Primární a sekundární mutace lékové rezistence (DRM) u HIV jako rizikový faktor selhání ART, včetně dvou režimů založených na drogách.

Úvod Přítomnost mutací lékové rezistence (DRM) u HIV hraje důležitou roli v účinnosti ART. Navzdory velmi dobrým výsledkům ART existují neustálé obavy z výskytu kmenů HIV s DRM, což může vést k selhání virologické suprese. Primární HIV DRM se vyskytují u PLWH, kteří dříve nebyli léčeni ART. Tito lidé zahajují léčbu s nižší genetickou bariérou, vyšším rizikem virologického selhání a vyšším rizikem vzniku rezistence na jiné léky, což může vést k progresi AIDS. Obavy rostou zejména u pacientů léčených dvěma režimy založenými na léčivech, včetně dlouhodobě působících terapií v injekcích (LAI ART) nebo režimů používaných v preexpoziční profylaxi (PreP). Prevalence hlavních HIV-1 DRM hlášených celosvětově se pohybuje od 5 do 25 %, zatímco v případě přídatných (polymorfních) DRM dokonce až 50 %. Bylo hlášeno, že v zemích s vysokými příjmy se prevalence sekvencí se získanými DRM snižuje, ale podíl přenášené rezistence ve srovnání s podílem získaných DRM jasně roste a dosahuje dokonce 70 % všech případů DRM.

Cíl studie Volba ART je založena na epidemiologických datech týkajících se přítomnosti mutací lékové rezistence u HIV a také na základě výsledků genotypizačního testu HIV hodnocených před zahájením nebo změnou léčby. Přítomnost DRM před zahájením ART může být rizikovým faktorem pro nedostatečnou virologickou supresi, protože populace HIV se stále vyvíjí (mění se kvůli chybám během replikačního procesu). Rovněž neadekvátní antiretrovirová terapie může vést virovou populaci nejprve k nižší úrovni zdatnosti a poté k vyšší úrovni zdatnosti. Vzhledem k neustálým změnám ve vzoru lékové rezistence HIV (vznik nových mutací) a zavádění nových léků do léčby, včetně dvou režimů založených na léčivech, jako je LAI ART, jsme se rozhodli provést studii, která určí typ a frekvenci DRM (včetně NRTI a NNRTI - RPV, 3TC a InSTI - CAB, DTG), v populaci dříve neléčených pacientů, stejně jako u pacientů s virologickým selháním ART. Výsledky mohou pomoci při hodnocení rizika selhání ART, včetně LAI, a při určování režimů ART.

Metodologie Naším cílem je provádět multicentrickou, observační, průřezovou studii. Data pacientů budou extrahována z období 2 let (2023 - 2024). Místem náboru budou tři klinická centra v Polsku (dvě ve Varšavě, jedno v Ostródě). Kritéria pro zařazení jsou: diagnóza s infekcí HIV-1, věk 18 let nebo starší. Budeme shromažďovat epidemiologická data jako: věk, pohlaví, BMI, cesta přenosu i klinické a laboratorní nálezy: virová nálož HIV, počet lymfocytů CD4 a poměr CD4:CD8 (v době diagnózy/změny terapie), přítomnost AIDS -definování onemocnění, implementovaný režim ART. U všech pacientů bude před zahájením ART vyhodnocena přítomnost HIV-1 DRM vůči nukleosidovým inhibitorům reverzní transkriptázy (NRTI), nenukleosidovým inhibitorům reverzní transkriptázy (NNRTI), inhibitorům proteázy (PI) a inhibitorům integrázy (InSTI). součástí běžné péče.

Genotypování genotypizace HIV-1 proteázy (PR) a reverzní transkriptázy (RT) oblasti kódující lékovou rezistenci bude provedeno na základě Sangerovy sekvenační metody s použitím komerčně dostupného ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Abbott Molecular, Des Plains, IL, USA ). Postup analýzy bude proveden podle pokynů výrobce. HIV-1 RNA bude extrahována ručně z 0,5 ml odebraných vzorků plazmy precipitací a centrifugací s následnou reverzní transkripcí pomocí MuLV reverzní transkriptázy. Produkty DNA odpovídající fragmentu pol oblasti o velikosti 1,8 kb budou generovány v PCR s AmpliTaq Gold DNA polymerázou, po preinkubaci s enzymem uracil-N-glykosylázou (UNG). Tam, kde bude sekvenována oblast kódující HIV-1 integrázu, bude použit ViroSeq HIV-1 Integrase Genotyping System (Celera Diagnostics, Alameda, CA, USA) s jednokrokovou RT-PCR amplifikační reakcí. Získané PCR produkty budou purifikovány enzymaticky inkubací se směsí Exo-SAP (Exonukleáza I + Shrimp Alkaline Phosphatase), v případě potřeby naředěny, fluorescenčně značeny v reakci s vhodnými terminátory a sekvenovány pomocí ABI Prism 3130 Genetic Analyzer pomocí Data Collection Software (Applied Biosystems) . Výsledné sekvenční chromatogramy budou sestaveny a analyzovány pomocí ViroSeq Genotyping System Software (Abbott Molecular). Budou identifikovány mutace proteázy, integrázy a reverzní transkriptázy spojené s lékovou rezistencí. Platné, kvalitativně zkontrolované pol sekvence budou předloženy do databáze Stanfordské univerzity HIV Drug Resistance Database (http://hivdb.stanford.edu) za účelem srovnání potenciálních rozdílů v interpretaci významnosti detekovaných genetických variant. Pro stanovení subtypu HIV-1 a cirkulárních rekombinantních forem (CRF) bude použit nástroj REGA HIV-1 Subtyping Tool verze 3.0.

Statistické vyhodnocení shromážděných dat bude provedeno v podskupinách PLWH s přítomností primárních a sekundárních HIV DRM. Analýza bude provedena také v podskupinách pacientů s různým subtypem infekce HIV-1. Pro ověření normality rozdělení v analyzovaných proměnných bude proveden Shapiro-Wilkův test. Pro vyhodnocení rozdílu střední hodnoty u spojitých proměnných bude použit Studentův t-test nebo Mann-Whitney U test a pro kategoriální proměnné budou provedeny χ 2 nebo Fisherovy exaktní testy. Hodnota p <0,05 bude považována za statisticky významnou. Statistické analýzy budou provedeny pomocí softwaru Python 3.7 a programu Statistica 13.1 (StatSoft Poland, Kraków, Polsko).

Klinická studie získala kladné stanovisko od Bioetického výboru na Lékařské univerzitě ve Varšavě (číslo souhlasu: AKBE/72/2023). Všechna analyzovaná data pacientů budou plně anonymizována. Studie se řídí zásadami Helsinské deklarace.