Primære og sekundære medikamentresistensmutasjoner (DRMs) i HIV som en risikofaktor for svikt i ART, inkludert to legemiddelbaserte regimer.

Innledning Tilstedeværelsen av medikamentresistensmutasjoner (DRMs) i HIV spiller en viktig rolle i ART-effektiviteten. Til tross for svært gode resultater av ART, er det konstant bekymring for fremveksten av HIV-stammer med DRM, noe som kan føre til virologisk undertrykkelsessvikt. Primære HIV-DRM-er forekommer hos PLWH som ikke tidligere har blitt behandlet med ART. Disse personene starter behandling med lavere genetisk barriere, høyere risiko for virologisk svikt og høyere risiko for å utvikle resistens mot andre legemidler, noe som kan føre til progresjon til AIDS. Bekymringene vokser spesielt blant pasienter som behandles med to legemiddelbaserte regimer, inkludert langtidsvirkende terapier i injeksjoner (LAI ART) eller regimer brukt i preeksponeringsprofylakse (PreP). Prevalensen av store HIV-1 DRM-er rapportert over hele verden varierer fra 5 til 25 %, mens i tilfelle av ekstra (polymorfe) DRM-er til og med opptil 50 %. Det har blitt rapportert at i høyinntektsland er prevalensen av sekvenser med ervervede DRM-er avtagende, men andelen av overført motstand øker klart sammenlignet med brøkdelen av ervervede DRM-er, og når til og med 70 % av alle tilfeller av DRM.

Målet med studien Valget av ART er basert på epidemiologiske data vedrørende tilstedeværelse av medikamentresistensmutasjoner i HIV, samt på grunnlag av HIV-genotypetestresultatene vurdert før oppstart eller endring av behandlingen. Tilstedeværelsen av DRM før ART-start kan være en risikofaktor for utilstrekkelig virologisk undertrykkelse, ettersom populasjonen av HIV fortsatt utvikler seg (endrer seg på grunn av feil under replikasjonsprosessen). I tillegg kan utilstrekkelig antiretroviral terapi drive viruspopulasjonen først gjennom et lavere kondisjonsnivå og deretter til et høyere kondisjonsnivå. På grunn av de konstante endringene i mønsteret av HIV medikamentresistens (fremveksten av nye mutasjoner) og introduksjonen av nye medikamenter i behandlingen, inkludert to medikamentbaserte regimer som LAI ART, bestemte vi oss for å gjennomføre en studie som bestemmer type og frekvens av DRM (inkludert NRTI og NNRTI - RPV, 3TC og InSTI - CAB, DTG), i populasjonen av tidligere ubehandlede pasienter, samt blant pasienter med ART virologisk svikt. Resultatene kan hjelpe til med å vurdere risikoen for ART-svikt, inkludert LAI, og ved å bestemme ART-regimer.

Metodikk Vi tar sikte på å gjennomføre multisenter, observasjonsstudier, tverrsnittsstudier. Pasientenes data vil bli hentet fra 2 års perioden (2023 - 2024). Stedet for rekrutteringen vil være tre kliniske sentre i Polen (to i Warszawa, ett i Ostróda). Inklusjonskriterier er: diagnose med HIV-1-infeksjon, alder 18 år eller eldre. Vi vil samle inn epidemiologiske data som: alder, kjønn, BMI, smittevei, også kliniske funn og laboratoriefunn: HIV-virusmengde, CD4-tall av lymfocytter og CD4:CD8-forhold (på tidspunktet for diagnose/endring av terapi), tilstedeværelse av AIDS -definerende sykdommer, implementert ART-regime. Hos alle pasienter, før oppstart av ART, vil tilstedeværelsen av HIV-1 DRM mot nukleosid revers transkriptasehemmere (NRTI), ikke-nukleosid revers transkriptasehemmere (NNRTI) proteasehemmere (PI) og integrasehemmere (InSTI) bli evaluert, som en del av rutinemessig omsorg.

Medikamentresistensgenotypingen av HIV-1 protease (PR) og revers transkriptase (RT) kodende region vil bli utført basert på en Sanger sekvenseringsmetode med bruk av kommersielt tilgjengelig ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Abbott Molecular, Des Plains, IL, USA ). Analyseprosedyren vil bli utført i henhold til produsentens instruksjoner. HIV-1 RNA vil bli ekstrahert manuelt fra 0,5 ml innsamlede plasmaprøver ved utfellings- og sentrifugeringstrinn, etterfulgt av revers transkripsjon med MuLV revers transkriptase. DNA-produkter som tilsvarer 1,8 kb pol-regionfragmentet vil bli generert i PCR med AmpliTaq Gold DNA-polymerase, etter pre-inkubasjon med Uracil-N-Glycosylase (UNG) enzym. Der HIV-1 integrase kodende region vil bli sekvensert, vil ViroSeq HIV-1 Integrase Genotyping System (Celera Diagnostics, Alameda, CA, USA) bli brukt med ett trinns RT-PCR amplifikasjonsreaksjon. Oppnådde PCR-produkter vil bli renset enzymatisk ved inkubering med Exo-SAP-blanding (Exonuclease I + Shrimp Alkaline Phosphatase), fortynnet om nødvendig, fluorescerende merket i reaksjon med passende terminatorer og sekvensert av ABI Prism 3130 Genetic Analyzer ved bruk av Data Collection Software (Applied Biosystems) . De resulterende sekvenskromatogrammene vil bli satt sammen og analysert ved hjelp av ViroSeq Genotyping System Software (Abbott Molecular). Legemiddelresistensassosierte mutasjoner i protease, integrase og revers transkriptase vil bli identifisert. De gyldige, kvalitetskontrollerte pol-sekvensene vil bli sendt til Stanford Universitys HIV Drug Resistance Database (http://hivdb.stanford.edu) for å sammenligne potensielle forskjeller i tolkningen av betydningen av genetiske varianter som oppdages. For HIV-1 subtype og sirkulære rekombinante former (CRFs) vil bestemmelse av partielle pol innsendte sekvenser REGA HIV-1 Subtyping Tool versjon 3.0 bli brukt.

Statistisk evaluering av de innsamlede dataene vil bli utført i undergrupper av PLWH med tilstedeværelse av primære og sekundære HIV-DRMer. Analysen vil også bli utført i undergruppene av pasienter med ulik subtype HIV-1 infeksjon. Shapiro-Wilk-testen vil bli utført for å verifisere normaliteten til fordelingene i de analyserte variablene. Studentens t-test eller Mann-Whitney U-test vil bli brukt til å evaluere forskjellen i middelverdi i kontinuerlige variabler, og χ 2 eller Fisher eksakte tester vil bli utført for kategoriske variabler. En p-verdi på <0,05 vil bli ansett som statistisk signifikant. Statistiske analyser vil bli utført ved hjelp av Python 3.7-programvaren og Statistica 13.1-programmet (StatSoft Poland, Kraków, Polen).

Den kliniske studien har mottatt en positiv uttalelse fra bioetikkkomiteen ved Det medisinske universitetet i Warszawa (samtykkenummer: AKBE/72/2023). Alle analyserte pasientdata vil bli fullstendig anonymisert. Studien følger prinsippene i Helsinki-erklæringen.