Изучение изолятов E. Coli при рецидивирующих инфекциях мочевыводящих путей (Per-UTI)

В клиническом контексте персистентность представляет собой потенциальную проблему, поскольку она увековечивает хронические инфекции и способствует развитию устойчивости к антибиотикам. Поэтому крайне необходимы новые терапевтические стратегии для борьбы с персистентами. Большинство механистических исследований персистенции на сегодняшний день касаются лабораторных штаммов. Основной целью этого проекта является определение принципов персистенции и ее эволюции у природных штаммов E. coli, выделенных от пациентов. Изоляты будут собираться следующим образом: от трех типов пациентов, соответствующих трем различным клиническим ситуациям, при которых вероятна рецидивирующая инфекция.

(A) Пациенты с инфекцией мочевыводящих путей, вызванной кишечной палочкой, с неврологическими расстройствами или без них.

Первый визит: у пациентов с подозрением на ИМП берется первый образец мочи (как часть обычной процедуры диагностики этого типа инфекции) до начала лечения антибиотиками. Аналогичным образом берется образец крови для установления возможного сопутствующего сепсиса, если врач сочтет это целесообразным. Если диагноз ИМП подтвержден, информированное согласие будет получено после разъяснения исследователем сути исследования с указанием того, что пациент будет включен только в том случае, если E. coli будет выделена из мочи. Если пациент соглашается участвовать, образцы будут храниться при температуре -80°C для дальнейшего анализа. С помощью стандартизированной анкеты составляется подробный анамнез относительно недавних инфекций мочевыводящих путей и принимаемых пациентами антибиотиков, возможно, с помощью семейного врача пациента, если он согласен.

Следующие визиты: если пациенты возвращаются для другого эпизода (по крайней мере, через 2 недели после окончания лечения предыдущих эпизодов) или для контрольного визита, данные, касающиеся их недавнего анамнеза ИМП и использования антибиотиков, будут собраны с использованием стандартизированные анкеты. Будет собран новый образец мочи. Если пациенты консультируются со своим терапевтом по поводу нового эпизода, им будет предложено заполнить форму вместе со своим терапевтом и проинструктировать лабораторию, где проводится анализ нового образца, отправить штамм в Сент-Люк (стоимость будет покрыта). Будет предоставлена ​​письменная инструкция.

ВАЖНО: Сбор образцов мочи для этого исследования не будет препятствовать SOC. Образцы берутся в соответствии с протоколами, используемыми для пациентов с ИМП (и сепсисом). Схема антибиотикотерапии не будет адаптирована на основании этих результатов. При подписании информированного согласия пациенты будут проинформированы о том, что они не получат личной выгоды от исследования, но помогут научным исследованиям.

(B-C) Пациенты, которым планируется введение надлобкового или нефростомического катетера.

Визит 1 Этих пациентов осматривают в отделении или на консультации по поводу различных проблем, не связанных с ИМП. Во время этого визита исследователь получает информированное согласие и разъясняет ход исследования. С помощью стандартизированной анкеты составляется подробный анамнез относительно недавних ИМП и принимаемых пациентами антибиотиков, возможно, с помощью семейного врача пациента, если он/она согласен. Собирается первый образец мочи.

Визит 2 (если он не был проведен во время визита 1) Введение катетера и сбор нового образца мочи (опять же, это часть стандартного лечения, а не процедура исследования).

Следующие визиты Регулярная замена катетера каждые 6 недель в урологическом отделении. Во время этих посещений пациентов спрашивают об их недавнем анамнезе ИМП и применении антибиотиков. Перед заменой берется образец мочи и собирается кончик старого катетера (в соответствии со стандартом медицинской помощи). Изоляты из мочи будут заморожены, а кончики катетеров обработаны для разрушения биопленки и замораживания бактерий.

ВАЖНО: Сбор образцов мочи для этого исследования не будет препятствовать SOC. Образцы берутся в соответствии с протоколами, используемыми для пациентов с ИМП (и сепсисом). Схема антибиотикотерапии (если таковая имеется) не будет адаптирована на основании этих результатов. При подписании информированного согласия пациенты будут проинформированы о том, что они не получат личной выгоды от исследования, но помогут научным исследованиям.

Пациентов будут набирать в течение двух лет. Для каждого пациента продолжительность участия будет соответствовать (A) каждому эпизоду ИМП с сепсисом за этот период времени и (B-C) периоду, в течение которого катетер остается на месте в течение периода исследования.

Непосредственно после сбора биопленки на кончиках катетеров будут разрушены в соответствии с внутренними протоколами Как для образцов мочи, так и для биопленок на кончиках катетеров бактериальные штаммы будут выделены путем посева на чашки с селективным агаром (MacConkey, маннитовая соль, цетримид…) с последующей аэробной инкубацией. при 37°С в течение 24 часов. Бактериальные изоляты, наблюдаемые на чашках с селективными средами, в асептических условиях пересевают на чашки со свежеприготовленными средами и подвергают идентификации. У пациентов, страдающих рецидивирующими ИМП, мы ожидаем обнаружить в основном Escherichia coli, в то время как у пациентов с надлобковым катетером мы ожидаем в основном E. coli, а также штаммы Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis и Klebsiella pneumoniae. Только кишечная палочка будет храниться для исследования.

Затем изоляты будут переданы в исследовательскую лабораторию спонсора для дальнейшего молекулярного анализа (определение персистентного характера в присутствии антибиотика, в основном WGS).