Badanie izolatów E. coli z nawracających infekcji dróg moczowych (Per-UTI)

W kontekście klinicznym osoby uporczywe mogą budzić niepokój, ponieważ utrwalają przewlekłe infekcje i przyspieszają rozwój oporności na antybiotyki. Dlatego bardzo potrzebne są nowe strategie terapeutyczne do zwalczania osób uporczywych. Większość dotychczasowych mechanistycznych badań nad trwałością dotyczy szczepów laboratoryjnych. Głównym celem tego projektu jest określenie zasad trwałości i jej ewolucji w naturalnych szczepach E. coli wyizolowanych od pacjentów. Izolaty zostaną zebrane w następujący sposób, od trzech typów pacjentów odpowiadających 3 różnym sytuacjom klinicznym, w których prawdopodobny jest nawrót infekcji

(A) Pacjenci z zakażeniem dróg moczowych wywołanym przez E. coli, z zaburzeniami neurologicznymi lub bez.

Pierwsza wizyta: w przypadku podejrzenia ZUM pobierana jest pierwsza próbka moczu (w ramach rutynowej diagnostyki tego typu infekcji) przed rozpoczęciem jakiejkolwiek antybiotykoterapii. Podobnie pobierana jest próbka krwi w celu ustalenia możliwej współistniejącej posocznicy, jeśli lekarz uzna to za przydatne. Jeśli rozpoznanie ZUM zostanie potwierdzone, świadoma zgoda zostanie uzyskana po wyjaśnieniu badania przez badacza, z zaznaczeniem, że pacjent zostanie włączony tylko wtedy, gdy z moczu zostanie wyizolowana E. coli. Jeśli pacjent wyrazi zgodę na udział, próbki będą przechowywane w temperaturze -80°C do dalszej analizy. Za pomocą wystandaryzowanego kwestionariusza sporządza się szczegółowy wywiad chorobowy dotyczący ostatnich ZUM i przyjmowanych antybiotyków, ewentualnie z pomocą lekarza rodzinnego pacjenta, jeśli wyrazi na to zgodę.

Kolejne wizyty: Jeśli pacjenci zgłaszają się ponownie na kolejny epizod (co najmniej 2 tygodnie po ustąpieniu leczenia poprzednich epizodów) lub na wizytę kontrolną, dane dotyczące ich ostatniego wywiadu ZUM oraz stosowania antybiotyków zostaną zebrane za pomocą wystandaryzowane kwestionariusze. Zostanie pobrana nowa próbka moczu. Jeśli pacjenci skonsultują się ze swoim lekarzem rodzinnym w sprawie nowego epizodu, zostaną poproszeni o wypełnienie formularza u swojego lekarza rodzinnego i poinstruowanie laboratorium, w którym przeprowadzana jest analiza nowej próbki, aby wysłał szczep do Saint Luc (koszty zostaną pokryte). Zostanie udzielona pisemna instrukcja.

WAŻNE: Pobieranie próbek moczu do tego badania nie będzie utrudniać SOC. Próbki pobiera się zgodnie z protokołami stosowanymi u pacjentów z ZUM (i posocznicą). Schemat antybiotykoterapii nie zostanie dostosowany na podstawie tych wyników. Podczas podpisywania świadomej zgody pacjent zostanie poinformowany, że nie odniesie osobistej korzyści z badania, ale pomoże w badaniach naukowych.

(B-C) Pacjenci, u których planuje się założenie cewnika nadłonowego lub nefrostomii.

Wizyta 1 Ci pacjenci są przyjmowani na oddziale lub na konsultacji z powodu różnych problemów niezwiązanych z ZUM. Podczas tej wizyty uzyskuje się świadomą zgodę, a badacz wyjaśnia przebieg badania. Za pomocą wystandaryzowanego kwestionariusza sporządzany jest szczegółowy wywiad chorobowy dotyczący ostatnich ZUM i przyjmowanych przez pacjentów antybiotyków, ewentualnie przy pomocy lekarza rodzinnego pacjenta, jeśli wyrazi na to zgodę. Pobiera się pierwszą próbkę moczu.

Wizyta 2 (jeśli nie została przeprowadzona podczas wizyty 1) Wprowadzenie cewnika i pobranie nowej próbki moczu (ponownie, jest to część standardowej opieki, a nie procedura badania).

Kolejne wizyty Regularna wymiana cewnika, co 6 tygodni na oddziale urologicznym. Podczas tych wizyt pacjenci są pytani o ich ostatnią historię ZUM i stosowanie antybiotyków. Przed wymianą pobierana jest próbka moczu i pobierana jest końcówka starego cewnika (zgodnie ze standardem postępowania). Izolaty z moczu zostaną zamrożone, a końcówki cewników poddane obróbce w celu rozerwania biofilmu i zamrożenia bakterii.

WAŻNE: Pobieranie próbek moczu do tego badania nie będzie utrudniać SOC. Próbki pobiera się zgodnie z protokołami stosowanymi u pacjentów z ZUM (i posocznicą). Schemat antybiotykoterapii (jeśli jest stosowany) nie zostanie dostosowany w oparciu o te wyniki. Podczas podpisywania świadomej zgody pacjent zostanie poinformowany, że nie odniesie osobistej korzyści z badania, ale pomoże w badaniach naukowych.

Pacjenci będą rekrutowani przez okres dwóch lat. Dla każdego pacjenta czas trwania udziału będzie odpowiadał (A) każdemu epizodowi ZUM z posocznicą w tym okresie oraz (B-C) okresowi, w którym cewnik pozostaje na miejscu w okresie badania.

Bezpośrednio po pobraniu, biofilmy na końcówkach cewnika zostaną rozerwane zgodnie z wewnętrznymi protokołami W przypadku zarówno próbek moczu, jak i biofilmów z końcówek cewnika, szczepy bakteryjne zostaną wyizolowane poprzez inokulację na selektywnych płytkach agarowych (MacConkey, sól mannitolu, cetrymid…), a następnie inkubację tlenową w 37°C przez 24h. Izolaty bakteryjne obserwowane na płytkach z pożywkami selekcyjnymi będą aseptycznie hodowane na świeżo przygotowane płytki z pożywkami i poddawane identyfikacji. U pacjentów cierpiących na nawracające ZUM spodziewamy się znaleźć głównie Escherichia coli, podczas gdy u pacjentów z cewnikiem nadłonowym spodziewamy się głównie E. coli, a także szczepów Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis i Klebsiella pneumoniae. Do badania będą przechowywane tylko bakterie E. coli.

Izolaty zostaną następnie przekazane do laboratorium badawczego sponsora w celu dalszej analizy molekularnej (określenie charakteru przetrwałego w obecności antybiotyku, zasadniczo WGS).