Primære og sekundære lægemiddelresistensmutationer (DRM'er) i HIV som en risikofaktor for svigt af ART, inklusive to lægemiddelbaserede regimer.

Introduktion Tilstedeværelsen af ​​lægemiddelresistensmutationer (DRM'er) i HIV spiller en vigtig rolle i ART-effektiviteten. På trods af meget gode resultater af ART er der konstant bekymring for fremkomsten af ​​HIV-stammer med DRM'er, hvad der kan føre til virologisk suppressionssvigt. Primære HIV-DRM'er forekommer hos PLWH, som ikke tidligere er blevet behandlet med ART. Disse mennesker starter behandling med en lavere genetisk barriere, en højere risiko for virologisk svigt og en højere risiko for at udvikle resistens over for andre lægemidler, hvilket kan føre til progression til AIDS. Bekymringerne vokser især blandt patienter, der behandles med to lægemiddelbaserede regimer, herunder langtidsvirkende terapier i injektioner (LAI ART) eller regimer, der anvendes i præeksponeringsprofylakse (PreP). Forekomsten af ​​større HIV-1 DRM'er rapporteret på verdensplan varierer fra 5 til 25%, mens i tilfælde af accessoriske (polymorfe) DRM'er endda op til 50%. Det er blevet rapporteret, at i højindkomstlande er udbredelsen af ​​sekvenser med erhvervede DRM'er faldende, men andelen af ​​transmitteret resistens er klart stigende sammenlignet med andelen af ​​erhvervede DRM'er og når op på selv 70% af alle tilfælde af DRM'er.

Undersøgelsens formål Valget af ART er baseret på epidemiologiske data vedrørende tilstedeværelsen af ​​lægemiddelresistensmutationer i HIV, samt på baggrund af HIV-genotypetestresultaterne vurderet før start eller ændring af behandlingen. Tilstedeværelsen af ​​DRM'er før ART-start kan være en risikofaktor for utilstrækkelig virologisk suppression, da populationen af ​​HIV stadig udvikler sig (ændres på grund af fejl under replikationsprocessen). Utilstrækkelig antiretroviral terapi kan ligeledes drive viruspopulationen først gennem et lavere konditionsniveau og derefter til et højere konditionsniveau. På grund af de konstante ændringer i mønsteret af HIV-lægemiddelresistens (fremkomsten af ​​nye mutationer) og introduktionen af ​​nye lægemidler i behandlingen, herunder to lægemiddelbaserede regimer som LAI ART, besluttede vi at udføre en undersøgelse, som bestemmer typen og hyppigheden af DRM'er (herunder NRTI og NNRTI - RPV, 3TC og InSTI - CAB, DTG), i populationen af ​​tidligere ubehandlede patienter, såvel som blandt patienter med ART virologisk svigt. Resultaterne kan hjælpe med at vurdere risikoen for ART-svigt, herunder LAI, og med at bestemme ART-regimer.

Metode Vi sigter mod at udføre multicenter, observationel, tværsnitsundersøgelse. Patienternes data vil blive udtrukket fra den 2-årige periode (2023 - 2024). Ansættelsesstedet vil være tre kliniske centre i Polen (to i Warszawa, et i Ostróda). Inklusionskriterier er: diagnose med HIV-1-infektion, alder 18 år eller ældre. Vi vil indsamle epidemiologiske data såsom: alder, køn, BMI, smittevej, også kliniske og laboratoriefund: HIV-virusmængde, lymfocyt CD4-tal og CD4:CD8-forhold (på tidspunktet for diagnose/ændring af terapi), tilstedeværelse af AIDS -definerende sygdomme, implementeret ART regime. Hos alle patienter vil tilstedeværelsen af ​​HIV-1 DRM'er til nukleosid revers transkriptasehæmmere (NRTI), ikke-nukleosid revers transkriptasehæmmere (NNRTI) proteasehæmmere (PI) og integraseinhibitorer (InSTI) blive evalueret som en en del af rutineplejen.

Lægemiddelresistens genotypebestemmelse af HIV-1 protease (PR) og revers transkriptase (RT) kodende region vil blive udført baseret på en Sanger sekventeringsmetode med brug af kommercielt tilgængeligt ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Abbott Molecular, Des Plains, IL, USA ). Analyseproceduren vil blive udført i henhold til producentens anvisninger. HIV-1 RNA vil blive ekstraheret manuelt fra 0,5 ml af opsamlede plasmaprøver ved udfældnings- og centrifugeringstrin, efterfulgt af revers transkription med MuLV revers transkriptase. DNA-produkter svarende til 1,8 kb pol-region-fragmentet vil blive genereret i PCR med AmpliTaq Gold DNA-polymerase efter præ-inkubation med Uracil-N-Glycosylase (UNG) enzym. Hvor HIV-1 integrasekodende region vil blive sekventeret, vil ViroSeq HIV-1 Integrase Genotyping System (Celera Diagnostics, Alameda, CA, USA) blive anvendt med et-trins RT-PCR-amplifikationsreaktion. Opnåede PCR-produkter vil blive oprenset enzymatisk ved inkubation med Exo-SAP-blanding (Exonuclease I + Shrimp Alkaline Phosphatase), fortyndet om nødvendigt, fluorescerende mærket i reaktion med passende terminatorer og sekventeret af ABI Prism 3130 Genetic Analyzer ved hjælp af dataindsamlingssoftware (Applied Biosystems) . De resulterende sekvenskromatogrammer vil blive samlet og analyseret ved hjælp af ViroSeq Genotyping System Software (Abbott Molecular). Lægemiddelresistens-associerede mutationer i protease, integrase og revers transkriptase vil blive identificeret. De gyldige, kvalitetskontrollerede pol-sekvenser vil blive indsendt til Stanford Universitys HIV Drug Resistance Database (http://hivdb.stanford.edu) for at sammenligne potentielle forskelle i fortolkningen af ​​betydningen af ​​påviste genetiske varianter. For HIV-1 subtype og cirkulære rekombinante former (CRF'er) vil bestemmelse af partielle pol indsendte sekvenser REGA HIV-1 Subtyping Tool version 3.0 blive brugt.

Statistisk evaluering af de indsamlede data vil blive udført i undergrupper af PLWH med tilstedeværelsen af ​​primære og sekundære HIV DRM'er. Analysen vil også blive udført i undergrupperne af patienter med forskellig undertype HIV-1 infektion. Shapiro-Wilk-testen vil blive udført for at verificere normaliteten af ​​fordelingerne i de analyserede variable. Elevens t-test eller Mann-Whitney U-test vil blive brugt til at evaluere forskellen i middelværdi i kontinuerte variable, og χ 2 eller Fisher eksakte test vil blive udført for kategoriske variable. En p-værdi på <0,05 vil blive betragtet som statistisk signifikant. Statistiske analyser vil blive udført ved hjælp af Python 3.7-softwaren og Statistica 13.1-programmet (StatSoft Poland, Kraków, Polen).

Det kliniske forsøg har modtaget en positiv udtalelse fra den bioetiske komité ved det medicinske universitet i Warszawa (samtykkenummer: AKBE/72/2023). Alle analyserede patienters data vil blive fuldstændig anonymiseret. Undersøgelsen følger principperne i Helsinki-erklæringen.