Studie van E. coli-isolaten van terugkerende urineweginfecties (Per-UTI)

In een klinische context zijn persisterende bacteriën mogelijk zorgwekkend omdat ze chronische infecties in stand houden en de ontwikkeling van antibioticaresistentie bevorderen. Nieuwe therapeutische strategieën om volharders te bestrijden zijn daarom hard nodig. De meeste mechanistische onderzoeken naar persistentie tot nu toe hebben betrekking op laboratoriumstammen. Het hoofddoel van dit project is het definiëren van de principes van persistentie en de evolutie ervan in natuurlijke stammen van E. coli geïsoleerd uit patiënten. Isolaten worden als volgt verzameld van drie soorten patiënten die overeenkomen met drie verschillende klinische situaties waarin terugkerende infectie waarschijnlijk is

(A) Patiënten met een urineweginfectie veroorzaakt door E. coli, met of zonder neurologische aandoeningen.

Eerste bezoek : bij patiënten die verdacht worden van een urineweginfectie wordt een eerste urinemonster afgenomen (als onderdeel van de routinediagnoseprocedure voor dit type infectie), voordat een antibioticakuur wordt gestart. Evenzo wordt een bloedmonster genomen om een ​​mogelijke bijkomende sepsis vast te stellen, indien dit door de arts nuttig wordt geacht. Als de diagnose UTI wordt bevestigd, zal geïnformeerde toestemming worden verkregen na uitleg van het onderzoek door de onderzoeker, waarbij duidelijk wordt gemaakt dat de patiënt alleen wordt opgenomen als E. coli uit de urine wordt geïsoleerd. Als de patiënt ermee instemt om deel te nemen, worden de monsters bewaard bij -80°C voor verdere analyse. Aan de hand van een gestandaardiseerde vragenlijst wordt een gedetailleerde medische anamnese opgemaakt over recente urineweginfecties en antibiotica die de patiënt heeft ingenomen, eventueel met de hulp van de huisarts van de patiënt als deze akkoord gaat.

Volgende bezoeken: Als de patiënten terugkomen voor een volgende episode (minstens 2 weken nadat het einde van de behandeling voor de vorige episoden is verdwenen), of voor een controlebezoek, zullen gegevens over hun recente UTI-geschiedenis en antibioticagebruik worden verzameld met behulp van gestandaardiseerde vragenlijsten. Er wordt een nieuw urinemonster afgenomen. Als de patiënten hun huisarts raadplegen voor een nieuwe episode, zullen ze worden gevraagd om het formulier in te vullen met hun huisarts en het laboratorium waar de analyse van het nieuwe monster wordt uitgevoerd te instrueren om de stam naar Saint Luc te sturen (kosten worden vergoed). Er wordt schriftelijke instructie gegeven.

BELANGRIJK: Het verzamelen van urinemonsters voor dit onderzoek vormt geen belemmering voor de SOC. Monsters worden genomen volgens de protocollen die worden gebruikt voor patiënten met UTI's (en sepsis). Op basis van deze resultaten wordt het antibioticaregime niet aangepast. Bij het ondertekenen van de geïnformeerde toestemming zullen de patiënten worden geïnformeerd dat zij niet persoonlijk zullen profiteren van de studie, maar zullen helpen bij het wetenschappelijk onderzoek.

(B-C) Patiënten bij wie gepland is dat ze een suprapubische of nefrostomiekatheter zullen inbrengen.

Bezoek 1 Deze patiënten worden op de afdeling of consultatie gezien voor uiteenlopende niet-UTI-gerelateerde problemen. Tijdens dit bezoek wordt geïnformeerde toestemming verkregen en wordt het onderzoek toegelicht door de onderzoeker. Aan de hand van een gestandaardiseerde vragenlijst wordt een gedetailleerde medische anamnese opgesteld met betrekking tot recente urineweginfecties en antibiotica die de patiënt heeft ingenomen, eventueel met de hulp van de huisarts van de patiënt als hij/zij hiermee instemt. Een eerste urinemonster wordt verzameld.

Bezoek 2 (indien niet uitgevoerd in bezoek 1) Inbrengen van de katheter en verzameling van een nieuw urinemonster (wederom, dit is onderdeel van de standaardzorg en geen onderzoeksprocedure).

Volgende bezoeken Regelmatige vervanging van de katheter, elke 6 weken op de afdeling urologie. Tijdens deze bezoeken worden patiënten gevraagd naar hun recente urineweginfectie en eventueel antibioticagebruik. Voorafgaand aan de vervanging wordt een urinemonster genomen en wordt de punt van de oude katheter verzameld (volgens de zorgstandaard). Isolaten uit urine zullen worden ingevroren en de uiteinden van de katheter zullen worden verwerkt voor verstoring van de biofilm en bevriezing van bacteriën.

BELANGRIJK: Het verzamelen van urinemonsters voor dit onderzoek vormt geen belemmering voor de SOC. Monsters worden genomen volgens de protocollen die worden gebruikt voor patiënten met UTI's (en sepsis). Het antibioticaregime (indien aanwezig) wordt niet aangepast op basis van deze resultaten. Bij het ondertekenen van de geïnformeerde toestemming zullen de patiënten worden geïnformeerd dat zij niet persoonlijk zullen profiteren van de studie, maar zullen helpen bij het wetenschappelijk onderzoek.

Patiënten worden geworven over een periode van twee jaar. Voor elke patiënt komt de duur van deelname overeen (A) met elke episode van UTI met sepsis gedurende die periode en (B-C) met de periode waarin een katheter gedurende de onderzoeksperiode op zijn plaats blijft.

Direct na afname worden biofilms op kathetertips verbroken volgens interne protocollen Voor zowel urinemonsters als biofilms voor kathetertip worden bacteriestammen geïsoleerd door inoculatie op selectieve agarplaten (MacConkey, mannitolzout, cetrimide …), gevolgd door aerobe incubatie bij 37°C gedurende 24 uur. Bacteriële isolaten die op de selectieve mediaplaten worden waargenomen, zullen aseptisch worden gesubkweekt op vers bereide mediaplaten en aan identificatie worden onderworpen. Bij patiënten met recidiverende urineweginfecties verwachten we voornamelijk Escherichia coli, terwijl we bij patiënten met een suprapubische katheter voornamelijk E. coli verwachten, evenals stammen van Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis en Klebsiella pneumoniae. Alleen E. coli wordt bewaard voor het onderzoek.

Isolaten worden vervolgens overgebracht naar het onderzoekslaboratorium van de sponsor voor verdere moleculaire analyse (bepaling van persistentiekarakter in aanwezigheid van antibioticum, in wezen WGS).