Untersuchung von E. Coli-Isolaten aus wiederkehrenden Harnwegsinfektionen (Per-UTI)

Im klinischen Kontext sind Persister potenziell besorgniserregend, da sie chronische Infektionen aufrechterhalten und die Entwicklung von Antibiotikaresistenzen fördern. Neue therapeutische Strategien zur Bekämpfung von Persistenzen sind daher dringend erforderlich. Die meisten mechanistischen Studien zur Persistenz befassen sich bisher mit Laborstämmen. Das Hauptziel dieses Projekts ist die Definition von Prinzipien der Persistenz und ihrer Evolution in natürlichen Stämmen von E. coli, die aus Patienten isoliert wurden. Isolate werden wie folgt von drei Arten von Patienten gesammelt, die drei verschiedenen klinischen Situationen entsprechen, in denen eine rezidivierende Infektion wahrscheinlich ist

(A) Patienten mit einer durch E. coli verursachten Harnwegsinfektion mit oder ohne neurologische Störungen.

Erster Besuch : Bei Patienten mit Verdacht auf HWI wird vor Beginn einer Antibiotikabehandlung eine erste Urinprobe entnommen (als Teil des routinemäßigen Diagnoseverfahrens für diese Art von Infektion). Ebenso wird eine Blutprobe entnommen, um eine mögliche begleitende Sepsis festzustellen, wenn dies vom Arzt als sinnvoll erachtet wird. Wenn die Diagnose einer Harnwegsinfektion bestätigt wird, wird nach Aufklärung der Studie durch den Prüfarzt eine Einwilligung nach Aufklärung eingeholt, wobei klargestellt wird, dass der Patient nur eingeschlossen wird, wenn E. coli aus dem Urin isoliert wird. Stimmt der Patient der Teilnahme zu, werden die Proben zur weiteren Analyse bei -80 °C gelagert. Anhand eines standardisierten Fragebogens wird eine ausführliche Anamnese zu kürzlich aufgetretenen HWI und Antibiotikaeinnahmen der Patienten erstellt, ggf. mit Hilfe des Hausarztes des Patienten, falls dieser damit einverstanden ist.

Nächste Besuche: Wenn die Patienten für eine weitere Episode (mindestens 2 Wochen nachdem das Ende der Behandlung für die vorherigen Episoden behoben wurde) oder für eine Kontrollvisite wiederkommen, werden Daten über ihre jüngste HWI-Vorgeschichte und den Antibiotika-Einsatz erhoben standardisierte Fragebögen. Eine neue Urinprobe wird gesammelt. Wenn die Patienten ihren Hausarzt wegen einer neuen Episode konsultieren, werden sie gebeten, das Formular zusammen mit ihrem Hausarzt auszufüllen und das Labor, in dem die Analyse der neuen Probe durchgeführt wird, anzuweisen, den Stamm nach Saint Luc zu schicken (Kosten werden übernommen). Es erfolgt eine schriftliche Einweisung.

WICHTIG: Die Sammlung von Urinproben für diese Studie wird SOC nicht beeinträchtigen. Proben werden gemäß den Protokollen entnommen, die für Patienten mit HWI (und Sepsis) verwendet werden. Das Antibiotika-Regime wird nicht auf der Grundlage dieser Ergebnisse angepasst. Mit der Unterzeichnung der Einwilligungserklärung werden die Patienten darüber informiert, dass sie keinen persönlichen Nutzen aus der Studie ziehen, sondern der wissenschaftlichen Forschung dienen.

(B-C) Patienten, bei denen die Einführung eines suprapubischen oder Nephrostomie-Katheters geplant ist.

Visite 1 Diese Patienten werden auf der Station oder in der Sprechstunde wegen einer Vielzahl von nicht mit HWI zusammenhängenden Problemen gesehen. Während dieses Besuchs wird die Einwilligung nach Aufklärung eingeholt und die Studie wird vom Prüfarzt erklärt. Anhand eines standardisierten Fragebogens wird eine ausführliche Anamnese zu kürzlichen HWI und Antibiotikaeinnahmen der Patienten erstellt, ggf. mit Hilfe des Hausarztes des Patienten, wenn dieser damit einverstanden ist. Eine erste Urinprobe wird gesammelt.

Besuch 2 (falls nicht in Besuch 1 durchgeführt) Einführen des Katheters und Entnahme einer neuen Urinprobe (auch dies ist Teil der Standardbehandlung und kein Studienverfahren).

Nächste Besuche Regelmäßiger Austausch des Katheters, alle 6 Wochen in der Urologischen Abteilung. Während dieser Besuche werden die Patienten nach ihrer jüngsten UTI-Geschichte und der Verwendung von Antibiotika gefragt. Vor dem Austausch wird eine Urinprobe entnommen und die Spitze des alten Katheters gesammelt (gemäß Pflegestandard). Isolate aus dem Urin werden eingefroren und die Katheterspitzen werden zum Aufbrechen des Biofilms und zum Einfrieren von Bakterien verarbeitet.

WICHTIG: Die Sammlung von Urinproben für diese Studie wird SOC nicht beeinträchtigen. Proben werden gemäß den Protokollen entnommen, die für Patienten mit HWI (und Sepsis) verwendet werden. Das Antibiotika-Regime (falls vorhanden) wird nicht auf der Grundlage dieser Ergebnisse angepasst. Mit der Unterzeichnung der Einwilligungserklärung werden die Patienten darüber informiert, dass sie keinen persönlichen Nutzen aus der Studie ziehen, sondern der wissenschaftlichen Forschung dienen.

Die Patienten werden über einen Zeitraum von zwei Jahren rekrutiert. Für jeden Patienten entspricht die Dauer der Teilnahme (A) jeder Episode von UTI mit Sepsis über diesen Zeitraum und (B–C) dem Zeitraum, in dem ein Katheter während des Studienzeitraums an Ort und Stelle bleibt.

Direkt nach der Entnahme werden Biofilme auf Katheterspitzen gemäß internen Protokollen zerstört. Sowohl für Urinproben als auch für Biofilme an Katheterspitzen werden Bakterienstämme durch Inokulation auf selektive Agarplatten (MacConkey, Mannitsalz, Cetrimid …) und anschließende aerobe Inkubation isoliert bei 37°C für 24h. Bakterienisolate, die auf den selektiven Medienplatten beobachtet werden, werden aseptisch auf frisch zubereitete Medienplatten subkultiviert und einer Identifizierung unterzogen. Bei Patienten mit wiederkehrenden Harnwegsinfektionen erwarten wir hauptsächlich Escherichia coli, während wir bei Patienten mit einem suprapubischen Katheter hauptsächlich E. coli sowie Stämme von Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis und Klebsiella pneumoniae erwarten. Für die Studie werden nur E. coli aufbewahrt.

Die Isolate werden dann zur weiteren molekularen Analyse (Bestimmung des Persister-Charakters in Gegenwart von Antibiotika, im Wesentlichen WGS) in das Forschungslabor des Sponsors überführt.