Studio degli isolati di E. Coli da infezioni ricorrenti delle vie urinarie (Per-UTI)

In un contesto clinico, i persistenti sono potenzialmente preoccupanti poiché perpetuano le infezioni croniche e migliorano lo sviluppo della resistenza agli antibiotici. Sono quindi altamente necessarie nuove strategie terapeutiche per combattere i persistenti. La maggior parte degli studi meccanicistici sulla persistenza fino ad oggi si occupa di ceppi di laboratorio. L'obiettivo principale di questo progetto è definire i principi di persistenza e la sua evoluzione in ceppi naturali di E. coli isolati da pazienti. Gli isolati saranno raccolti come segue, da tre tipi di pazienti corrispondenti a 3 diverse situazioni cliniche in cui è probabile l'infezione ricorrente

(A) Pazienti con infezione del tratto urinario causata da E. coli, con o senza disturbi neurologici.

Prima visita: per i pazienti con sospetto di IVU, viene raccolto un primo campione di urina (come parte della procedura diagnostica di routine per questo tipo di infezione), prima di iniziare qualsiasi trattamento antibiotico. Allo stesso modo, viene prelevato un campione di sangue per stabilire una possibile concomitante sepsi se ritenuto utile dal medico. Se la diagnosi di UTI è confermata, il consenso informato sarà ottenuto dopo la spiegazione dello studio da parte dello sperimentatore, chiarendo che il paziente sarà incluso solo se E. coli è isolato dall'urina. Se il paziente accetta di partecipare, i campioni verranno conservati a -80°C per ulteriori analisi. Utilizzando un questionario standardizzato, viene compilata una dettagliata anamnesi riguardante le IVU recenti e gli antibiotici assunti dai pazienti, eventualmente con l'aiuto del medico di famiglia del paziente se questo è d'accordo.

Visite successive: se i pazienti tornano per un altro episodio (almeno 2 settimane dopo che la fine del trattamento per gli episodi precedenti è stata risolta), o per una visita di controllo, i dati relativi alla loro storia recente di IVU e all'uso di antibiotici saranno raccolti utilizzando questionari standardizzati. Verrà raccolto un nuovo campione di urina. Se i pazienti consultano il proprio medico di famiglia per un nuovo episodio, verrà chiesto loro di compilare il modulo con il proprio medico di famiglia e di istruire il laboratorio in cui viene eseguita l'analisi del nuovo campione per inviare il ceppo a Saint Luc (il costo sarà coperto). Saranno fornite istruzioni scritte.

IMPORTANTE: la raccolta di campioni di urina per questo studio non ostacolerà il SOC. I campioni vengono prelevati seguendo i protocolli utilizzati per i pazienti con UTI (e sepsi). Il regime antibiotico non sarà adattato sulla base di questi risultati. Al momento della firma del consenso informato, i pazienti saranno informati che non beneficeranno personalmente dello studio ma contribuiranno alla ricerca scientifica.

(B-C) Pazienti che devono essere sottoposti all'inserimento di un catetere sovrapubico o nefrostomico.

Visita 1 Questi pazienti vengono visitati in reparto o visitati per una varietà di problemi non correlati alle UTI. Durante questa visita, si ottiene il consenso informato e lo studio viene spiegato dallo sperimentatore. Utilizzando un questionario standardizzato, viene compilata una dettagliata anamnesi riguardante le IVU recenti e gli antibiotici assunti dai pazienti eventualmente con l'aiuto del medico di famiglia del paziente se questo è d'accordo. Viene raccolto un primo campione di urina.

Visita 2 (se non eseguita nella visita 1) Inserimento del catetere e raccolta di un nuovo campione di urina (di nuovo, questo fa parte dello standard di cura e non di una procedura di studio).

Visite successive Sostituzione regolare del catetere, ogni 6 settimane presso il reparto di urologia. Durante queste visite, ai pazienti viene chiesto della loro recente storia di IVU e di qualsiasi uso di antibiotici. Prima dello scambio, viene prelevato un campione di urina e viene raccolta la punta del vecchio catetere (come da standard di cura). Gli isolati dall'urina saranno congelati e le punte del catetere saranno processate per la rottura del biofilm e il congelamento dei batteri.

IMPORTANTE: la raccolta di campioni di urina per questo studio non ostacolerà il SOC. I campioni vengono prelevati seguendo i protocolli utilizzati per i pazienti con UTI (e sepsi). Il regime antibiotico (se presente) non sarà adattato sulla base di questi risultati. Al momento della firma del consenso informato, i pazienti saranno informati che non beneficeranno personalmente dello studio ma contribuiranno alla ricerca scientifica.

I pazienti saranno reclutati per un periodo di due anni. Per ogni paziente, la durata della partecipazione corrisponderà (A) a ciascun episodio di UTI con sepsi in quel periodo di tempo e (B-C) al periodo durante il quale un catetere rimane in sede durante il periodo di studio.

Subito dopo la raccolta, i biofilm sulle punte dei cateteri verranno interrotti seguendo i protocolli interni Sia per i campioni di urina che per i biofilm sulle punte dei cateteri, i ceppi batterici saranno isolati mediante inoculo su piastre di agar selettivo (MacConkey, mannitolo sale, cetrimide...), seguito da incubazione aerobica a 37°C per 24h. Gli isolati batterici osservati sulle piastre dei terreni selettivi saranno subcoltivati ​​in modo asettico su piastre dei terreni appena preparati e sottoposti ad identificazione. Per i pazienti affetti da IVU ricorrenti, ci aspettiamo di trovare principalmente Escherichia coli mentre per i pazienti con catetere sovrapubico ci aspettiamo principalmente E. coli, oltre a ceppi di Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis e Klebsiella pneumoniae. Solo E. coli verrà conservato per lo studio.

Gli isolati verranno quindi trasferiti al laboratorio di ricerca dello sponsor per ulteriori analisi molecolari (determinazione del carattere persistente in presenza di antibiotico, WGS, essenzialmente).