Mutations primaires et secondaires de résistance aux médicaments (DRM) dans le VIH en tant que facteur de risque d'échec du TAR, y compris deux schémas thérapeutiques à base de médicaments.

Introduction La présence de mutations de résistance aux médicaments (DRM) chez le VIH joue un rôle important dans l'efficacité du TAR. Malgré les très bons résultats du TARV, l'émergence de souches de VIH avec des DRM, ce qui pourrait conduire à un échec de la suppression virologique, suscite une inquiétude constante. Les DRM primaires du VIH surviennent chez les PVVIH qui n’ont jamais été traitées par TARV. Ces personnes commencent le traitement avec une barrière génétique plus faible, un risque plus élevé d'échec virologique et un risque plus élevé de développer une résistance à d'autres médicaments, ce qui peut conduire à une progression vers le SIDA. Les inquiétudes augmentent particulièrement chez les patients traités avec deux schémas thérapeutiques à base de médicaments, notamment les thérapies à action prolongée par injection (LAI ART) ou les schémas thérapeutiques utilisés en prophylaxie pré-exposition (PreP). La prévalence des principaux DRM du VIH-1 signalés dans le monde varie de 5 à 25 %, tandis qu'en cas de DRM accessoires (polymorphes), elle peut même atteindre 50 %. Il a été rapporté que dans les pays à revenu élevé, la prévalence des séquences avec des DRM acquis diminue, mais la fraction de résistance transmise augmente clairement par rapport à la fraction de DRM acquis, atteignant même 70 % de tous les cas de DRM.

Objectif de l'étude Le choix du TAR repose sur des données épidémiologiques concernant la présence de mutations de résistance aux médicaments du VIH, ainsi que sur la base des résultats des tests de génotypage du VIH évalués avant le début ou le changement de traitement. La présence de DRM avant le début du TAR peut être un facteur de risque de suppression virologique insuffisante, car la population du VIH est toujours en évolution (changement dû à des erreurs lors du processus de réplication). De plus, un traitement antirétroviral inadéquat peut conduire la population virale d’abord à un niveau de condition physique inférieur, puis à un niveau de condition physique plus élevé. En raison des changements constants dans le modèle de résistance aux médicaments du VIH (émergence de nouvelles mutations) et de l'introduction de nouveaux médicaments dans le traitement, y compris deux schémas thérapeutiques à base de médicaments comme LAI ART, nous avons décidé de mener une étude qui détermine le type et la fréquence des DRM (dont INTI et INNTI - RPV, 3TC et InSTI - CAB, DTG), dans la population de patients non préalablement traités, ainsi que parmi les patients en échec virologique du TAR. Les résultats peuvent aider à évaluer le risque d'échec du TAR, y compris le LAI, et à déterminer les schémas thérapeutiques du TAR.

Méthodologie Nous visons à mener une étude multicentrique, observationnelle et transversale. Les données des patients seront extraites de la période de 2 ans (2023 - 2024). Le site de recrutement sera trois centres cliniques en Pologne (deux à Varsovie, un à Ostróda). Les critères d'inclusion sont : diagnostic d'infection par le VIH-1, âge de 18 ans ou plus. Nous collecterons des données épidémiologiques telles que : l'âge, le sexe, l'IMC, la voie de transmission ainsi que les résultats cliniques et de laboratoire : charge virale du VIH, nombre de lymphocytes CD4 et rapport CD4:CD8 (au moment du diagnostic/changement de traitement), présence du SIDA. -définition des maladies, mise en œuvre du régime ART. Chez tous les patients, avant de commencer le TAR, la présence de DRM du VIH-1 aux inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI), aux inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (NNRTI), aux inhibiteurs de la protéase (IP) et aux inhibiteurs de l'intégrase (InSTI) sera évalué, comme un fait partie des soins de routine.

Le génotypage de la résistance aux médicaments de la région codante de la protéase du VIH-1 (PR) et de la transcriptase inverse (RT) sera réalisé sur la base d'une méthode de séquençage de Sanger avec l'utilisation du système de génotypage du VIH-1 ViroSeq disponible dans le commerce (Abbott Molecular, Des Plains, IL, USA ). La procédure d'analyse sera effectuée selon les instructions du fabricant. L'ARN du VIH-1 sera extrait manuellement de 0,5 ml d'échantillons de plasma collectés par étapes de précipitation et de centrifugation, suivies d'une transcription inverse avec la transcriptase inverse MuLV. Les produits d'ADN correspondant au fragment de région pol de 1,8 kb seront générés en PCR avec l'ADN polymérase AmpliTaq Gold, après pré-incubation avec l'enzyme Uracil-N-Glycosylase (UNG). Lorsque la région codante de l'intégrase du VIH-1 sera séquencée, le système de génotypage ViroSeq HIV-1 Integrase (Celera Diagnostics, Alameda, CA, USA) sera appliqué avec une réaction d'amplification RT-PCR en une étape. Les produits de PCR obtenus seront purifiés par voie enzymatique par incubation avec le mélange Exo-SAP (Exonucléase I + Phosphatase alcaline de crevette), dilué si nécessaire, marqué par fluorescence en réaction avec des terminateurs appropriés et séquencé par l'analyseur génétique ABI Prism 3130 à l'aide du logiciel de collecte de données (Applied Biosystems). . Les chromatogrammes de séquence résultants seront assemblés et analysés à l'aide du logiciel ViroSeq Genotyping System (Abbott Molecular). Les mutations associées à la résistance aux médicaments dans la protéase, l'intégrase et la transcriptase inverse seront identifiées. Les séquences pol valides et de qualité contrôlée seront soumises à la base de données sur la résistance aux médicaments du VIH de l'Université de Stanford (//hivdb.stanford.edu) afin de comparer les différences potentielles dans l'interprétation de la signification des variantes génétiques détectées. Pour le sous-type du VIH-1 et les formes recombinantes circulaires (CRF), la détermination des séquences soumises par pol partiel L'outil de sous-typage REGA HIV-1 version 3.0 sera utilisé.

L'évaluation statistique des données collectées sera effectuée dans des sous-groupes de PVVIH avec présence de DRM VIH primaires et secondaires. L'analyse sera également effectuée dans les sous-groupes de patients présentant différents sous-types d'infection par le VIH-1. Le test Shapiro-Wilk sera effectué pour la vérification de la normalité des distributions dans les variables analysées. Le test t de Student ou le test U de Mann-Whitney sera utilisé pour évaluer la différence de valeur moyenne dans les variables continues et les tests χ 2 ou exacts de Fisher seront effectués pour les variables catégorielles. Une valeur p <0,05 sera considérée comme statistiquement significative. Les analyses statistiques seront effectuées à l'aide du logiciel Python 3.7 et du programme Statistica 13.1 (StatSoft Pologne, Cracovie, Pologne).

L'essai clinique a reçu un avis positif du comité de bioéthique de l'université de médecine de Varsovie (numéro de consentement : AKBE/72/2023). Toutes les données des patients analysées seront entièrement anonymisées. L'étude suit les principes de la Déclaration d'Helsinki.