Studie av E. Coli-isolater fra tilbakevendende urinveisinfeksjoner (Per-UTI)

I en klinisk sammenheng er persister av potensiell bekymring da de opprettholder kroniske infeksjoner og øker utviklingen av antibiotikaresistens. Nye terapeutiske strategier for å bekjempe persister er derfor sterkt nødvendige. De fleste mekanistiske studier på utholdenhet hittil omhandler laboratoriebelastninger. Hovedmålet med dette prosjektet er å definere prinsipper for persistens og dens utvikling i naturlige stammer av E. coli isolert fra pasienter. Isolater vil bli samlet inn som følger, fra tre typer pasienter som tilsvarer 3 forskjellige kliniske situasjoner hvor gjentakende infeksjon er sannsynlig

(A) Pasienter med urinveisinfeksjon forårsaket av E. coli, med eller uten nevrologiske lidelser.

Første besøk: for pasienter som mistenkes for UVI, tas en første urinprøve (som en del av rutinediagnoseprosedyren for denne typen infeksjon), før du starter antibiotikabehandling. Likeledes tas det en blodprøve for å etablere en mulig samtidig sepsis dersom legen anser det som nyttig. Hvis diagnosen UVI bekreftes, vil informert samtykke innhentes etter forklaring av studien fra utrederen, noe som gjør det klart at pasienten vil bli inkludert bare hvis E. coli isoleres fra urinen. Dersom pasienten samtykker i å delta, vil prøvene lagres ved -80°C for videre analyse. Ved hjelp av et standardisert spørreskjema utarbeides en detaljert sykehistorie om nylige UVI og antibiotika tatt av pasientene, eventuelt med hjelp av fastlegen til pasienten hvis han/hun er enig.

Neste besøk: Hvis pasientene kommer tilbake for en ny episode (minst 2 uker etter avsluttet behandling for de foregående episodene), eller for et kontrollbesøk, vil data om deres nylige UVI-historie og antibiotikabruk bli samlet inn ved hjelp av standardiserte spørreskjemaer. En ny urinprøve vil bli tatt. Hvis pasientene konsulterer fastlegen sin for en ny episode, vil de bli bedt om å fylle ut skjemaet med fastlegen og instruere laboratoriet der analysen av den nye prøven gjøres for å sende stammen til Saint Luc (kostnadene dekkes). Skriftlig instruksjon vil bli gitt.

VIKTIG: Innsamling av urinprøver for denne studien vil ikke hindre SOC. Prøver tas etter protokollene som brukes for pasienter med UVI (og sepsis). Antibiotikakuren vil ikke bli tilpasset basert på disse resultatene. Når de signerer det informerte samtykket, vil pasientene bli informert om at de ikke vil ha personlig nytte av studien, men hjelpe vitenskapelig forskning.

(B-C) Pasienter som er planlagt å gjennomgå innsetting av et suprapubisk eller nefrostomikateter.

Besøk 1 Disse pasientene blir sett på avdeling eller konsultasjon for en rekke ikke-UVI-relaterte problemer. Under dette besøket innhentes informert samtykke og studien forklares av etterforskeren. Ved hjelp av et standardisert spørreskjema, utarbeides en detaljert sykehistorie om nylige UVI og antibiotika tatt av pasientene, eventuelt med hjelp av fastlegen til pasienten hvis han/hun er enig. En første urinprøve tas.

Besøk 2 (hvis ikke utført i besøk 1) Innsetting av kateter og innsamling av ny urinprøve (igjen, dette er en del av standardbehandling og ikke en studieprosedyre).

Neste besøk Regelmessig bytte av kateter, hver 6. uke ved urologisk avdeling. Under disse besøkene blir pasientene spurt om deres nylige UVI-historie og eventuell antibiotikabruk. Før byttet tas en urinprøve og tuppen av det gamle kateteret samles opp (i henhold til standarden for omsorg). Isolater fra urin vil bli frosset og kateterspissene vil bli behandlet for biofilmavbrudd og frysing av bakterier.

VIKTIG: Innsamling av urinprøver for denne studien vil ikke hindre SOC. Prøver tas etter protokollene som brukes for pasienter med UVI (og sepsis). Antibiotikakuren (hvis noen) vil ikke bli tilpasset basert på disse resultatene. Når de signerer det informerte samtykket, vil pasientene bli informert om at de ikke vil ha personlig nytte av studien, men hjelpe vitenskapelig forskning.

Pasienter vil bli rekruttert over en toårsperiode. For hver pasient vil varigheten av deltakelsen tilsvare (A) hver episode av UVI med sepsis over den tidsperioden og (B-C) til perioden et kateter forblir på plass i løpet av studieperioden.

Direkte etter innsamling vil biofilmer på kateterspisser bli forstyrret i henhold til interne protokoller. For både urinprøver og kateterspissbiofilmer, vil bakteriestammer isoleres ved å inokulere på selektive agarplater (MacConkey, mannitolsalt, cetrimide ...), etterfulgt av aerob inkubasjon ved 37°C i 24 timer. Bakterieisolater observert på de selektive medieplatene vil subkultiveres aseptisk på nylagde medieplater og utsettes for identifikasjon. For pasienter som lider av tilbakevendende UVI, forventer vi hovedsakelig å finne Escherichia coli, mens for pasienter med suprapubisk kateter forventer vi hovedsakelig E. coli, samt Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis og Klebsiella pneumoniae-stammer. Kun E. coli vil bli lagret for studien.

Isolater vil deretter bli overført til sponsorens forskningslaboratorium for videre molekylær analyse (bestemmelse av persisterkarakter i nærvær av antibiotika, i hovedsak WGS).