Étude des isolats d'E. Coli provenant d'infections récurrentes des voies urinaires (Per-UTI)

Dans un contexte clinique, les persistants sont potentiellement préoccupants car ils perpétuent les infections chroniques et favorisent le développement de la résistance aux antibiotiques. De nouvelles stratégies thérapeutiques pour lutter contre les persistants sont donc nécessaires. La plupart des études mécanistes sur la persistance portent à ce jour sur des souches de laboratoire. L'objectif principal de ce projet est de définir les principes de la persistance et de son évolution dans les souches naturelles d'E. coli isolées chez les patients. Les isolats seront collectés comme suit, à partir de trois types de patients correspondant à 3 situations cliniques différentes où une infection récurrente est probable

(A) Patients présentant une infection des voies urinaires causée par E. coli, avec ou sans troubles neurologiques.

Première visite : pour les patients suspects d'infection urinaire, un premier échantillon d'urine est prélevé (dans le cadre de la procédure de diagnostic de routine pour ce type d'infection), avant de commencer tout traitement antibiotique. De même, un prélèvement sanguin est effectué pour établir une éventuelle septicémie concomitante si jugé utile par le médecin. Si le diagnostic d'IU est confirmé, un consentement éclairé sera obtenu après explication de l'étude par l'investigateur, en précisant que le patient ne sera inclus que si E. coli est isolé de l'urine. Si le patient accepte de participer, les échantillons seront conservés à -80°C pour une analyse plus approfondie. A l'aide d'un questionnaire standardisé, un historique médical détaillé concernant les IU récentes et les prises d'antibiotiques par les patients est constitué, éventuellement avec l'aide du médecin de famille du patient s'il est d'accord.

Prochaines visites : Si les patients reviennent pour un autre épisode (au moins 2 semaines après la résolution de la fin du traitement des épisodes précédents), ou pour une visite de contrôle, les données concernant leurs antécédents récents d'IU et l'utilisation d'antibiotiques seront recueillies à l'aide de questionnaires standardisés. Un nouvel échantillon d'urine sera prélevé. Si les patients consultent leur médecin généraliste pour un nouvel épisode, il leur sera demandé de remplir le formulaire avec leur médecin généraliste et de demander au laboratoire où se fait l'analyse du nouvel échantillon d'envoyer la souche à Saint Luc (le coût sera couvert). Des instructions écrites seront fournies.

IMPORTANT : La collecte d'échantillons d'urine pour cette étude n'empêchera pas la SOC. Les échantillons sont prélevés selon les protocoles utilisés pour les patients atteints d'infections urinaires (et de septicémie). Le schéma antibiotique ne sera pas adapté en fonction de ces résultats. Lors de la signature du consentement éclairé, les patients seront informés qu'ils ne bénéficieront pas personnellement de l'étude mais qu'ils contribueront à la recherche scientifique.

(B-C) Patients devant subir l'insertion d'un cathéter sus-pubien ou de néphrostomie.

Visite 1 Ces patients sont vus au service ou en consultation pour une variété de problèmes non liés à une infection urinaire. Au cours de cette visite, le consentement éclairé est obtenu et l'étude est expliquée par l'investigateur. A l'aide d'un questionnaire standardisé, un historique médical détaillé concernant les IU récentes et les prises d'antibiotiques par les patients est composé éventuellement avec l'aide du médecin de famille du patient s'il est d'accord. Un premier échantillon d'urine est prélevé.

Visite 2 (si non effectuée lors de la visite 1) Insertion du cathéter et prélèvement d'un nouvel échantillon d'urine (encore une fois, cela fait partie de la norme de soins et non d'une procédure d'étude).

Prochaines visites Changement régulier du cathéter, toutes les 6 semaines au service d'urologie. Au cours de ces visites, les patients sont interrogés sur leurs antécédents récents d'infection urinaire et sur toute utilisation d'antibiotiques. Avant l'échange, un échantillon d'urine est prélevé et l'extrémité de l'ancien cathéter est récupérée (selon la norme de soins). Les isolats d'urine seront congelés et les extrémités du cathéter seront traitées pour la rupture du biofilm et la congélation des bactéries.

IMPORTANT : La collecte d'échantillons d'urine pour cette étude n'empêchera pas la SOC. Les échantillons sont prélevés selon les protocoles utilisés pour les patients atteints d'infections urinaires (et de septicémie). Le schéma antibiotique (le cas échéant) ne sera pas adapté en fonction de ces résultats. Lors de la signature du consentement éclairé, les patients seront informés qu'ils ne bénéficieront pas personnellement de l'étude mais qu'ils contribueront à la recherche scientifique.

Les patients seront recrutés sur une période de deux ans. Pour chaque patient, la durée de participation correspondra (A) à chaque épisode d'IU avec septicémie sur cette période de temps et (B-C) à la période pendant laquelle un cathéter reste en place sur la période d'étude.

Immédiatement après la collecte, les biofilms sur les extrémités des cathéters seront perturbés selon les protocoles internes. Pour les échantillons d'urine et les biofilms des extrémités des cathéters, les souches bactériennes seront isolées par inoculation sur des plaques de gélose sélective (MacConkey, sel de mannitol, cétrimide…), suivie d'une incubation aérobie. à 37°C pendant 24h. Les isolats bactériens observés sur les plaques de milieu sélectif seront sous-cultivés de manière aseptique sur des plaques de milieu fraîchement préparées et soumis à une identification. Pour les patients souffrant d'IU récurrentes, on s'attend à trouver principalement Escherichia coli alors que pour les patients porteurs d'un cathéter sus-pubien on s'attend principalement à E. coli, ainsi que les souches Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis et Klebsiella pneumoniae. Seul E. coli sera stocké pour l'étude.

Les isolats seront ensuite transférés au laboratoire de recherche du promoteur pour une analyse moléculaire plus approfondie (détermination du caractère persistant en présence d'antibiotique, WGS, essentiellement).