pacientes con sospecha de ITU, se toma una primera muestra de orina (como parte del procedimiento de diagnóstico de rutina para este tipo de infección), antes de iniciar cualquier tratamiento antibiótico. Asimismo, se toma una muestra de sangre para establecer una posible sepsis concomitante si el médico lo considera útil. Si se confirma el diagnóstico de ITU, se obtendrá el consentimiento informado después de la explicación del estudio por parte del investigador, dejando claro que el paciente será incluido solo si se aísla E. coli de la orina. Si el paciente acepta participar, las muestras se almacenarán a -80 °C para su posterior análisis. A través de un cuestionario estandarizado, se elabora una historia clínica detallada sobre las ITU recientes y los antibióticos tomados por los pacientes, posiblemente con la ayuda del médico de familia del paciente si éste está de acuerdo.

Próximas visitas: Si el paciente vuelve por otro episodio (al menos 2 semanas después de haber resuelto la finalización del tratamiento de los episodios anteriores), o para una visita de control, se recopilarán datos sobre su historial reciente de ITU y el uso de antibióticos mediante cuestionarios estandarizados. Se recolectará una nueva muestra de orina. Si los pacientes consultan a su médico de cabecera por un nuevo episodio, se les pedirá que completen el formulario con su médico de cabecera e instruyan al laboratorio donde se realiza el análisis de la nueva muestra para enviar la cepa a Saint Luc (el costo estará cubierto). Se proporcionarán instrucciones por escrito.

IMPORTANTE: La recolección de muestras de orina para este estudio no impedirá el SOC. Las muestras se toman siguiendo los protocolos utilizados para pacientes con ITU (y sepsis). El régimen de antibióticos no se adaptará en función de estos resultados. Al firmar el consentimiento informado, se informará a los pacientes que no se beneficiarán personalmente del estudio sino que ayudarán a la investigación científica.

(B-C) Pacientes en los que se planea la inserción de un catéter suprapúbico o de nefrostomía.

Visita 1 Estos pacientes son vistos en la sala o consulta por una variedad de problemas no relacionados con la UTI. Durante esta visita, se obtiene el consentimiento informado y el investigador explica el estudio. Utilizando un cuestionario estandarizado, se elabora una historia clínica detallada sobre infecciones urinarias recientes y antibióticos tomados por los pacientes, posiblemente con la ayuda del médico de familia del paciente si está de acuerdo. Se recoge una primera muestra de orina.

Visita 2 (si no se realizó en la visita 1) Inserción del catéter y recolección de una nueva muestra de orina (nuevamente, esto es parte del estándar de atención y no un procedimiento de estudio).

Próximas visitas Cambio periódico del catéter, cada 6 semanas en el servicio de urología. Durante estas visitas, se pregunta a los pacientes sobre su historial reciente de UTI y cualquier uso de antibióticos. Antes del intercambio, se toma una muestra de orina y se recolecta la punta del catéter viejo (según el estándar de cuidado). Los aislamientos de la orina se congelarán y las puntas de los catéteres se procesarán para romper la biopelícula y congelar las bacterias.

IMPORTANTE: La recolección de muestras de orina para este estudio no impedirá el SOC. Las muestras se toman siguiendo los protocolos utilizados para pacientes con ITU (y sepsis). El régimen de antibióticos (si corresponde) no se adaptará en función de estos resultados. Al firmar el consentimiento informado, se informará a los pacientes que no se beneficiarán personalmente del estudio sino que ayudarán a la investigación científica.

Los pacientes serán reclutados durante un período de dos años. Para cada paciente, la duración de la participación corresponderá (A) a cada episodio de ITU con sepsis durante ese periodo de tiempo y (B-C) al periodo de permanencia del catéter durante el periodo de estudio.

Inmediatamente después de la recolección, las biopelículas en las puntas de los catéteres se romperán siguiendo los protocolos internos. Tanto para las muestras de orina como para las biopelículas de las puntas de los catéteres, las cepas bacterianas se aislarán mediante la inoculación en placas de agar selectivas (MacConkey, sal de manitol, cetrimida...), seguido de una incubación aeróbica. a 37°C durante 24h. Los aislados bacterianos observados en las placas de medios selectivos se subcultivarán asépticamente en placas de medios recién preparadas y se someterán a identificación. Para los pacientes que sufren de infecciones urinarias recurrentes, esperamos encontrar principalmente Escherichia coli, mientras que para los pacientes con un catéter suprapúbico esperamos principalmente E. coli, así como cepas de Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis y Klebsiella pneumoniae. Solo se almacenará E. coli para el estudio.

Luego, los aislados se transferirán al laboratorio de investigación del patrocinador para un análisis molecular adicional (determinación del carácter persistente en presencia de antibiótico, WGS, esencialmente).