Tutkimus E. Coli -eristeistä toistuvista virtsatieinfektioista (Per-UTI)

Kliinisessä kontekstissa persisterit ovat mahdollisia huolenaiheita, koska ne jatkavat kroonisia infektioita ja lisäävät antibioottiresistenssin kehittymistä. Siksi tarvitaan uusia terapeuttisia strategioita pysyvien tautien torjumiseksi. Useimmat tähän mennessä pysyvyyttä koskevat mekanistiset tutkimukset käsittelevät laboratoriokantoja. Tämän projektin päätavoitteena on määritellä pysyvyyden ja sen kehityksen periaatteet potilaista eristetyissä luonnollisissa E. coli -kannoissa. Isolaatit kerätään seuraavasti, kolmelta potilastyypiltä, ​​jotka vastaavat kolmea erilaista kliinistä tilannetta, joissa toistuva infektio on todennäköinen

(A) Potilaat, joilla on E. colin aiheuttama virtsatieinfektio, johon liittyy tai ei ole neurologisia häiriöitä.

Ensimmäinen käynti: potilailta, joilla epäillään virtsatietulehdusta, otetaan ensimmäinen virtsanäyte (osana tämän tyyppisen infektion rutiininomaista diagnoosimenettelyä) ennen antibioottihoidon aloittamista. Samoin verinäyte otetaan mahdollisen samanaikaisen sepsiksen toteamiseksi, jos lääkäri pitää sitä hyödyllisenä. Jos virtsatieinfektion diagnoosi vahvistetaan, tietoinen suostumus saadaan sen jälkeen, kun tutkija on selittänyt tutkimuksesta, ja tehdään selväksi, että potilas otetaan mukaan vain, jos E. coli eristetään virtsasta. Jos potilas suostuu osallistumaan, näytteet säilytetään -80°C:ssa jatkoanalyysiä varten. Standardoidulla kyselylomakkeella laaditaan yksityiskohtainen sairaushistoria potilaiden viimeaikaisista virtsatietulehduksista ja antibiooteista, mahdollisesti potilaan perhelääkärin avustuksella, jos tämä suostuu.

Seuraavat käynnit: Jos potilaat palaavat toiseen episodiin (vähintään 2 viikkoa hoidon päättymisen jälkeen, kun edelliset jaksot on ratkaistu) tai kontrollikäynnille, tiedot heidän viimeaikaisesta virtsatieinfektiosta ja antibioottien käytöstä kerätään käyttämällä standardoidut kyselylomakkeet. Uusi virtsanäyte otetaan. Jos potilaat kääntyvät yleislääkärin puoleen uuden jakson suhteen, heitä pyydetään täyttämään lomake yleislääkärin kanssa ja opastamaan laboratorio, jossa uuden näytteen analyysi tehdään, lähettämään kanta Saint Luciin (kustannukset korvataan). Kirjallinen ohje annetaan.

TÄRKEÄÄ: Virtsanäytteiden kerääminen tätä tutkimusta varten ei estä SOC:tä. Näytteet otetaan virtsatietulehdusta (ja sepsistä) sairastavien potilaiden protokollien mukaisesti. Antibioottihoitoa ei mukauteta näiden tulosten perusteella. Allekirjoittaessaan tietoon perustuvaa suostumusta potilaalle kerrotaan, että he eivät hyödy itse tutkimuksesta, vaan auttavat tieteellistä tutkimusta.

(B-C) Potilaat, joille suunnitellaan suprapubisen tai nefrostomiakatetrin asettamista.

Vierailu 1 Näitä potilaita nähdään osastolla tai konsultaatiolla erilaisten virtsatietulehdukseen liittymättömien ongelmien vuoksi. Tämän käynnin aikana hankitaan tietoinen suostumus ja tutkija selittää tutkimuksen. Standardoidulla kyselylomakkeella laaditaan yksityiskohtainen sairaushistoria potilaiden viimeaikaisista virtsatietulehduksista ja ottamista antibiooteista mahdollisesti potilaan perhelääkärin avustuksella, jos tämä suostuu. Ensimmäinen virtsanäyte otetaan.

Käynti 2 (jos sitä ei suoritettu käynnillä 1) Katetrin asettaminen ja uuden virtsanäytteen otto (tämä on jälleen osa normaalia hoitoa eikä tutkimusmenettelyä).

Seuraavat käynnit Säännöllinen katetrin vaihto, 6 viikon välein urologian osastolla. Näiden käyntien aikana potilailta kysytään heidän viimeaikaisesta virtsatietulehduksestaan ​​​​ja mahdollisesta antibioottien käytöstä. Ennen vaihtoa otetaan virtsanäyte ja kerätään vanhan katetrin kärki (hoidon standardien mukaisesti). Virtsasta saadut eristeet jäädytetään ja katetrin kärjet käsitellään biofilmin hajoamista ja bakteerien jäätymistä varten.

TÄRKEÄÄ: Virtsanäytteiden kerääminen tätä tutkimusta varten ei estä SOC:tä. Näytteet otetaan virtsatietulehdusta (ja sepsistä) sairastavien potilaiden protokollien mukaisesti. Antibioottihoitoa (jos sellainen on) ei mukauteta näiden tulosten perusteella. Allekirjoittaessaan tietoon perustuvaa suostumusta potilaalle kerrotaan, että he eivät hyödy itse tutkimuksesta, vaan auttavat tieteellistä tutkimusta.

Potilaat rekrytoidaan kahden vuoden aikana. Jokaisen potilaan osalta osallistumisen kesto vastaa (A) kutakin virtsatietulehduksen episodia, johon liittyy sepsis kyseisenä ajanjaksona, ja (B-C) ajanjaksoa, jonka aikana katetri pysyy paikallaan tutkimusjakson ajan.

Välittömästi keräämisen jälkeen katetrin kärkien biofilmit katkeavat talon sisäisten protokollien mukaisesti. Sekä virtsanäytteiden että katetrin kärkien biofilmien osalta bakteerikannat eristetään inokuloimalla selektiivisille agarmaljoille (MacConkey, mannitolisuola, setrimidi jne.), mitä seuraa aerobinen inkubaatio. 37 °C:ssa 24 tuntia. Selektiivisillä elatusainelevyillä havaitut bakteeri-isolaatit aseptisesti jatkoviljellään vasta valmistetuille alustalevyille ja ne tunnistetaan. Potilailta, jotka kärsivät uusiutuvista virtsatietulehduksista, odotamme löytävän pääasiassa Escherichia colia, kun taas suprapubisella katetrilla olevilta potilailta odotamme pääasiassa E. coli-, sekä Pseudomonas aeruginosa-, Proteus mirabilis- ja Klebsiella pneumoniae -kantoja. Vain E. coli säilytetään tutkimusta varten.

Isolaatit siirretään sitten sponsorin tutkimuslaboratorioon lisämolekyylianalyysiä varten (olennaisesti pysyvien ominaisuuksien määrittäminen antibiootin, WGS:n, läsnä ollessa).