Первичные и вторичные мутации лекарственной устойчивости (DRM) ВИЧ как фактор риска неудачи АРТ, включая две схемы лечения на основе лекарств.

Введение Наличие мутаций лекарственной устойчивости (DRM) у ВИЧ играет важную роль в эффективности АРТ. Несмотря на очень хорошие результаты АРТ, существует постоянная обеспокоенность по поводу появления штаммов ВИЧ с DRM, что может привести к неудаче вирусологического подавления. Первичные СРВ ВИЧ встречаются у ЛЖВ, которые ранее не получали АРТ. Эти люди начинают лечение с более низким генетическим барьером, более высоким риском вирусологической неудачи и более высоким риском развития устойчивости к другим лекарствам, что может привести к прогрессированию СПИДа. Обеспокоенность особенно возрастает среди пациентов, получающих лечение двумя схемами, основанными на лекарствах, включая инъекционную терапию длительного действия (LAI ART) или схемы, используемые в доконтактной профилактике (PreP). Распространенность основных DRM ВИЧ-1, зарегистрированных во всем мире, колеблется от 5 до 25%, а в случае дополнительных (полиморфных) DRM даже до 50%. Сообщалось, что в странах с высоким уровнем дохода распространенность последовательностей с приобретенными DRM снижается, но доля передаваемой устойчивости явно увеличивается по сравнению с долей приобретенных DRM, достигая даже 70% всех случаев DRM.

Цель исследования. Выбор АРТ основан на эпидемиологических данных о наличии мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ, а также на основании результатов теста на генотипирование ВИЧ, оцененного до начала или смены лечения. Наличие DRM до начала АРТ может быть фактором риска недостаточного вирусологического подавления, поскольку популяция ВИЧ все еще развивается (меняется из-за ошибок в процессе репликации). Кроме того, неадекватная антиретровирусная терапия может привести к тому, что вирусная популяция сначала понизится, а затем достигнет более высокого уровня физической подготовки. В связи с постоянным изменением структуры лекарственной устойчивости ВИЧ (появление новых мутаций) и введением в лечение новых препаратов, в том числе двух лекарственных схем, таких как LAI ART, мы решили провести исследование, которое определит тип и частоту ДРМ (в т.ч. НИОТ и ННИОТ - РПВ, 3ТС и ИнСИ - КАВ, ДТГ) в популяции ранее не получавших лечения пациентов, а также среди пациентов с вирусологической неудачей АРТ. Результаты могут помочь оценить риск неудачи АРТ, включая LAI, и определить схемы АРТ.

Методология Мы стремимся провести многоцентровое обсервационное перекрестное исследование. Данные пациентов будут извлечены за двухлетний период (2023–2024 гг.). Местом набора будут три клинических центра в Польше (два в Варшаве, один в Оструде). Критерии включения: диагноз ВИЧ-1, возраст 18 лет и старше. Мы соберем эпидемиологические данные, такие как: возраст, пол, ИМТ, путь передачи, а также клинические и лабораторные данные: вирусная нагрузка ВИЧ, количество CD4 лимфоцитов и соотношение CD4:CD8 (на момент постановки диагноза/изменения терапии), наличие СПИДа. -определение заболеваний, внедренная схема АРТ. У всех пациентов перед началом АРТ будет оцениваться наличие DRM ВИЧ-1 к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы (НИОТ), ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы (ННИОТ), ингибиторам протеазы (ИП) и ингибиторам интегразы (InSTI), как часть повседневного ухода.

Генотипирование лекарственной устойчивости протеазы ВИЧ-1 (PR) и области, кодирующей обратную транскриптазу (RT), будет проводиться на основе метода секвенирования Сэнгера с использованием коммерчески доступной системы генотипирования ViroSeq ВИЧ-1 (Abbott Molecular, Дес-Плейнс, Иллинойс, США). ). Процедура анализа будет выполняться в соответствии с инструкциями производителя. РНК ВИЧ-1 будет экстрагирована вручную из 0,5 мл собранных образцов плазмы путем осаждения и центрифугирования с последующей обратной транскрипцией с помощью обратной транскриптазы MuLV. Продукты ДНК, соответствующие фрагменту pol-области размером 1,8 т.п.н., будут генерироваться с помощью ПЦР с ДНК-полимеразой AmpliTaq Gold после предварительной инкубации с ферментом урацил-N-гликозилазой (UNG). Там, где будет секвенирована область, кодирующая интегразу ВИЧ-1, будет применена система генотипирования интегразы ViroSeq ВИЧ-1 (Celera Diagnostics, Аламеда, Калифорния, США) с одноэтапной реакцией амплификации RT-PCR. Полученные ПЦР-продукты будут ферментативно очищены путем инкубации со смесью Exo-SAP (экзонуклеаза I + щелочная фосфатаза креветок), при необходимости разбавлены, флуоресцентно мечены в реакции с соответствующими терминаторами и секвенированы с помощью генетического анализатора ABI Prism 3130 с использованием программного обеспечения для сбора данных (Applied Biosystems). . Полученные хроматограммы последовательностей будут собраны и проанализированы с использованием программного обеспечения системы генотипирования ViroSeq (Abbott Molecular). Будут идентифицированы мутации в протеазе, интегразе и обратной транскриптазе, связанные с лекарственной устойчивостью. Действительные, проверенные последовательности pol будут отправлены в базу данных Стэнфордского университета по устойчивости к лекарствам от ВИЧ (http://hivdb.stanford.edu) для сравнения потенциальных различий в интерпретации значимости обнаруженных генетических вариантов. Для подтипа ВИЧ-1 и кольцевых рекомбинантных форм (CRF) будет использоваться определение частичных представленных последовательностей REGA ВИЧ-1 Subtyping Tool версии 3.0.

Статистическая оценка собранных данных будет проводиться в подгруппах ЛЖВ с наличием первичных и вторичных ДРМ ВИЧ. Анализ также будет проводиться в подгруппах пациентов с разными подтипами ВИЧ-1 инфекции. Тест Шапиро-Уилка будет выполняться для проверки нормальности распределений анализируемых переменных. Для оценки разницы средних значений непрерывных переменных будет использоваться t-критерий Стьюдента или U-критерий Манна-Уитни, а для категориальных переменных будут выполняться χ 2 или точные тесты Фишера. Значение p <0,05 будет считаться статистически значимым. Статистический анализ будет проводиться с использованием программного обеспечения Python 3.7 и программы Statistica 13.1 (StatSoft Польша, Краков, Польша).

Клиническое исследование получило положительное заключение Комитета по биоэтике Варшавского медицинского университета (номер согласия: AKBE/72/2023). Все проанализированные данные пациентов будут полностью анонимизированы. Исследование следует принципам Хельсинкской декларации.