Undersøgelse af E. Coli-isolater fra tilbagevendende urinvejsinfektioner (Per-UTI)

I en klinisk sammenhæng er persister af potentiel bekymring, da de fastholder kroniske infektioner og øger udviklingen af ​​antibiotikaresistens. Nye terapeutiske strategier til at bekæmpe persister er derfor stærkt nødvendige. De fleste mekanistiske undersøgelser af persistens til dato omhandler laboratoriestammer. Hovedmålet med dette projekt er at definere principper for persistens og dens udvikling i naturlige stammer af E. coli isoleret fra patienter. Isolater vil blive indsamlet som følger fra tre typer patienter svarende til 3 forskellige kliniske situationer, hvor tilbagevendende infektion er sandsynlig

(A) Patienter med urinvejsinfektion forårsaget af E. coli, med eller uden neurologiske lidelser.

Første besøg: for patienter, der mistænkes for UVI, udtages en første urinprøve (som en del af rutinediagnoseproceduren for denne type infektion), før en eventuel antibiotikabehandling påbegyndes. Ligeledes udtages en blodprøve for at fastslå en mulig samtidig sepsis, hvis lægen anser det for nyttigt. Hvis diagnosen UVI bekræftes, indhentes informeret samtykke efter forklaring af undersøgelsen fra investigator, hvilket gør det klart, at patienten kun vil blive inkluderet, hvis E. coli isoleres fra urinen. Hvis patienten accepterer at deltage, vil prøverne blive opbevaret ved -80°C til yderligere analyse. Ved hjælp af et standardiseret spørgeskema udarbejdes en detaljeret sygehistorie vedrørende nylige UVI og antibiotika taget af patienterne, eventuelt med hjælp fra patientens familielæge, hvis han/hun er enig.

Næste besøg: Hvis patienterne kommer tilbage til en anden episode (mindst 2 uger efter afslutningen af ​​behandlingen for de tidligere episoder er løst), eller til et kontrolbesøg, vil data vedrørende deres seneste UVI-historie og antibiotikabrug blive indsamlet vha. standardiserede spørgeskemaer. En ny urinprøve vil blive indsamlet. Hvis patienterne konsulterer deres læge for en ny episode, vil de blive bedt om at udfylde formularen med deres læge og instruere laboratoriet, hvor analysen af ​​den nye prøve udføres, om at sende stammen til Saint Luc (omkostningerne vil blive dækket). Der vil blive givet skriftlig instruktion.

VIGTIGT: Indsamlingen af ​​urinprøver til denne undersøgelse vil ikke hæmme SOC. Prøver udtages efter de protokoller, der anvendes til patienter med UVI (og sepsis). Antibiotikakuren vil ikke blive tilpasset baseret på disse resultater. Når de underskriver det informerede samtykke, vil patienterne blive informeret om, at de ikke personligt vil drage fordel af undersøgelsen, men hjælpe med videnskabelig forskning.

(B-C) Patienter, der er planlagt til at gennemgå indsættelse af et suprapubisk eller nefrostomikateter.

Besøg 1 Disse patienter ses på afdelingen eller konsultationen for en række ikke-UVI-relaterede problemer. Under dette besøg indhentes informeret samtykke, og undersøgelsen forklares af investigator. Ved hjælp af et standardiseret spørgeskema sammensættes en detaljeret sygehistorie vedrørende nylige urinvejsinfektioner og antibiotika taget af patienterne, eventuelt med hjælp fra patientens familielæge, hvis han/hun er enig. En første urinprøve udtages.

Besøg 2 (hvis ikke udført i besøg 1) Indsættelse af kateteret og opsamling af en ny urinprøve (igen er dette en del af standardbehandling og ikke en undersøgelsesprocedure).

Næste besøg Regelmæssig udskiftning af kateteret, hver 6. uge på urologisk afdeling. Under disse besøg bliver patienterne spurgt om deres seneste UVI-historie og eventuel brug af antibiotika. Før udskiftningen udtages en urinprøve, og spidsen af ​​det gamle kateter opsamles (i henhold til standarden for pleje). Isolater fra urin vil blive frosset, og kateterspidserne vil blive behandlet til biofilmafbrydelse og frysning af bakterier.

VIGTIGT: Indsamlingen af ​​urinprøver til denne undersøgelse vil ikke hæmme SOC. Prøver udtages efter de protokoller, der anvendes til patienter med UVI (og sepsis). Antibiotikakuren (hvis nogen) vil ikke blive tilpasset baseret på disse resultater. Når de underskriver det informerede samtykke, vil patienterne blive informeret om, at de ikke personligt vil drage fordel af undersøgelsen, men hjælpe med videnskabelig forskning.

Patienterne vil blive rekrutteret over en periode på to år. For hver patient vil varigheden af ​​deltagelsen svare (A) til hver episode af UVI med sepsis over denne tidsperiode og (B-C) til den periode, hvor et kateter forbliver på plads i løbet af undersøgelsesperioden.

Direkte efter indsamling vil biofilm på kateterspidser blive forstyrret i henhold til interne protokoller. For både urinprøver og kateterspidsbiofilm vil bakteriestammer blive isoleret ved inokulering på selektive agarplader (MacConkey, mannitolsalt, cetrimid …), efterfulgt af aerob inkubation ved 37°C i 24 timer. Bakterieisolater observeret på de selektive medieplader vil subkultureres aseptisk på frisklavede medieplader og udsættes for identifikation. For patienter, der lider af tilbagevendende UVI, forventer vi hovedsageligt at finde Escherichia coli, mens vi for patienter med et suprapubisk kateter hovedsageligt forventer E. coli samt Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis og Klebsiella pneumoniae stammer. Kun E. coli vil blive opbevaret til undersøgelsen.

Isolater vil derefter blive overført til sponsorens forskningslaboratorium for yderligere molekylær analyse (bestemmelse af persisterkarakter i nærvær af antibiotikum, i det væsentlige WGS).