Estudo de isolados de E. Coli de infecções recorrentes do trato urinário (Per-UTI)

Em um contexto clínico, os persistentes são uma preocupação potencial, pois perpetuam infecções crônicas e aumentam o desenvolvimento de resistência a antibióticos. Novas estratégias terapêuticas para combater os persistentes são, portanto, altamente necessárias. A maioria dos estudos mecanísticos sobre persistência até o momento lidam com cepas de laboratório. O principal objetivo deste projeto é definir princípios de persistência e sua evolução em cepas naturais de E. coli isoladas de pacientes. Os isolados serão coletados da seguinte forma, de três tipos de pacientes correspondentes a 3 situações clínicas diferentes em que a infecção recorrente é provável

(A) Pacientes com infecção do trato urinário causada por E. coli, com ou sem distúrbios neurológicos.

Primeira visita: para pacientes com suspeita de ITU, uma primeira amostra de urina é coletada (como parte do procedimento de diagnóstico de rotina para esse tipo de infecção), antes de iniciar qualquer tratamento com antibióticos. Da mesma forma, uma amostra de sangue é coletada para estabelecer uma possível sepse concomitante, se considerada útil pelo médico. Se o diagnóstico de ITU for confirmado, o consentimento informado será obtido após a explicação do estudo pelo investigador, deixando claro que o paciente será incluído somente se E. coli for isolado da urina. Se o paciente concordar em participar, as amostras serão armazenadas a -80°C para posterior análise. Usando um questionário padronizado, um histórico médico detalhado sobre ITUs recentes e antibióticos tomados pelos pacientes é composto, possivelmente com a ajuda do médico de família do paciente, se ele concordar.

Próximas visitas: Se os pacientes voltarem para outro episódio (pelo menos 2 semanas após o término do tratamento para os episódios anteriores ter sido resolvido) ou para uma visita de controle, os dados sobre sua história recente de ITU e uso de antibióticos serão coletados usando questionários padronizados. Uma nova amostra de urina será coletada. Se os pacientes consultarem seu médico de família para um novo episódio, eles serão solicitados a preencher o formulário com seu médico de família e instruir o laboratório onde a análise da nova amostra é feita para enviar a cepa para Saint Luc (custo será coberto). Instruções escritas serão fornecidas.

IMPORTANTE: A coleta de amostras de urina para este estudo não impedirá o SOC. As amostras são coletadas seguindo os protocolos usados ​​para pacientes com ITUs (e sepse). O esquema antibiótico não será adaptado com base nesses resultados. Ao assinar o consentimento informado, os pacientes serão informados de que não se beneficiarão pessoalmente do estudo, mas ajudarão na pesquisa científica.

(B-C) Pacientes com previsão de inserção de cateter suprapúbico ou de nefrostomia.

Visita 1 Esses pacientes são atendidos na enfermaria ou consulta para uma variedade de problemas não relacionados à ITU. Durante esta visita, o consentimento informado é obtido e o estudo é explicado pelo investigador. Usando um questionário padronizado, um histórico médico detalhado sobre ITUs recentes e antibióticos tomados pelos pacientes é composto, possivelmente com a ajuda do médico de família do paciente, se ele concordar. Uma primeira amostra de urina é coletada.

Visita 2 (se não for realizada na visita 1) Inserção do cateter e coleta de uma nova amostra de urina (novamente, isso faz parte do padrão de atendimento e não de um procedimento de estudo).

Próximas consultas Troca regular do cateter, a cada 6 semanas no serviço de urologia. Durante essas visitas, os pacientes são questionados sobre sua história recente de ITU e qualquer uso de antibióticos. Antes da troca, uma amostra de urina é coletada e a ponta do cateter antigo é coletada (conforme padrão de atendimento). Isolados de urina serão congelados e as pontas dos cateteres serão processadas para rompimento do biofilme e congelamento das bactérias.

IMPORTANTE: A coleta de amostras de urina para este estudo não impedirá o SOC. As amostras são coletadas seguindo os protocolos usados ​​para pacientes com ITUs (e sepse). O esquema antibiótico (se houver) não será adaptado com base nesses resultados. Ao assinar o consentimento informado, os pacientes serão informados de que não se beneficiarão pessoalmente do estudo, mas ajudarão na pesquisa científica.

Os pacientes serão recrutados ao longo de um período de dois anos. Para cada paciente, a duração da participação corresponderá (A) a cada episódio de ITU com sepse naquele período de tempo e (B-C) ao período em que um cateter permanecer no local durante o período do estudo.

Logo após a coleta, os biofilmes nas pontas dos cateteres serão interrompidos seguindo os protocolos internos. Tanto para as amostras de urina quanto para os biofilmes das pontas dos cateteres, as cepas bacterianas serão isoladas por inoculação em placas de ágar seletivas (MacConkey, sal de manitol, cetrimida...), seguido de incubação aeróbica a 37°C por 24h. Os isolados bacterianos observados nas placas de meio seletivo serão subcultivados assepticamente em placas de meio recém-preparadas e submetidas à identificação. Para pacientes que sofrem de ITUs recorrentes, esperamos encontrar principalmente Escherichia coli, enquanto para pacientes com cateter suprapúbico, esperamos principalmente E. coli, bem como cepas de Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis e Klebsiella pneumoniae. Apenas E. coli será armazenada para o estudo.

Os isolados serão então transferidos para o laboratório de pesquisa do patrocinador para posterior análise molecular (determinação do caráter persistente na presença de antibiótico, WGS, essencialmente).